+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ym0 | ||||||
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Title | Lysoplasmalogen-specific phospholipase D (LyPls-PLD) with Ca2+ | ||||||
Components | Lysoplasmalogenase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / phospholipase D / lisoplasmalogen / Thermocrispum / LysoPAF | ||||||
Function / homology | Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / Lysoplasmalogenase Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermocrispum sp. RD004668 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91 Å | ||||||
Authors | Yasutake, Y. / Sakasegawa, S. / Sugimori, D. / Murayama, K. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Biosci.Biotechnol.Biochem. / Year: 2022 Title: Structural basis for the substrate specificity switching of lysoplasmalogen-specific phospholipase D from Thermocrispum sp. RD004668. Authors: Hamana, H. / Yasutake, Y. / Kato-Murayama, M. / Hosaka, T. / Shirouzu, M. / Sakasegawa, S.I. / Sugimori, D. / Murayama, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ym0.cif.gz | 242.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ym0.ent.gz | 199.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ym0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ympC 7ymqC 7ymrC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33623.203 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermocrispum sp. RD004668 (bacteria) / Gene: lyspls / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0U4VTN7 #2: Chemical | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.79 Å3/Da / Density % sol: 74.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 9.5 / Details: 0.1 M Ches pH 9.5, 50 mM NaCl, and 12% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-1A / Wavelength: 1.08 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.08 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.91→47.65 Å / Num. obs: 29314 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.91→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4656 / CC1/2: 0.879 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.91→47.29 Å / SU ML: 0.38 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.91→47.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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