PDB-7xuc: Structure of G9a in complex with compound 11a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xuc

タイトル

Structure of G9a in complex with compound 11a

要素

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

キーワード

TRANSFERASE / histone lysine methyltransferase / inhibitor / protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein modification process / phenotypic switching / neuron fate specification / [histone H3]-lysine9 N-methyltransferase / peptidyl-lysine dimethylation / histone H3K9 methyltransferase activity / histone H3K9me2 methyltransferase activity / histone H3K27 methyltransferase activity / synaptonemal complex assembly / negative regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Niwa, H. / Shirai, F. / Sato, S. / Nishigaya, Y. / Umehara, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Novel Substrate-Competitive Lysine Methyltransferase G9a Inhibitors as Anticancer Agents.
著者: Nishigaya, Y. / Takase, S. / Sumiya, T. / Kikuzato, K. / Sato, T. / Niwa, H. / Sato, S. / Nakata, A. / Sonoda, T. / Hashimoto, N. / Namie, R. / Honma, T. / Umehara, T. / Shirouzu, M. / ...

履歴

登録	2022年5月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xuc.cif.gz	307.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xuc.ent.gz	203.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xuc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/7xuc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7xuaSC 7xubC 7xudC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
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サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#223 - 2018年7月
ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

B: Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.572, 77.620, 66.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.645, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 methyltransferase 3 / H3-K9-HMTase 3 / Lysine N-methyltransferase 1C / Protein G9a 分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#1: タンパク質

Histone-lysine N-methyltransferase EHMT2 / Euchromatic histone-lysine N-methyltransferase 2 / HLA-B-associated transcript 8 / Histone H3-K9 ...

分子量: 32604.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 遺伝子: EHMT2, BAT8, C6orf30, G9A, KMT1C, NG36 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96KQ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 694分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#4: 化合物	ChemComp-I6S / 3,6,6-trimethyl-4-oxidanylidene-~{N}-[(2~{S})-1-oxidanylidene-1-phenylazanyl-hexan-2-yl]-5,7-dihydro-1~{H}-indole-2-carboxamide 分子量: 409.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Bis-Tris propane (pH7.5), 0.2M Sodium Fluoride, 10% Ethylene Glycol, 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→50 Å / Num. obs: 65265 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 13.69 Å² / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.07 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3021 / CC_1/2: 0.754 / R_pim(I) all: 0.311 / R_rim(I) all: 0.472 / R_sym value: 0.353 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158+SVN	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7XUA

