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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7y7r | ||||||
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Title | QDE-1 in complex with DNA template, RNA primer and 3'-dGTP | ||||||
![]() |
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![]() | RNA BINDING PROTEIN / RNA polymerase / QDE-1 / Complex / DdRP / 3'-dGTP | ||||||
Function / homology | ![]() nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cui, R.X. / Gan, J.H. / Ma, J.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural insights into the dual activities of the two-barrel RNA polymerase QDE-1. Authors: Cui, R. / Li, H. / Zhao, J. / Li, X. / Gan, J. / Ma, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 823.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 658.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 70.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 101.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7y7pC ![]() 7y7qC ![]() 7y7sC ![]() 7y7tC ![]() 2j7nS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / DNA chain / RNA chain , 3 types, 8 molecules ABCEHDFG
#1: Protein | Mass: 117139.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | Mass: 4289.806 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: RNA chain | Mass: 2196.371 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 6 types, 517 molecules ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-PEG / | ||||||||
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#5: Chemical | ChemComp-CA / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 / Details: PEG 4000, 200 mM KCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 28, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97928 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 143543 / % possible obs: 93.5 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 35.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.91 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 660472 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2j7n Resolution: 2.1→49.57 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / Phase error: 28.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 197.81 Å2 / Biso mean: 53.7715 Å2 / Biso min: 20.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→49.57 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -41.8636 Å / Origin y: -4.8742 Å / Origin z: -27.3835 Å
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Refinement TLS group |
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