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- PDB-7xub: Structure of G9a in complex with compound 10d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xub
タイトルStructure of G9a in complex with compound 10d
要素Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
キーワードTRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / oocyte development / C2H2 zinc finger domain binding / fertilization / cellular response to cocaine / organ growth / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / spermatid development / Transcriptional Regulation by E2F6 / behavioral response to cocaine / regulation of DNA replication / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Transcriptional Regulation by VENTX / long-term memory / response to fungicide / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / epigenetic regulation of gene expression / cellular response to starvation / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / Regulation of TP53 Activity through Methylation / PKMTs methylate histone lysines / p53 binding / cellular response to xenobiotic stimulus / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / response to ethanol / nuclear speck / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain ...Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2 / : / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT1/EHMT2, Cys-rich region / Pre-SET motif / Pre-SET domain / Pre-SET domain profile. / N-terminal to some SET domains / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I6L / SINEFUNGIN / Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Umehara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Novel Substrate-Competitive Lysine Methyltransferase G9a Inhibitors as Anticancer Agents.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Kikuzato, K. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Sonoda, T. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / ...著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Kikuzato, K. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Sonoda, T. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / Koyama, H. / Yoshida, M. / Ito, A. / Shirai, F.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,61718
ポリマ－65,2102
非ポリマー2,40716
水5,368298
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.571, 77.464, 68.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.435, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a


分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 314分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#4: 化合物 ChemComp-I6L / ~{N}-[(1~{S})-1-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)pentyl]-3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide


分子量: 406.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris propane (7.75), 0.2M Sodium Formate, 10% Ethylene Glycol, 26% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 40123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 30.49 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2004 / Rsym value: 0.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7XUA

