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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ycv | ||||||
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タイトル | The Dimeric Format of Truncated PrpA (2-54)and RHH Domain of PrpA | ||||||
![]() | Antitoxin ParD | ||||||
![]() | ANTITOXIN / Toxin antitoxin system / RHH Transcription factor / ParD_antitoxin / Pseudoalteromonas rubra / ANTIMICROBIAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Antitoxin ParD superfamily / Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH / Antitoxin ParD / Ribbon-helix-helix / regulation of DNA-templated transcription / Antitoxin ParD![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, C.C. / Niu, C.Y. / Niu, L.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the PrpTA toxin-antitoxin system in Pseudoalteromonas rubra. 著者: Wang, C. / Niu, C. / Hidayatullah, K.M. / Xue, L. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7066.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AT705_24525 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30 % v/v PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.61→30.34 Å / Num. obs: 3976 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 62.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1038 / Rpim(I) all: 0.02865 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 16.46 |
反射 シェル | 解像度: 2.612→2.706 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8511 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique obs: 373 / CC1/2: 0.907 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.2309 / Rrim(I) all: 0.8837 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7B22 解像度: 2.61→30.34 Å / SU ML: 0.2446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.9639 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→30.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.61→2.706 Å
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