[日本語] English
万見
- PDB-7ykf: Crystal structure of MAGI2 PDZ0-GK/pEphexin4 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ykf
タイトルCrystal structure of MAGI2 PDZ0-GK/pEphexin4 complex
要素
  • Ephexin4
  • Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / MAGI2 / PDZ0-GK / Ephexin4 / phosphorylated peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of postsynaptic specialization / type II activin receptor binding / extrinsic component of postsynaptic membrane / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / positive regulation of synaptic vesicle clustering / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / structural constituent of postsynaptic density / activin receptor binding ...structural constituent of postsynaptic specialization / type II activin receptor binding / extrinsic component of postsynaptic membrane / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / positive regulation of synaptic vesicle clustering / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / structural constituent of postsynaptic density / activin receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synaptic membrane adhesion / ciliary base / receptor clustering / positive regulation of receptor internalization / SMAD binding / kinesin binding / : / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / photoreceptor outer segment / bicellular tight junction / phosphatase binding / GABA-ergic synapse / centriole / photoreceptor inner segment / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of cell migration / positive regulation of neuron projection development / cell-cell junction / late endosome / signaling receptor complex adaptor activity / postsynaptic density / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. ...Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Zhang, M. / Lin, L. / Zhu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Phosphorylation-dependent recognition of diverse protein targets by the cryptic GK domain of MAGI MAGUKs.
著者: Zhang, M. / Cao, A. / Lin, L. / Chen, Y. / Shang, Y. / Wang, C. / Zhang, M. / Zhu, J.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
B: Ephexin4
C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
D: Ephexin4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0344
ポリマ－55,0344
非ポリマー00
水75742
1
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
B: Ephexin4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5172
ポリマ－27,5172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10110 Å2
手法PISA
2
C: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2
D: Ephexin4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5172
ポリマ－27,5172
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.209, 55.616, 61.070
Angle α, β, γ (deg.)65.310, 76.620, 71.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...
21(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...
12chain B
22(chain D and resid 231 through 241)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERPROPRO(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA0 - 155 - 20
121GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA1621
131SERSERGLUGLU(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA0 - 1825 - 187
141SERSERGLUGLU(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA0 - 1825 - 187
151SERSERGLUGLU(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA0 - 1825 - 187
161SERSERGLUGLU(chain A and (resid 0 through 15 or (resid 16...AA0 - 1825 - 187
211SERSERSERSER(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC0 - 45 - 9
221LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC510
231SERSERGLUGLU(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC0 - 1825 - 187
241SERSERGLUGLU(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC0 - 1825 - 187
251SERSERGLUGLU(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC0 - 1825 - 187
261SERSERGLUGLU(chain C and (resid 0 through 4 or (resid 5...CC0 - 1825 - 187
112ASNASNMETMETchain BBB231 - 2411 - 11
212ASNASNMETMET(chain D and resid 231 through 241)DD231 - 2411 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 2


分子量: 25982.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WVQ1
#2: タンパク質・ペプチド Ephexin4


分子量: 1534.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris (pH 8.5), 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97737 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 19920 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.849 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.28-2.343.10.31710050.9540.2070.380.60695.9
2.34-2.383.20.3289840.9420.2130.3930.53696
2.38-2.433.20.2449780.9640.1590.2920.56496.2
2.43-2.483.10.2479660.9540.1650.2990.61796.6
2.48-2.533.20.23610220.970.1530.2820.65596.7
2.53-2.593.40.2089510.9790.1330.2470.61297
2.59-2.653.50.17810150.9810.1110.2110.66296.7
2.65-2.733.60.1679770.9850.1030.1960.65697
2.73-2.813.50.1489890.9840.0920.1750.68697
2.81-2.93.50.13710110.9860.0860.1620.74498.2
2.9-33.40.1199850.9860.0760.1420.83398
3-3.123.30.09610080.9890.0630.1150.93397.7
3.12-3.263.20.0769970.9930.050.0920.98898.4
3.26-3.433.40.07710090.9930.0490.0911.08698.3
3.43-3.653.50.06810090.9930.0420.081.09798.5
3.65-3.933.50.06210040.9940.0390.0741.18698.6
3.93-4.333.50.0549950.9940.0340.0641.20697.9
4.33-4.953.10.04710050.9960.0310.0571.24898.5
4.95-6.233.50.04910060.9950.0310.0580.97898.2
6.23-303.40.03910040.9960.0250.0460.96598.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EEH, 5YPO

