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- PDB-7y5e: In situ single-PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex. -

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データベース: PDB / ID: 7y5e
タイトルIn situ single-PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex.
要素
  • (Allophycocyanin ...) x 4
  • (C-phycocyanin ...) x 2
  • (Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, ...) x 3
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 2
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (FAS1 domain-containing ...) x 2
  • (Photosystem I ...) x 11
  • (Photosystem II ...) x 13
  • (Phycobilisome ...) x 9
  • (R-phycoerythrin gamma chain, ...) x 4
  • B-phycoerythrin beta chain
  • CNT
  • CaRSP2
  • CaRSPs1
  • Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic
  • Cytochrome c550
  • Cytochrome c6
  • Ferredoxin
  • Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic
  • LPP1
  • LPP2
  • LPS1
  • LRC5
  • LRH
  • Linker4
  • Lrc4
  • Oxygen-evolving enhancer protein
  • PS II complex 12 kDa extrinsic protein
  • PSII_Pbs31 domain-containing protein
  • Phycobiliprotein ApcE
  • Phycoerythrin alpha subunit
  • PsaA
  • PsaR
  • Psb34
  • PsbL
  • PsbM
  • PsbQ'
  • PsbW
  • RedCAP
キーワードPHOTOSYNTHESIS / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosystem I reaction center / photosystem I ...thylakoid membrane / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / phycobilisome / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / plastid / extrinsic component of membrane / photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / response to light stimulus / photosynthesis / respiratory electron transport chain / chloroplast / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / manganese ion binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / protein stabilization / oxidoreductase activity / lyase activity / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / extracellular space / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / : / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Oxygen-evolving enhancer protein 3 ...Photosystem II Psb31 protein / Photosystem II Psb31 protein / : / Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem I PsaO / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsaO transmembrane domain / Cytochrome c6 / Cytochrome c, class IC / Phycobilisome linker protein / PsbQ-like domain superfamily / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / Photosystem I reaction center subunit PsaK / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem II protein Y (PsbY) / Photosystem II PsbY / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem II PsbI / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / beta-D-glucopyranose / CHLOROPHYLL A / PHYCOCYANOBILIN / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE ...(2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / beta-D-glucopyranose / CHLOROPHYLL A / PHYCOCYANOBILIN / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHYCOERYTHROBILIN / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / PHYLLOQUINONE / PHYCOUROBILIN / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-ZEX / Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic / Uncharacterized protein / Photosystem I subunit O / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center X protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / FAS1 domain-containing protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Photosystem II Psb31 protein domain-containing protein / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / FAS1 domain-containing protein / Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic / Phycoerythrin alpha subunit / Oxygen-evolving enhancer protein / B-phycoerythrin beta chain / Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic / Ferredoxin / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit IX / Cytochrome b559 subunit alpha / C-phycocyanin alpha subunit / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Allophycocyanin alpha subunit / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II