7xua


解像度: 2→38.05 Å / SU ML: 0.253 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 26.6286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 2018 5.04 %
Rwork0.1777 74570 -
obs0.1796 40010 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 142 298 4734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00624540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95516150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.72841694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.34691400.32312564X-RAY DIFFRACTION95.38
2.02-2.040.32551140.32122652X-RAY DIFFRACTION99.6
2.04-2.070.32351450.28952684X-RAY DIFFRACTION99.37
2.07-2.10.28821730.27472638X-RAY DIFFRACTION99.68
2.1-2.130.3231260.28562663X-RAY DIFFRACTION99.75
2.13-2.160.29071470.26262640X-RAY DIFFRACTION99.86
2.16-2.190.31541440.24852702X-RAY DIFFRACTION99.89
2.2-2.230.29791210.23442674X-RAY DIFFRACTION99.79
2.23-2.270.27611460.22972643X-RAY DIFFRACTION99.25
2.27-2.310.26691500.22752626X-RAY DIFFRACTION99.82
2.31-2.360.28381340.22072771X-RAY DIFFRACTION99.62
2.36-2.40.2431560.21262605X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.460.22121560.21532691X-RAY DIFFRACTION99.55
2.46-2.510.28471620.20282606X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.580.25541440.18722686X-RAY DIFFRACTION99.82
2.58-2.650.24891530.1812642X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.720.20521270.18692675X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.810.21391150.18092688X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.910.19731220.18232679X-RAY DIFFRACTION99.93
2.91-3.030.24031050.17732723X-RAY DIFFRACTION99.96
3.03-3.170.20371480.1692637X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.330.19511630.16122703X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.540.18761490.14862666X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.810.17511540.14332662X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-4.20.18481380.13342645X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.80.15351430.12732670X-RAY DIFFRACTION100
4.8-6.050.20051430.14842675X-RAY DIFFRACTION99.93
6.05-38.050.19161410.16892660X-RAY DIFFRACTION99.26
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.874540403270.553752273734-0.9386985702592.17874211495-0.3087125684912.52564013696-0.115470002377-0.241763668994-0.5174798425660.09801910535820.1766244430270.5257347429690.110893253325-0.337095875485-0.06342390255660.294335887890.04565500841760.006795068981730.2666438905070.1141432207740.50777707423642.6541681715-9.67458429563103.417834406
22.848648285111.21230152836-1.132369658582.27875594701-0.6053576983862.655861594950.131440926594-0.682623617250.1682633853580.271503899702-0.188400660763-0.2496762632570.08107140236050.8614090036060.0715034439780.330569055090.0139272011538-0.007021331592590.550091158212-0.1575899797610.36386108249772.08107754422.80274641731106.544394859
34.31787555391.58728376086-0.8763133006431.29749664505-0.828144535031.36838999490.0786694660453-0.773151870436-0.1370654001660.195834022905-0.01531791411750.121738623060.03811985540030.295664440498-0.06658880701710.3453327356820.0847353311592-0.01716381638120.3963963739420.00891639494750.29680771709863.4415052317-4.46251630362110.561189479
43.647652045930.244385027728-0.618002269194.39752517615-1.180366367382.955136259950.0958173273915-0.8246189825710.3698115288620.4309300901550.1746017549680.194876397558-0.3840964818390.183615052437-0.1894932854760.3030316330680.02663203345970.06299834495250.328873724628-0.05323278831160.31605081502251.01403370443.4377470575111.199855605
54.543498230250.869512635586-0.7999320252661.9881074258-0.1322492578952.52257545251-0.0133337625208-1.13006231317-0.1360836703410.234800101223-0.0221776855875-0.0154602182967-0.09736926361010.393029268238-0.01458833155480.2849646339340.0874189025852-0.006864462614680.465540992055-0.04404501792180.25891366778658.8600177802-0.286782364501113.806695032
64.544053642582.86575548577-1.982436983513.59020764012-0.6585525567385.101526456990.125678173229-1.594077666680.5787301061880.8281651510210.008487048082810.316540697131-0.2971099860590.201138237059-0.1852773228170.6911939410330.1951473604520.1937303263951.08345095468-0.07282243708340.6069069561342.20512335694.23539791145127.589390527
74.68452078430.812081135347-2.321439757441.41405091093-2.063932255783.3973721121-0.3174031737470.078545513897-0.8724031030450.3321373279210.380581260049-0.3034716567210.436977326820.631839138611-0.03675767608520.3509854598860.0669383122561-0.06263014808390.436658943827-0.1836857877450.51147929532581.3954769298-11.19051481688.9391441977
85.7125890829-1.36196403417-2.343190283651.574093733790.540618310111.35012385009-0.00970677539926-0.292551238277-0.2013287500180.09056354023830.304304760688-0.489981933917-0.1038543948280.475421545863-0.3289286117810.286981671876-0.00386987403907-0.03380128697050.416762216731-0.1642247838170.4557124344385.812265412-4.7234758333686.3032221355
94.807371066350.301101857453-1.159744344630.2947148979350.3003998109961.17442413153-0.04000870053320.2575326310860.553616595098-0.1492177389990.1321337267670.022195078711-0.303010014748-0.0748773312659-0.07432327406780.3095429227420.0529275852586-0.0241218064650.2413198784960.01220671898610.40174438144154.11800925924.2874339451187.432728989
104.96332053157-0.670416024341-0.7431634109436.0004308187-0.3828157611822.363350925450.1030203084351.40262056688-0.337423817132-1.08258523163-0.131406976177-0.0177123044871-0.0530069782128-0.08740309515140.02884550866680.3722864299860.0105702165571-0.04545413135010.586602386679-0.08762247958660.3909174678154.7944916061-4.0478041624175.5249855055
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122.24548591626-0.418237686563-1.126929075462.372321436810.1242108727713.193756276240.04430382248731.14925397107-0.0314162657462-0.510578452660.0751840661579-0.450034084932-0.1817793128240.455509709561-0.07665273636840.350845592203-0.0827867604910.04926534694670.917478153544-0.09717430591770.4065629740978.4673082332-1.0187903179866.7735459765
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 916 through 954 )AA916 - 9541 - 39
22chain 'A' and (resid 955 through 1001 )AA955 - 100140 - 86
33chain 'A' and (resid 1002 through 1049 )AA1002 - 104987 - 134
44chain 'A' and (resid 1050 through 1118 )AA1050 - 1118135 - 203
55chain 'A' and (resid 1119 through 1155 )AA1119 - 1155204 - 240
66chain 'A' and (resid 1156 through 1185 )AA1156 - 1185241 - 270
77chain 'B' and (resid 917 through 935 )BH917 - 9351 - 19
88chain 'B' and (resid 936 through 954 )BH936 - 95420 - 38
99chain 'B' and (resid 955 through 985 )BH955 - 98539 - 69
1010chain 'B' and (resid 986 through 1021 )BH986 - 102170 - 105
1111chain 'B' and (resid 1022 through 1134 )BH1022 - 1134106 - 215
1212chain 'B' and (resid 1135 through 1185 )BH1135 - 1185216 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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