[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7yki: Crystal structure of MAGI2 PDZ0-GK domain in complex with phospho... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7yki | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of MAGI2 PDZ0-GK domain in complex with phospho-SAPAP1 GBR3 peptide | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / MAGI2 / PDZ0-GK / SAPAP1 / GBR3 / phosphorylated peptide | ||||||
Function / homology | ![]() structural constituent of postsynaptic specialization / extrinsic component of postsynaptic membrane / type II activin receptor binding / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / positive regulation of synaptic vesicle clustering / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / structural constituent of postsynaptic density / activin receptor binding ...structural constituent of postsynaptic specialization / extrinsic component of postsynaptic membrane / type II activin receptor binding / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / podocyte development / positive regulation of synaptic vesicle clustering / slit diaphragm / beta-1 adrenergic receptor binding / structural constituent of postsynaptic density / activin receptor binding / nerve growth factor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synaptic membrane adhesion / ciliary base / receptor clustering / SMAD binding / kinesin binding / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of receptor internalization / photoreceptor outer segment / GABA-ergic synapse / bicellular tight junction / phosphatase binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / centriole / photoreceptor inner segment / negative regulation of cell migration / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of neuron projection development / cell-cell junction / signaling receptor complex adaptor activity / late endosome / postsynaptic density / negative regulation of cell population proliferation / centrosome / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, M. / Lin, L. / Zhu, J. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Phosphorylation-dependent recognition of diverse protein targets by the cryptic GK domain of MAGI MAGUKs. Authors: Zhang, M. / Cao, A. / Lin, L. / Chen, Y. / Shang, Y. / Wang, C. / Zhang, M. / Zhu, J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 103.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 74 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 477.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 480.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ykfC ![]() 7ykgC ![]() 7ykhC ![]() 2eehS ![]() 5ypoS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 25982.301 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1686.782 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.1 M ammonium phosphate dibasic, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M Tris (pH 8.5) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 15, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 32529 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.279 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 138910 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2EEH,5YPO Resolution: 2→44.496 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.198 / SU B: 4.173 / SU ML: 0.114 / Average fsc free: 0.9559 / Average fsc work: 0.9699 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.168 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 28.078 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→44.496 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|