D2 protein / Cytochrome c550 / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem II protein D1 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II CP47 reaction center protein / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / Photosystem II reaction center protein Psb30 / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Cytochrome c6 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Allophycocyanin gamma subunit / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein Y / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I iron-sulfur center / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者You, X. / Zhang, X. / Cheng, J. / Xiao, Y.N. / Sui, S.F.
資金援助1件
組織認可番号
Not funded
引用ジャーナル: Nature / : 2023
タイトル: In situ structure of the red algal phycobilisome-PSII-PSI-LHC megacomplex.
著者: Xin You / Xing Zhang / Jing Cheng / Yanan Xiao / Jianfei Ma / Shan Sun / Xinzheng Zhang / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red ...In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red algae consist of soluble phycobilisomes (PBSs) and transmembrane light-harvesting complexes (LHCs). Excitation energy transfer pathways from PBS to photosystems remain unclear owing to the lack of structural information. Here we present in situ structures of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplexes from the red alga Porphyridium purpureum at near-atomic resolution using cryogenic electron tomography and in situ single-particle analysis, providing interaction details between PBS, PSII and PSI. The structures reveal several unidentified and incomplete proteins and their roles in the assembly of the megacomplex, as well as a huge and sophisticated pigment network. This work provides a solid structural basis for unravelling the mechanisms of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplex assembly, efficient energy transfer from PBS to the two photosystems, and regulation of energy distribution between PSII and PSI.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
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CN: Photosystem I iron-sulfur center
DN: Photosystem I reaction center subunit II
EN: Photosystem I reaction center subunit IV
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GN: Cytochrome c6
IN: Photosystem I reaction center subunit VIII
JN: Photosystem I reaction center subunit IX
KN: Photosystem I reaction center subunit PsaK
LN: Photosystem I reaction center subunit XI
MN: Photosystem I reaction center subunit XII
NN: Ferredoxin
ON: Photosystem I subunit O
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NP: B-phycoerythrin beta chain
OP: Phycoerythrin alpha subunit
PP: B-phycoerythrin beta chain
QP: Phycoerythrin alpha subunit
RP: B-phycoerythrin beta chain
SP: Phycoerythrin alpha subunit
TP: B-phycoerythrin beta chain
UP: Phycoerythrin alpha subunit
VP: B-phycoerythrin beta chain
WP: Phycoerythrin alpha subunit
XP: B-phycoerythrin beta chain
YP: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
AQ: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
BQ: Phycoerythrin alpha subunit
CQ: B-phycoerythrin beta chain
DQ: Phycoerythrin alpha subunit
EQ: B-phycoerythrin beta chain
FQ: Phycoerythrin alpha subunit
GQ: B-phycoerythrin beta chain
HQ: Phycoerythrin alpha subunit
IQ: B-phycoerythrin beta chain
JQ: Phycoerythrin alpha subunit
KQ: B-phycoerythrin beta chain
LQ: Phycoerythrin alpha subunit
MQ: B-phycoerythrin beta chain
NQ: Phycoerythrin alpha subunit
OQ: B-phycoerythrin beta chain
PQ: Phycoerythrin alpha subunit
QQ: B-phycoerythrin beta chain
RQ: Phycoerythrin alpha subunit
SQ: B-phycoerythrin beta chain
TQ: Phycoerythrin alpha subunit
UQ: B-phycoerythrin beta chain
VQ: Phycoerythrin alpha subunit
WQ: B-phycoerythrin beta chain
XQ: Phycoerythrin alpha subunit
YQ: B-phycoerythrin beta chain
L1: C-phycocyanin beta subunit
M1: C-phycocyanin alpha subunit
N1: C-phycocyanin beta subunit
O1: Phycoerythrin alpha subunit
P1: B-phycoerythrin beta chain
Q1: Phycoerythrin alpha subunit
R1: B-phycoerythrin beta chain
S1: Phycoerythrin alpha subunit
