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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y7t | ||||||
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タイトル | QDE-1 in complex with 12nt DNA template, ATP and 3'-dGTP | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase / QDE-1 / Complex / no primer / ATP / 3'-dGTP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Neurospora crassa (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Cui, R.X. / Gan, J.H. / Ma, J.B. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 タイトル: Structural insights into the dual activities of the two-barrel RNA polymerase QDE-1. 著者: Cui, R. / Li, H. / Zhao, J. / Li, X. / Gan, J. / Ma, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y7t.cif.gz | 786.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y7t.ent.gz | 632.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y7t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y7t_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y7t_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y7t_validation.xml.gz | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y7t_validation.cif.gz | 91.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y7t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 / RNA鎖 , 3種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 117139.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: qde-1, GE21DRAFT_1027066, GE21DRAFT_4945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7G6, RNA-directed RNA polymerase #2: DNA鎖 | | 分子量: 3677.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: RNA鎖 | | 分子量: 1287.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 166分子
#4: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-ATP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: peg4000, 200 mM KCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97928 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年1月3日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 78997 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 48.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.331 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 427186 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2j7n 解像度: 2.5→29.94 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 187.12 Å2 / Biso mean: 71.7085 Å2 / Biso min: 16.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→29.94 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.9909 Å / Origin y: 15.2595 Å / Origin z: 47.948 Å
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精密化 TLSグループ |
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