2eeh

5ypo


解像度: 2.28→29.67 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.43 / 位相誤差: 31.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 1020 5.13 %
Rwork0.1858 18856 -
obs0.1883 19876 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.38 Å2 / Biso mean: 57.0843 Å2 / Biso min: 31.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→29.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2979 0 0 42 3021
Biso mean---52.92 -
残基数----389
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1104X-RAY DIFFRACTION5.167TORSIONAL
12C1104X-RAY DIFFRACTION5.167TORSIONAL
21B62X-RAY DIFFRACTION5.167TORSIONAL
22D62X-RAY DIFFRACTION5.167TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.28-2.40.31161340.22632575270992
2.4-2.560.31131630.22972658282196
2.56-2.750.23351520.22352670282297
2.75-3.030.27331350.22882741287698
3.03-3.470.27441300.20772738286898
3.47-4.370.23211640.16242732289698
4.37-29.670.18261420.15732742288498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6739-0.9946-2.09298.6540.89446.78990.19870.44560.1609-0.7249-0.26880.8106-0.6682-0.06010.03310.4126-0.0083-0.0010.40470.02050.30886.3248-52.3493-34.4588
22.4233-0.9961.6493.1042-0.5415.31410.0682-1.24750.28920.62880.2475-0.65711.22940.5543-0.30090.44970.0875-0.02510.5612-0.06150.698119.8011-66.662-30.5594
35.8430.8173-1.39095.9613-0.89595.71530.4588-0.65730.26721.0196-0.1480.05580.33690.383-0.32340.4853-0.0211-0.03530.4361-0.06150.28729.3924-57.6449-19.447
41.2754-0.6432-1.39713.65171.53286.7369-0.1337-0.2962-0.1379-0.17550.1691-0.3079-0.21950.952-0.23150.439-0.01880.10010.6099-0.05990.40217.9694-56.3099-34.0274
55.31530.0942-2.30048.40161.56085.5896-0.25720.1184-0.2933-0.33790.0830.00860.4197-0.35410.21490.2461-0.0171-0.01760.3016-0.01180.26616.3443-63.9539-29.6002
69.03290.6109-2.33654.97480.57763.2559-0.0302-0.24930.44180.377-0.25340.8491-0.183-0.33670.35020.5817-0.0710.02490.3697-0.08620.4738-0.0514-47.7549-21.6154
74.3310.1125-0.85887.22980.66487.22730.0927-0.48710.44610.5104-0.15670.3966-0.40960.0524-0.02750.3391-0.0648-0.03320.541-0.0770.3544-5.1258-57.3452-23.0994
83.8938-1.24150.69066.45922.89867.31670.7413-0.3480.48430.7563-0.25480.4912-0.8835-0.3283-0.35770.7129-0.08130.21510.3174-0.01390.4078-12.6396-65.1582-4.6514
92.2065-0.7287-2.91133.798-0.48188.18820.5118-0.93351.50841.12650.2181-0.6746-1.65390.7094-0.59781.2196-0.29460.16880.6379-0.06910.6769-3.1874-54.27890.1257
109.569-0.3235-1.68987.28581.92054.45470.7762-0.07820.63740.64-0.38040.951-1.0398-0.155-0.47360.67240.02320.25330.4301-0.02350.5022-7.2952-56.4499-7.9039
114.96014.74462.73494.81921.95476.4868-0.30320.72540.7258-1.57480.27410.73150.6926-0.08120.04380.58470.01960.09870.40460.07060.5897-14.289-59.2082-14.0926
126.5357-0.5307-1.94054.76770.55885.90890.0337-0.6025-0.24880.1520.0003-0.31290.03320.34190.030.4843-0.07520.09450.33510.00280.36181.1777-33.77840.9256
136.68920.3422-2.77295.18850.21425.74660.0662-0.2799-0.52480.2725-0.1990.1096-0.05261.12830.24030.51970.02370.10460.59580.01440.39-1.5823-37.2429.1935
143.9131.8612-0.05575.1563-0.18564.6989-0.16180.24-0.1093-0.2601-0.04020.22280.2521-0.05640.12850.4488-0.05460.10090.30330.00480.3258-0.2974-31.4019-5.5894
158.48012.0337-2.69333.4898-0.99474.24380.53410.65630.6599-0.2752-0.17650.2007-0.03260.4537-0.2150.61940.08930.07220.41810.00590.3544-0.7316-28.4814-14.9248
165.11830.4777-0.8357.4574-0.6636.8107-0.32850.3063-0.5585-0.3190.0348-0.39190.76090.0230.23920.5279-0.0790.16680.3024-0.0710.40815.0359-29.5627-26.7899
177.60131.4490.60327.8971-2.19447.4581-0.49170.1888-0.3063-0.8949-0.1491-0.36220.2717-0.10990.28210.3367-0.02650.1120.3379-0.03950.363712.4038-31.101-23.3331
182.3122-0.3087-0.37597.057-4.4418.9737-0.1943-0.2108-0.02170.1396-0.15451.8282-0.4316-0.4060.36850.526-0.10530.0270.458-0.07760.57544.0946-26.3144-26.6142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 12 )A1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 13 through 22 )A13 - 22
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 35 )A23 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 36 through 55 )A36 - 55
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 56 through 89 )A56 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 90 through 111 )A90 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 112 through 127 )A112 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 128 through 150 )A128 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 151 through 160 )A151 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 161 through 182 )A161 - 182
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 231 through 241 )B231 - 241
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 35 )C1 - 35
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 36 through 55 )C36 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 56 through 111 )C56 - 111
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 112 through 127 )C112 - 127
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 128 through 169 )C128 - 169
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 170 through 182 )C170 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 231 through 242 )D231 - 242

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る