T1: B-phycoerythrin beta chain
U1: Phycoerythrin alpha subunit
A1: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
B1: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C1: C-phycocyanin alpha subunit
D1: C-phycocyanin beta subunit
E1: C-phycocyanin alpha subunit
F1: C-phycocyanin beta subunit
G1: C-phycocyanin alpha subunit
H1: C-phycocyanin beta subunit
I1: C-phycocyanin alpha subunit
J1: C-phycocyanin beta subunit
K1: C-phycocyanin alpha subunit
V1: B-phycoerythrin beta chain
W1: Phycoerythrin alpha subunit
X1: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Y1: B-phycoerythrin beta chain
Z1: Phycoerythrin alpha subunit
f1: Phycoerythrin alpha subunit
g1: B-phycoerythrin beta chain
h1: Phycoerythrin alpha subunit
i1: B-phycoerythrin beta chain
j1: Phycoerythrin alpha subunit
k1: B-phycoerythrin beta chain
l1: Phycoerythrin alpha subunit
m1: B-phycoerythrin beta chain
a1: B-phycoerythrin beta chain
b1: Phycoerythrin alpha subunit
c1: B-phycoerythrin beta chain
d1: Phycoerythrin alpha subunit
e1: B-phycoerythrin beta chain
12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
22: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic
32: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
42: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
52: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
62: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
72: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic
82: RedCAP
A2: PsaA
B2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C2: Photosystem I iron-sulfur center
D2: Photosystem I reaction center subunit II
E2: Photosystem I reaction center subunit IV
F2: Photosystem I reaction center subunit III
G2: Cytochrome c6
I2: Photosystem I reaction center subunit VIII
J2: Photosystem I reaction center subunit IX
K2: Photosystem I reaction center subunit PsaK
L2: Photosystem I reaction center subunit XI
M2: Photosystem I reaction center subunit XII
N2: Ferredoxin
O2: Photosystem I subunit O
R2: PsaR
Z2: LPS1
23: Lrc4
33: LRC5
43: FAS1 domain-containing protein
A3: Allophycocyanin alpha subunit
B3: Allophycocyanin beta subunit
C3: Allophycocyanin alpha subunit
D3: Allophycocyanin beta subunit
E3: Allophycocyanin alpha subunit
F3: Allophycocyanin beta subunit
G3: Allophycocyanin alpha subunit
H3: Allophycocyanin beta subunit
I3: Allophycocyanin beta subunit
J3: Allophycocyanin alpha subunit
K3: Allophycocyanin alpha subunit
L3: Allophycocyanin beta subunit
M3: Allophycocyanin beta subunit
N3: Allophycocyanin alpha subunit
O3: Allophycocyanin beta subunit
P3: Allophycocyanin alpha subunit
Q3: Allophycocyanin beta subunit
R3: Allophycocyanin alpha subunit
S3: Allophycocyanin beta subunit
T3: Allophycocyanin alpha subunit
U3: Allophycocyanin beta subunit
V3: Allophycocyanin gamma subunit
W3: Allophycocyanin beta 18 subunit
X3: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
Z3: Lrc4
a3: LRC5
b3: FAS1 domain-containing protein
c3: Allophycocyanin alpha subunit
d3: Allophycocyanin beta subunit
e3: Allophycocyanin alpha subunit
f3: Allophycocyanin beta subunit
g3: Allophycocyanin alpha subunit
h3: Allophycocyanin beta subunit
i3: Allophycocyanin alpha subunit
j3: Allophycocyanin beta subunit
k3: Allophycocyanin beta subunit
l3: Allophycocyanin alpha subunit
m3: Allophycocyanin alpha subunit
n3: Allophycocyanin beta subunit
o3: Allophycocyanin beta subunit
p3: Allophycocyanin alpha subunit
q3: Allophycocyanin beta subunit
r3: Allophycocyanin alpha subunit
s3: Allophycocyanin beta subunit
t3: Allophycocyanin alpha subunit
u3: Allophycocyanin beta subunit
v3: Allophycocyanin alpha subunit
w3: Allophycocyanin beta subunit
x3: Allophycocyanin gamma subunit
y3: Allophycocyanin beta 18 subunit
z3: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
63: Phycobiliprotein ApcE
73: Phycobiliprotein ApcE
F4: C-phycocyanin beta subunit
G4: C-phycocyanin alpha subunit
H4: C-phycocyanin beta subunit
I4: C-phycocyanin alpha subunit
J4: C-phycocyanin beta subunit
K4: C-phycocyanin alpha subunit
L4: C-phycocyanin beta subunit
M4: C-phycocyanin alpha subunit
N4: C-phycocyanin beta subunit
O4: Phycoerythrin alpha subunit
A4: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
B4: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
C4: C-phycocyanin alpha subunit
D4: C-phycocyanin beta subunit
E4: C-phycocyanin alpha subunit
P4: B-phycoerythrin beta chain
Q4: Phycoerythrin alpha subunit
R4: B-phycoerythrin beta chain
S4: Phycoerythrin alpha subunit
T4: B-phycoerythrin beta chain
U4: Phycoerythrin alpha subunit
V4: B-phycoerythrin beta chain
W4: Phycoerythrin alpha subunit
X4: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Y4: B-phycoerythrin beta chain
Z4: Phycoerythrin alpha subunit
i4: B-phycoerythrin beta chain
j4: Phycoerythrin alpha subunit
k4: B-phycoerythrin beta chain
l4: Phycoerythrin alpha subunit
m4: B-phycoerythrin beta chain
a4: B-phycoerythrin beta chain
b4: Phycoerythrin alpha subunit
c4: B-phycoerythrin beta chain
d4: Phycoerythrin alpha subunit
e4: B-phycoerythrin beta chain
f4: Phycoerythrin alpha subunit
g4: B-phycoerythrin beta chain
h4: Phycoerythrin alpha subunit
A5: Phycoerythrin alpha subunit
B5: B-phycoerythrin beta chain
C5: Phycoerythrin alpha subunit
D5: B-phycoerythrin beta chain
E5: Phycoerythrin alpha subunit
F5: B-phycoerythrin beta chain
G5: Phycoerythrin alpha subunit
H5: B-phycoerythrin beta chain
I5: Phycoerythrin alpha subunit
J5: B-phycoerythrin beta chain
K5: Phycoerythrin alpha subunit
L5: B-phycoerythrin beta chain
M5: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
N5: Phycoerythrin alpha subunit
O5: B-phycoerythrin beta chain
P5: Phycoerythrin alpha subunit
Q5: B-phycoerythrin beta chain
R5: Phycoerythrin alpha subunit
S5: B-phycoerythrin beta chain
T5: Phycoerythrin alpha subunit
U5: B-phycoerythrin beta chain
V5: Phycoerythrin alpha subunit
W5: B-phycoerythrin beta chain
X5: Phycoerythrin alpha subunit
Y5: B-phycoerythrin beta chain
Z5: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
A6: Photosystem II protein D1
B6: Photosystem II CP47 reaction center protein
C6: Photosystem II CP43 reaction center protein
D6: Photosystem II D2 protein
E6: Cytochrome b559 subunit alpha
F6: Cytochrome b559 subunit beta
G6: PSII_Pbs31 domain-containing protein
H6: Photosystem II reaction center protein H
I6: Photosystem II reaction center protein I
J6: Photosystem II reaction center protein J
K6: Photosystem II reaction center protein K
L6: PsbL
M6: PsbM
N6: Psb34
O6: Oxygen-evolving enhancer protein
Q6: PsbQ'
R6: Photosystem II protein Y
S6: LPP1
T6: Photosystem II reaction center protein T
U6: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
V6: Cytochrome c550
W6: PsbW
X6: Photosystem II reaction center X protein
Y6: Photosystem II reaction center protein Ycf12
Z6: Photosystem II reaction center protein Z
a6: Photosystem II protein D1
b6: Photosystem II CP47 reaction center protein
c6: Photosystem II CP43 reaction center protein
d6: Photosystem II D2 protein
e6: Cytochrome b559 subunit alpha
f6: Cytochrome b559 subunit beta
g6: PSII_Pbs31 domain-containing protein
h6: Photosystem II reaction center protein H
i6: Photosystem II reaction center protein I
j6: Photosystem II reaction center protein J
k6: Photosystem II reaction center protein K
l6: PsbL
m6: PsbM
n6: Psb34
o6: Oxygen-evolving enhancer protein
q6: PsbQ'
r6: Photosystem II protein Y
t6: Photosystem II reaction center protein T
u6: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
v6: Cytochrome c550
w6: PsbW
x6: Photosystem II reaction center X protein
y6: Photosystem II reaction center protein Ycf12
z6: Photosystem II reaction center protein Z
A7: Phycoerythrin alpha subunit
B7: B-phycoerythrin beta chain
C7: Phycoerythrin alpha subunit
D7: B-phycoerythrin beta chain
E7: Phycoerythrin alpha subunit
F7: B-phycoerythrin beta chain
G7: Phycoerythrin alpha subunit
H7: B-phycoerythrin beta chain
I7: Phycoerythrin alpha subunit
J7: B-phycoerythrin beta chain
K7: Phycoerythrin alpha subunit
L7: B-phycoerythrin beta chain
M7: Phycoerythrin alpha subunit
N7: B-phycoerythrin beta chain
O7: Phycoerythrin alpha subunit
P7: B-phycoerythrin beta chain
Q7: Phycoerythrin alpha subunit
R7: B-phycoerythrin beta chain
S7: Phycoerythrin alpha subunit
