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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xyc | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber gp52 in vitro | ||||||
要素 | phage tail fiber | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Phage type II tail fiber | ||||||
生物種 | Klebsiella phage Kp7 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, L. / Xiang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure and assembly of the Klebsiella pneumoniae phage tail fibers 著者: Huang, L. / Xiang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xyc.cif.gz | 275.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xyc.ent.gz | 225.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xyc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xyc_validation.pdf.gz | 731.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xyc_full_validation.pdf.gz | 751.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7xyc_validation.xml.gz | 52 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xyc_validation.cif.gz | 78.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xy/7xyc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61210.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella phage Kp7 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Klebsiella phage Kp7 type II tail fiber / タイプ: COMPLEX / 詳細: Trimer of tail fiber proteins / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Klebsiella phage Kp7 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3710 / 縦: 3710 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.0.8 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113834 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | B value: 146 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |