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万見
- PDB-7y9v: Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y9v
タイトルStructure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the IAA-bound state
要素
  • Auxin efflux carrier component 1
  • nanobody
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / leaf shaping / shoot system development / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity ...cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / leaf shaping / shoot system development / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / gravitropism / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / plant-type cell wall / flower development / root development / photomorphogenesis / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / plasmodesma / basal plasma membrane / cell periphery / apical part of cell / apical plasma membrane / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Auxin efflux carrier, plant type / : / Membrane transport protein / Membrane transport protein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / Auxin efflux carrier component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Sun, L. / Liu, X. / Yang, Z. / Xia, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37020103 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900885 and 31870732 中国
Other government2008085MC90 and 2008085J15 中国
Other governmentWK9100000031 and YD9100002004 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structural insights into auxin recognition and efflux by Arabidopsis PIN1.
著者: Zhisen Yang / Jing Xia / Jingjing Hong / Chenxi Zhang / Hong Wei / Wei Ying / Chunqiao Sun / Lianghanxiao Sun / Yanbo Mao / Yongxiang Gao / Shutang Tan / Jiří Friml / Dianfan Li / Xin Liu / Linfeng Sun /
要旨: Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and ...Polar auxin transport is unique to plants and coordinates their growth and development. The PIN-FORMED (PIN) auxin transporters exhibit highly asymmetrical localizations at the plasma membrane and drive polar auxin transport; however, their structures and transport mechanisms remain largely unknown. Here, we report three inward-facing conformation structures of Arabidopsis thaliana PIN1: the apo state, bound to the natural auxin indole-3-acetic acid (IAA), and in complex with the polar auxin transport inhibitor N-1-naphthylphthalamic acid (NPA). The transmembrane domain of PIN1 shares a conserved NhaA fold. In the substrate-bound structure, IAA is coordinated by both hydrophobic stacking and hydrogen bonding. NPA competes with IAA for the same site at the intracellular pocket, but with a much higher affinity. These findings inform our understanding of the substrate recognition and transport mechanisms of PINs and set up a framework for future research on directional auxin transport, one of the most crucial processes underlying plant development.
履歴
登録2022年6月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin efflux carrier component 1
C: nanobody
D: nanobody
B: Auxin efflux carrier component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,2526
ポリマ－160,9014
非ポリマー3502
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6980 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area44600 Å2

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要素

#1: タンパク質 Auxin efflux carrier component 1 / Protein PIN-FORMED / AtPIN1


分子量: 67080.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PIN1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9C6B8
#2: 抗体 nanobody


分子量: 13369.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-IAC / 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID / INDOLE ACETIC ACID / インド-ル酢酸


分子量: 175.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1AtPIN1 in complex with a nanobody and NPACOMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2AtPIN1COMPLEX#11RECOMBINANT
3nanobodyCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)3702
32Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
21Homo sapiens (ヒト)9606HEK293F
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 250009 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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