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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xv1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RPA70N-HelB fusion | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / RPA / RPA70N / HelB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of DNA double-strand break processing / protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / single-stranded telomeric DNA binding / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand ...regulation of DNA double-strand break processing / protein localization to chromosome / DNA replication factor A complex / chromatin-protein adaptor activity / protein localization to site of double-strand break / single-stranded telomeric DNA binding / Removal of the Flap Intermediate / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / DNA replication, synthesis of primer / single-stranded DNA helicase activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / site of DNA damage / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / telomere maintenance via telomerase / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / HSF1 activation / DNAミスマッチ修復 / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Activation of ATR in response to replication stress / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / telomere maintenance / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / 塩基除去修復 / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / PML body / 遺伝的組換え / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / 5'-3' DNA helicase activity / Processing of DNA double-strand break ends / DNA recombination / ヘリカーゼ / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA修復 / DNA damage response / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y.Y. / Zang, N. / Fu, W.M. / Zhou, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Structural characterization of human RPA70N association with DNA damage response proteins. 著者: Wu, Y. / Fu, W. / Zang, N. / Zhou, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xv1.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xv1.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xv1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/7xv1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7xutC 7xuvC 7xuwC 7xv0C 7xv4C 8jzvC 8jzyC 8k00C 5eayS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13187.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPA1, REPA1, RPA70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27694 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3306.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HELB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NG08, ヘリカーゼ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 200 mM Ammonium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→24.68 Å / Num. obs: 28713 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06153 / Rpim(I) all: 0.0188 / Net I/σ(I): 26.49 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.864 Å / Rmerge(I) obs: 0.4831 / Num. unique obs: 2524 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.14 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5EAY 解像度: 1.8→24.68 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.34 Å2 / Biso mean: 35.3766 Å2 / Biso min: 17.34 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→24.68 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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