T7: B-phycoerythrin beta chain
U7: Phycoerythrin alpha subunit
V7: B-phycoerythrin beta chain
W7: Phycoerythrin alpha subunit
X7: B-phycoerythrin beta chain
Y7: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
e7: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
A8: LRH
a8: LRH
y8: B-phycoerythrin beta chain
z8: Phycoerythrin alpha subunit
18: B-phycoerythrin beta chain
p8: Phycoerythrin alpha subunit
q8: B-phycoerythrin beta chain
r8: Phycoerythrin alpha subunit
s8: B-phycoerythrin beta chain
t8: Phycoerythrin alpha subunit
u8: B-phycoerythrin beta chain
v8: Phycoerythrin alpha subunit
w8: B-phycoerythrin beta chain
x8: Phycoerythrin alpha subunit
A9: Phycoerythrin alpha subunit
B9: B-phycoerythrin beta chain
C9: Phycoerythrin alpha subunit
D9: B-phycoerythrin beta chain
E9: Phycoerythrin alpha subunit
F9: B-phycoerythrin beta chain
G9: Phycoerythrin alpha subunit
H9: B-phycoerythrin beta chain
I9: Phycoerythrin alpha subunit
J9: B-phycoerythrin beta chain
K9: Phycoerythrin alpha subunit
L9: B-phycoerythrin beta chain
N9: Phycoerythrin alpha subunit
O9: B-phycoerythrin beta chain
P9: Phycoerythrin alpha subunit
Q9: B-phycoerythrin beta chain
R9: Phycoerythrin alpha subunit
S9: B-phycoerythrin beta chain
T9: Phycoerythrin alpha subunit
U9: B-phycoerythrin beta chain
V9: Phycoerythrin alpha subunit
W9: B-phycoerythrin beta chain
X9: Phycoerythrin alpha subunit
Y9: B-phycoerythrin beta chain
eA: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
fB: FAS1 domain-containing protein
aB: B-phycoerythrin beta chain
bB: B-phycoerythrin beta chain
cB: CaRSP2
dB: B-phycoerythrin beta chain
eB: B-phycoerythrin beta chain
gB: B-phycoerythrin beta chain
hB: FAS1 domain-containing protein
aC: LRH
yC: B-phycoerythrin beta chain
zC: Phycoerythrin alpha subunit
1C: B-phycoerythrin beta chain
pC: Phycoerythrin alpha subunit
qC: B-phycoerythrin beta chain
rC: Phycoerythrin alpha subunit
sC: B-phycoerythrin beta chain
tC: Phycoerythrin alpha subunit
uC: B-phycoerythrin beta chain
vC: Phycoerythrin alpha subunit
wC: B-phycoerythrin beta chain
xC: Phycoerythrin alpha subunit
dD: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
aE: B-phycoerythrin beta chain
bE: Phycoerythrin alpha subunit
cE: B-phycoerythrin beta chain
dE: Phycoerythrin alpha subunit
eE: B-phycoerythrin beta chain
fE: Phycoerythrin alpha subunit
gE: B-phycoerythrin beta chain
hE: Phycoerythrin alpha subunit
iE: B-phycoerythrin beta chain
jE: Phycoerythrin alpha subunit
kE: B-phycoerythrin beta chain
lE: Phycoerythrin alpha subunit
mE: B-phycoerythrin beta chain
aF: Phycoerythrin alpha subunit
bF: B-phycoerythrin beta chain
cF: Phycoerythrin alpha subunit
dF: B-phycoerythrin beta chain
eF: Phycoerythrin alpha subunit
fF: B-phycoerythrin beta chain
gF: Phycoerythrin alpha subunit
hF: B-phycoerythrin beta chain
iF: Phycoerythrin alpha subunit
jF: B-phycoerythrin beta chain
kF: Phycoerythrin alpha subunit
lF: B-phycoerythrin beta chain
mF: Phycoerythrin alpha subunit
nF: B-phycoerythrin beta chain
oF: Phycoerythrin alpha subunit
pF: B-phycoerythrin beta chain
qF: Phycoerythrin alpha subunit
rF: B-phycoerythrin beta chain
sF: Phycoerythrin alpha subunit
tF: B-phycoerythrin beta chain
uF: Phycoerythrin alpha subunit
vF: B-phycoerythrin beta chain
wF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
xF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
yF: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
zF: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
aG: B-phycoerythrin beta chain
bG: Phycoerythrin alpha subunit
cG: B-phycoerythrin beta chain
dG: Phycoerythrin alpha subunit
eG: B-phycoerythrin beta chain
fG: Phycoerythrin alpha subunit
gG: B-phycoerythrin beta chain
hG: Phycoerythrin alpha subunit
iG: B-phycoerythrin beta chain
jG: Phycoerythrin alpha subunit
kG: B-phycoerythrin beta chain
lG: Phycoerythrin alpha subunit
mG: B-phycoerythrin beta chain
fH: Phycoerythrin alpha subunit
gH: B-phycoerythrin beta chain
hH: Phycoerythrin alpha subunit
iH: B-phycoerythrin beta chain
jH: Phycoerythrin alpha subunit
kH: B-phycoerythrin beta chain
lH: Phycoerythrin alpha subunit
