PDB-7y54: Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y54

タイトル

Crystal structure of sDscam Ig1 domain, isoform alpha1

要素

Down Syndrome Cell Adhesion Molecules

キーワード

CELL ADHESION / cell surface receptor

生物種

Chelicerata (節足動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.787 Å

データ登録者

Chen, Q. / Yu, Y. / Cheng, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata.
著者: Cheng, J. / Yu, Y. / Wang, X. / Zheng, X. / Liu, T. / Hu, D. / Jin, Y. / Lai, Y. / Fu, T.M. / Chen, Q.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y54.cif.gz	70 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y54.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y54_validation.pdf.gz	419.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y54_full_validation.pdf.gz	420.4 KB	表示
XML形式データ	7y54_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	7y54_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/7y54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y4xC 7y5jC 7y5rC 7y6eC 7y6oC 7y73C 7y8hC 7y8iC 7y8sC 7y95C 7y9aC 6zr7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Down Syndrome Cell Adhesion Molecules

11 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.395, 40.728, 41.482
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.180, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Down Syndrome Cell Adhesion Molecules 分子量: 11023.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chelicerata (節足動物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 40% isopropanol, 100 mM Imidazole pH 6.5, 15% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.787→50 Å / Num. obs: 10665 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.787→1.83 Å / Num. unique obs: 508 / CC_1/2: 0.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ZR7

6zr7

解像度: 1.787→20.686 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 23.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	521	5.04 %
R_work	0.1804	9818	-
obs	0.1827	10339	96.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.4 Å² / B_iso mean: 22.4558 Å² / B_iso min: 8.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.787→20.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	775	0	0	81	856
B_iso mean	-	-	-	30.43	-
残基数	-	-	-	-	100

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7872-1.967	0.2465	104	0.1904	2282	90
1.967-2.2513	0.238	132	0.1818	2464	98
2.2513-2.8352	0.2221	132	0.1874	2527	99
2.8352-20.686	0.2201	153	0.1741	2545	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0613	-0.8837	-0.3976	1.6653	0.3549	1.7327	-0.1526	0.0065	-0.4545	0.0674	0.1017	0.0882	0.2329	-0.0666	0.1038	0.1623	-0.0189	-0.0009	0.0902	0.0081	0.1104	-1.6602	-19.4535	5.7503
2	2.0403	1.1145	-0.4657	3.6515	-1.3707	1.9304	0.1043	0.415	-0.1491	-0.3833	0.003	-0.2879	-0.0973	-0.094	0.0561	0.1724	0.0714	0.0207	0.1698	-0.0154	0.1674	15.541	-15.107	-0.374
3	1.0518	-0.5454	-0.2749	0.8412	-0.2236	1.1351	-0.0416	-0.2308	0.0714	0.1114	0.0979	0.0078	0.0156	0.0375	-0.0476	0.1496	0.0193	0.0056	0.1484	-0.0173	0.1207	0.054	-11.695	9.511
4	3.4764	-2.6175	0.655	2.8183	0.1374	2.8414	0.0171	-0.0007	0.4241	0.2339	-0.26	0.7981	-0.5506	0.0094	-0.0024	0.374	-0.0143	-0.0713	0.4323	-0.1093	0.4695	15.139	-7.851	9.154
5	0.8055	-0.405	-0.0729	0.3576	0.1022	0.5285	-0.0092	-0.1287	0.1874	-0.002	0.0343	-0.1439	0.0304	0.0991	-0.0306	0.1154	0.0157	-0.0047	0.1102	-0.0039	0.1474	8.5718	-10.0392	6.2517
6	8.082	-2.7194	-1.9281	1.1962	0.6543	0.67	0.0457	-0.2667	0.0965	0.0616	0.0447	-0.0805	0.0366	-0.0698	-0.0804	0.1352	0.03	-0.0184	0.1882	0.0225	0.0707	-7.707	-11.446	15.025
7	3.2387	-1.0187	-0.0514	1.3151	0.4088	0.9783	-0.0303	-0.1943	0.1041	0.1801	0.1163	-0.068	0.1488	-0.1231	-0.083	0.1396	0.0343	0.025	0.1874	0.0533	0.119	2.996	-19.933	10.827
8	5.6021	-2.0758	-2.7718	2.379	0.4343	6.0289	-0.3448	0.4276	0.1495	0.0871	0.2503	-0.2139	0.3109	0.0605	0.0755	0.1721	0.0202	0.0059	0.1473	-0.0069	0.1849	23.988	-21.902	1.09

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:14)	A	-1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 15:19)	A	15 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:45)	A	20 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 46:49)	A	46 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 50:73)	A	50 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 74:81)	A	74 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 82:92)	A	82 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 93:98)	A	93 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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