[日本語] English
万見
- PDB-7y1q: 5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y1q
タイトル5.0 angstrom cryo-EM structure of transmembrane regions of mouse Basigin/MCT1 in complex with antibody 6E7F1
要素
  • Isoform 2 of Basigin
  • Monocarboxylate transporter 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / glucose metabolism / monocarboxylic acid transport / alpha helical TMs
機能・相同性
機能・相同性情報


Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Basigin interactions / solute:proton symporter activity / succinate transmembrane transporter activity ...Proton-coupled monocarboxylate transport / Aspirin ADME / behavioral response to nutrient / plasma membrane lactate transport / pyruvate transmembrane transport / lactate transmembrane transporter activity / lactate:proton symporter activity / Basigin interactions / solute:proton symporter activity / succinate transmembrane transporter activity / pyruvate catabolic process / acrosomal membrane / Degradation of the extracellular matrix / Integrin cell surface interactions / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / centrosome cycle / response to food / D-mannose binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / photoreceptor outer segment / lateral plasma membrane / response to cAMP / photoreceptor inner segment / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / embryo implantation / regulation of insulin secretion / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / lipid metabolic process / glucose homeostasis / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / angiogenesis / spermatogenesis / cell differentiation / apical plasma membrane / synapse / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...Monocarboxylate transporter / : / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Immunoglobulin domain / MFS transporter superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Basigin / Monocarboxylate transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.03 Å
データ登録者Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, X. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. ...Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, X. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. / Gao, Y. / Liao, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504800 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711003-003-003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Allosteric modulation of monocarboxylate transporters 1 and 4 by targeting their chaperon Basigin-2
著者: Zhang, H. / Yang, X. / Xue, Y. / Huang, Y. / Mo, Y. / Zhang, H. / Li, N. / Gao, N. / Li, X. / Wang, S. / Gao, Y. / Liao, J.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monocarboxylate transporter 1
B: Isoform 2 of Basigin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0162
ポリマ－83,0162
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, The combination of cryo-EM study and biochemical assays indicate that the transmembrane portion of Basigin tightly binds monocarboxylate transporter 1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Monocarboxylate transporter 1 / MCT 1 / Solute carrier family 16 member 1


分子量: 53308.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc16a1, Mct1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P53986
#2: タンパク質 Isoform 2 of Basigin / Basic immunoglobulin superfamily / HT7 antigen / Membrane glycoprotein gp42


分子量: 29707.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bsg / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18572

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1
タイプ: COMPLEX
詳細: Ternary complex of transmembrane regions of Basigin with monocarboxylate transporter 1, extracellular region of Basigin is missed due to high flexibility
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S / プラスミド: pEG BacMam
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES pH 7.5HEPES1
2150 mMNaClNaCl1
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 3.5-4.5 s before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 2.5215 sec. / 電子線照射量: 1.56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5895
画像スキャン横: 1034 / 縦: 1034 / 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv3.3.2粒子像選択Blob picker
2SerialEMSerialEM Version 3.8.0 beta画像取得
4cryoSPARCv3.3.2CTF補正Patch CTF estimation (multi)
7cryoSPARC2.15モデルフィッティングThe beta carbons of both model were generated and fitted to maps
9PHENIX1.19.2モデル精密化real space refinement on TM regions
10cryoSPARCv3.3.2初期オイラー角割当2D classification
11cryoSPARCv3.3.2最終オイラー角割当2D classification
12cryoSPARCv3.3.2分類
13cryoSPARCv3.3.2３次元再構成
画像処理詳細: raw image processed by patch motion.
CTF補正詳細: Movies CTF amplitude correction was performed by patch CTF.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1610675
詳細: Minimum particle diameter (A) 120 Maximum particle diameter (A) 140 Lowpass filter to apply (A) 10 Circular blob
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129990 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 53.6 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: The transmembrane regions of human MCT1 and Basigin-2 were first generated, with side chain of each residue truncated into beta carbon atom. The the model was initial fitted using chimera and ...詳細: The transmembrane regions of human MCT1 and Basigin-2 were first generated, with side chain of each residue truncated into beta carbon atom. The the model was initial fitted using chimera and then phenix was used for flexible fitting.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 6LZ0 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 6LZ0

6lz0

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-IDPdb chain residue range
1A16-442
2B206-242

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る