mH: B-phycoerythrin beta chain
aH: B-phycoerythrin beta chain
bH: Phycoerythrin alpha subunit
cH: B-phycoerythrin beta chain
dH: Phycoerythrin alpha subunit
eH: B-phycoerythrin beta chain
aJ: Phycoerythrin alpha subunit
cJ: B-phycoerythrin beta chain
dJ: Phycoerythrin alpha subunit
eJ: B-phycoerythrin beta chain
fJ: Phycoerythrin alpha subunit
gJ: B-phycoerythrin beta chain
hJ: Phycoerythrin alpha subunit
iJ: B-phycoerythrin beta chain
jJ: Phycoerythrin alpha subunit
kJ: B-phycoerythrin beta chain
lJ: Phycoerythrin alpha subunit
mJ: B-phycoerythrin beta chain
bJ: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
aK: Phycoerythrin alpha subunit
bK: B-phycoerythrin beta chain
cK: Phycoerythrin alpha subunit
dK: B-phycoerythrin beta chain
eK: Phycoerythrin alpha subunit
fK: B-phycoerythrin beta chain
gK: Phycoerythrin alpha subunit
hK: B-phycoerythrin beta chain
iK: Phycoerythrin alpha subunit
jK: B-phycoerythrin beta chain
kK: Phycoerythrin alpha subunit
lK: B-phycoerythrin beta chain
mK: Phycoerythrin alpha subunit
nK: B-phycoerythrin beta chain
oK: Phycoerythrin alpha subunit
pK: B-phycoerythrin beta chain
qK: Phycoerythrin alpha subunit
rK: B-phycoerythrin beta chain
sK: Phycoerythrin alpha subunit
tK: B-phycoerythrin beta chain
uK: Phycoerythrin alpha subunit
vK: B-phycoerythrin beta chain
wK: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
xK: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
yK: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
zK: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
aL: Photosystem II protein D1
bL: Photosystem II CP47 reaction center protein
cL: Photosystem II CP43 reaction center protein
dL: Photosystem II D2 protein
eL: Cytochrome b559 subunit alpha
fL: Cytochrome b559 subunit beta
gL: PSII_Pbs31 domain-containing protein
hL: Photosystem II reaction center protein H
iL: Photosystem II reaction center protein I
jL: Photosystem II reaction center protein J
kL: Photosystem II reaction center protein K
lL: PsbL
mL: PsbM
nL: Psb34
oL: Oxygen-evolving enhancer protein
qL: PsbQ'
rL: Photosystem II protein Y
tL: Photosystem II reaction center protein T
uL: PS II complex 12 kDa extrinsic protein
vL: Cytochrome c550
wL: PsbW
xL: Photosystem II reaction center X protein
yL: Photosystem II reaction center protein Ycf12
zL: Photosystem II reaction center protein Z
aM: Phycoerythrin alpha subunit
cM: B-phycoerythrin beta chain
dM: Phycoerythrin alpha subunit
eM: B-phycoerythrin beta chain
fM: Phycoerythrin alpha subunit
gM: B-phycoerythrin beta chain
hM: Phycoerythrin alpha subunit
iM: B-phycoerythrin beta chain
jM: Phycoerythrin alpha subunit
kM: B-phycoerythrin beta chain
lM: Phycoerythrin alpha subunit
mM: B-phycoerythrin beta chain
bM: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
1N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2N: Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic
3N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4N: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
5N: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
6N: Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic
7N: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic
8N: RedCAP
iO: B-phycoerythrin beta chain
jO: Phycoerythrin alpha subunit
kO: B-phycoerythrin beta chain
lO: Phycoerythrin alpha subunit
mO: B-phycoerythrin beta chain
aO: B-phycoerythrin beta chain
bO: Phycoerythrin alpha subunit
cO: B-phycoerythrin beta chain
dO: Phycoerythrin alpha subunit
eO: B-phycoerythrin beta chain
fO: Phycoerythrin alpha subunit
gO: B-phycoerythrin beta chain
hO: Phycoerythrin alpha subunit
bP: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
dQ: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
Z9: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
M9: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
Y3: LPP2
53: LPP2
46: CNT
16: CNT
4L: CNT
1L: CNT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,653,1953331
ポリマ-17,049,602894
非ポリマー1,603,5932437
724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 26種, 618分子 AACAEAGAIAKAMAOAQASAUAWAJBTBBDDDFDHDJDLDNDPDRDTDVDXDOEQESEUE...

#1: タンパク質 ...
Phycoerythrin alpha subunit / R-phycoerythrin alpha subunit


分子量: 17824.029 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: peA, cpeA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E2IH77
#2: タンパク質 ...
B-phycoerythrin beta chain


分子量: 18584.182 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpeB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P11393
#4: タンパク質 Linker4


分子量: 14749.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_1598 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YXP2
#5: タンパク質 CaRSPs1


分子量: 31172.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9475 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YJY8
#6: タンパク質 CaRSP2


分子量: 36402.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_1715 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX67
#7: タンパク質
LRH


分子量: 20187.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)
#21: タンパク質
PSII_Pbs31 domain-containing protein


分子量: 22527.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0971 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z270
#27: タンパク質
PsbM


分子量: 10463.042 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2293 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YYD7
#29: タンパク質
Oxygen-evolving enhancer protein


分子量: 30890.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbO / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: E5RPB3
#30: タンパク質
PsbQ'


分子量: 22397.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_6079 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z679
#32: タンパク質 LPP1


分子量: 10145.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)
#34: タンパク質
PS II complex 12 kDa extrinsic protein


分子量: 16382.673 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8322 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YLQ6
#35: タンパク質
Cytochrome c550 / Oxygen-evolving complex component


分子量: 17764.377 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbV / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYZ6
#40: タンパク質 PsaA


分子量: 83311.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1N1
#46: タンパク質 Cytochrome c6 / Cytochrome c-553 / Cytochrome c553 / Soluble cytochrome f


分子量: 11033.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: petJ / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1L8
#52: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 10590.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: petF / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYF9
#54: タンパク質 PsaR


分子量: 8246.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_3924 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YR43
#55: タンパク質 LPS1


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)
#58: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type III, chloroplastic / Light-harvesting complex I polypeptide


分子量: 18031.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: Lhca2, FVE85_5651 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: P93450
#63: タンパク質 Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, chloroplastic


分子量: 18397.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2505 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YKR2
#64: タンパク質 RedCAP


分子量: 19576.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8746 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YP51
#65: タンパク質 Lrc4


分子量: 16915.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_4247 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YTV6
#66: タンパク質 LRC5


分子量: 30272.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_5140 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z2M2
#73: タンパク質 Phycobiliprotein ApcE / Anchor polypeptide / PBS-anchor protein / Phycobilisome linker polypeptide


分子量: 99484.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcE / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A343KPB8
#80: タンパク質 LPP2


分子量: 17273.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_5305 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z365
#81: タンパク質
CNT


分子量: 10060.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
R-phycoerythrin gamma chain, ... , 4種, 24分子 YAADAEAGAHAOAQA1A4Y7AJAMwFxFwKxKBJBMyFyKM5Z5Z9M9

#3: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 31792.982 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2041 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX19
#13: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 29453.639 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2042 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YZM7
#14: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 31358.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2309 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YZH3
#74: タンパク質
R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic


分子量: 36924.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9240 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YNU6

+
Phycobilisome ... , 9種, 26分子 BEBGBHBOB1B4XEXGXHXOX1X4MIZIYPbPX3z3e7eAdDdQzFzKbJbM

#8: タンパク質
Phycobilisome rod-core linker polypeptide


分子量: 26996.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcG / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ90
#11: タンパク質
Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 39727.625 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8023 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YM59
#12: タンパク質 Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 34958.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0816 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z323
#56: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 46295.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_8365 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YMI8
#72: タンパク質 Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core


分子量: 10428.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2818 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YVZ2
#75: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 32886.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7221 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z7F4
#77: タンパク質 Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 37175.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0729 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z162
#78: タンパク質 Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod


分子量: 55146.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_9810 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YI31
#79: タンパク質 Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod


分子量: 53601.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2314 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YX63

+
C-phycocyanin ... , 2種, 72分子 CEEEGEIEKEMECGEGGGIGKGMGCHEHGHIHKHMHCOEOGOIOKOMOM1C1E1G1I1K1...

#9: タンパク質 ...
C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17478.664 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYI4
#10: タンパク質 ...
C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18242.705 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: cpcB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZB2

+
Photosystem II ... , 13種, 52分子 ALA6a6aLBLB6b6bLCLC6c6cLDLD6d6dLHLH6h6hLILI6i6iLJLJ6j6jLKLK6...

#15: タンパク質
Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39518.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ08, photosystem II
#16: タンパク質
Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56412.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ84
#17: タンパク質
Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 52081.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbC / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYK4
#18: タンパク質
Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39253.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbD / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYZ0, photosystem II
#22: タンパク質
Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7576.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbH / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYU5
#23: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4522.269 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbI / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYJ5
#24: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 3944.665 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbJ / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYQ6
#25: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5178.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbK / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ28
#31: タンパク質・ペプチド
Photosystem II protein Y


分子量: 3727.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbY / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1X5
#33: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3579.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbT / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYV0
#37: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center X protein


分子量: 4147.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbX / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ76
#38: タンパク質・ペプチド
Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3681.562 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: ycf12 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ91
#39: タンパク質
Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6500.705 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbZ / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ40

+
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 8分子 ELE6e6eLFLF6f6fL

#19: タンパク質
Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9477.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbE / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYH5
#20: タンパク質・ペプチド
Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5032.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psbF / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1X0

+
タンパク質・ペプチド , 3種, 12分子 LLL6l6lLNLN6n6nLWLW6w6wL

#26: タンパク質・ペプチド
PsbL


分子量: 4420.138 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ31
#28: タンパク質・ペプチド
Psb34


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)
#36: タンパク質・ペプチド
PsbW


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
Photosystem I ... , 11種, 22分子 BNB2CNC2DND2ENE2FNF2INI2JNJ2KNK2LNL2MNM2ONO2

#41: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 82055.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYU6, photosystem I
#42: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8807.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaC / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S231, photosystem I
#43: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15851.997 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaD / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ23
#44: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7008.944 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaE / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYG1
#45: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20753.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaF / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ71
#47: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 4050.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaI / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ51
#48: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4832.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaJ / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYG9
#49: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X


分子量: 6992.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaK / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZ04
#50: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 14928.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaL / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1Z0
#51: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3187.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: psaM / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1Z9
#53: タンパク質 Photosystem I subunit O


分子量: 9934.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_2781 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YUC8

+
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 2種, 4分子 121N323N

#57: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 19187.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_6435 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z6J3
#59: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 18526.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0338 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YYC4

+
Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, ... , 3種, 6分子 424N525N626N

#60: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic


分子量: 19333.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7382 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4ZAY0
#61: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic


分子量: 19059.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_3955 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YSS5
#62: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein 1B-21, chloroplastic


分子量: 18666.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7927 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4YN76

+
FAS1 domain-containing ... , 2種, 4分子 43b3fBhB

#67: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 26620.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_7258 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4ZA95
#76: タンパク質 FAS1 domain-containing protein


分子量: 31332.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: FVE85_0141 / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: A0A5J4Z027

+
Allophycocyanin ... , 4種, 46分子 A3C3E3G3J3K3N3P3R3T3c3e3g3i3l3m3p3r3t3v3B3D3F3H3I3L3M3O3Q3S3...

#68: タンパク質
Allophycocyanin alpha subunit


分子量: 17639.123 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcA / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RYM0
#69: タンパク質 ...
Allophycocyanin beta subunit


分子量: 17415.797 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcB / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S279
#70: タンパク質 Allophycocyanin gamma subunit


分子量: 18126.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcD / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0S1U6
#71: タンパク質 Allophycocyanin beta 18 subunit


分子量: 19778.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyridium purpureum (真核生物)
遺伝子: apcF / 発現宿主: Porphyridium purpureum (真核生物) / 参照: UniProt: W0RZE2

+
, 2種, 40分子

#95: 糖...
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / : C51H96O15
#102: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

+
非ポリマー , 21種, 2401分子

#82: 化合物...
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 1496 / 由来タイプ: 合成 / : C33H40N4O6
#83: 化合物...
ChemComp-PUB / PHYCOUROBILIN


分子量: 590.710 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / : C33H42N4O6
#84: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 合成 / : C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#85: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56
#86: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#87: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 合成 / : C55H72MgN4O5
#88: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / : C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#89: 化合物
ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : CaMn4O5
#90: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#91: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C55H74N4O5
#92: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / : C45H86O10
#93: 化合物
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#94: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C53H80O2
#96: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#97: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#98: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C31H46O2
#99: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#100: 化合物 ChemComp-3XQ / (2S)-2,3-dihydroxypropyl octadecanoate / 1-O-ステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 358.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C21H42O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#101: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe2S2
#103: 化合物
ChemComp-ZEX / (1R,2S)-4-{(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(4S)-4-hydroxy-2,6,6-trimethylcyclohex-1-en-1-yl]-3,7,12,16-tetramethyloctadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaen-1-yl}-2,5,5-trimethylcyclohex-3-en-1-ol


分子量: 568.871 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56O2
#104: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: In situ single-PBS-PSII-PSI-LHCs megacomplex / タイプ: CELL / Entity ID: #2-#81 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 6000 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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