7xua

解像度: 1.67→17.55 Å / SU ML: 0.1642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.3092
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	3236	4.96 %
R_work	0.1585	61984	-
obs	0.1599	65220	97.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→17.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4337	0	135	678	5150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071	4670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.841	6328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	826
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.3948	1756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.7	0.2778	114	0.2205	2405	X-RAY DIFFRACTION	88.2
1.7-1.72	0.2333	122	0.2101	2577	X-RAY DIFFRACTION	93.04
1.72-1.75	0.2314	123	0.2001	2597	X-RAY DIFFRACTION	94.74
1.75-1.78	0.2238	117	0.1972	2659	X-RAY DIFFRACTION	95.63
1.78-1.81	0.2359	164	0.1912	2623	X-RAY DIFFRACTION	96.3
1.81-1.85	0.2087	148	0.1823	2651	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.85-1.88	0.2335	134	0.1756	2688	X-RAY DIFFRACTION	97.65
1.88-1.93	0.2032	146	0.1731	2678	X-RAY DIFFRACTION	98.53
1.93-1.97	0.2108	145	0.1645	2713	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.97-2.02	0.1998	128	0.1643	2743	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.02-2.07	0.2013	148	0.161	2681	X-RAY DIFFRACTION	98.3
2.07-2.14	0.1763	139	0.1565	2755	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.14-2.2	0.1848	155	0.1543	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.2-2.28	0.1783	144	0.1518	2777	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.28-2.37	0.1931	147	0.1559	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.37-2.48	0.2118	162	0.161	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.48-2.61	0.1789	150	0.1581	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.45
2.61-2.77	0.2408	126	0.1638	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.78-2.99	0.1879	122	0.1632	2788	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.99-3.29	0.1743	154	0.1573	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.76	0.1554	160	0.1375	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.76-4.72	0.1198	141	0.1228	2699	X-RAY DIFFRACTION	97.29
4.72-17.55	0.1864	147	0.1594	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.72927774887	0.280699842654	0.68853656689	1.95669810141	0.501472278487	1.53473052304	-0.0495277446099	0.0285712916373	0.0537440050732	-0.0111596703129	0.0630765849939	-0.214348870046	-0.00844500200285	0.187057511723	-0.0215003231613	0.0921226769828	0.0202670123558	0.00475107368135	0.0870954675147	-0.0207163223496	0.103398655402	40.3003579173	11.0123777569	100.784058987
2	1.24439778298	0.33143664548	0.47969296158	0.901311352085	0.323150257361	1.2250228757	-0.0260010626372	-0.322237380378	0.121951728575	0.133832545316	-0.029260225127	0.146293469776	-0.0493679804399	-0.345810392611	0.0383988992852	0.139213861945	0.0199037477964	0.0234762721532	0.189135559761	0.00493862286916	0.117617159244	10.8962742687	-0.701451155098	105.269774639
3	2.04394552466	0.812314920198	0.374493967254	0.430527350718	0.331324837455	0.39845886744	0.0338602836806	-0.360151417616	0.0725206666613	0.0699511549233	-0.0683732121052	0.0329084479187	-0.0211118472818	-0.162800427632	0.0443709454795	0.120882021132	0.028815825091	0.00120157582992	0.148879305603	-0.0193848522093	0.0917928822882	21.0026623373	6.38854521004	108.150009388
4	1.4984209401	-0.723554324192	-0.0298408756352	4.52266828058	1.26883834791	1.67044124854	0.0741941878389	-0.266127141053	-0.18077329661	0.350330155091	-0.0619595831755	0.0680698905364	0.341571991931	-0.0677818703691	-0.0123175922231	0.154356857243	-0.000415665890068	-0.0144198094827	0.107742866223	0.00514242253717	0.0865438407379	29.5742219297	-4.1056244927	108.514484468
5	1.46301612539	0.459255049879	0.580795800763	0.69077557511	0.194205314002	0.895081105468	0.0347994014967	-0.253813340118	0.0181067524942	0.136571068779	-0.0238591092211	-0.0264781983371	0.0286541424065	-0.0891995954495	-0.0113419743395	0.119005390857	0.02591575998	0.0104583987908	0.0851397587389	-0.0104870475511	0.072818070763	27.9065876011	1.33386392129	110.632185667
6	3.08702115477	0.46087707749	1.05876822302	1.95938287353	-0.339824407643	4.13017688136	0.144807923932	-0.664437051407	-0.226040643367	0.315291124093	-0.101059811758	0.00935045308473	0.177349464574	-0.0961381402829	-0.0293553132064	0.258303325776	0.00280935204783	-0.0353103102762	0.254556534737	0.033350579341	0.158582075081	40.7223554501	-3.06790025145	126.591268428
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8	2.99516889168	-0.996546265678	1.73655383726	0.609371507755	-0.509525857968	1.01485074207	-0.0898531804449	-0.19467169475	0.165926600558	0.0446402987966	0.0662738687447	0.0739953821595	-0.0333631964159	-0.230490094062	0.0131674595055	0.0927604062762	0.00542564902042	0.0163609778071	0.143279930452	0.0223263533984	0.160624981201	-2.9139327567	5.17004833076	83.7455177253
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10	2.5757009468	0.101463483306	0.473889763255	2.42002436738	-0.300112835881	1.93277037522	-0.0675984394394	0.386805569581	0.205351856896	-0.260560218218	0.0281669766737	0.0460898310447	-0.0191181147095	0.00775428112949	0.0454968455476	0.0968792184663	-0.00423953930402	0.0028801081578	0.131964649216	0.0268040959067	0.0933533025157	31.6820578712	4.87641259626	77.9502423619
11	1.74987914568	-0.46885295934	0.254405345262	0.348193332216	-0.130198367542	1.14663331625	0.0184109682906	0.157632522333	0.196823254525	-0.047075412894	-0.0212092209855	0.0424386276202	0.0135176929028	-0.00766619860236	-0.00595421932657	0.0769525756406	-0.0111758296273	-0.00424358541274	0.0809220228122	0.0323431282718	0.0899933943139	8.602439128	4.83679061922	77.4116756828
12	2.74736052621	-0.208890798945	0.185275290585	4.3628002324	0.28829544156	3.8966451786	0.117162845014	0.339614753915	-0.3397509708	-0.313133986165	-0.0261654565987	0.0977566079116	0.502578445833	-0.0365221334329	0.0343228766639	0.135998934265	-0.0190756145294	-0.0321424895968	0.0989484699828	0.0212299331963	0.11532947717	9.20313172443	-10.0313188921	77.8420144298
13	1.4865801184	0.175064417287	0.212705711236	0.810151076758	-0.0374928700987	0.410583054712	0.0119503629103	0.29515788537	0.0142364759806	-0.0616279988691	0.0435982271708	-0.00553819309808	0.0779968963501	0.00100705508126	-0.0435628845719	0.104318130824	-0.00900686078332	0.00101569974341	0.092913687214	0.0270267069104	0.0720482282209	15.1690409036	-0.232551519061	75.4932810143
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15	3.73701487199	-0.978866270548	1.17589802633	3.21417454346	-0.064816395057	4.79512253157	0.0284642979833	0.524657032482	-0.0667686814203	-0.33500727788	-0.0654030066455	-0.0450942352411	0.28766816102	0.0643632080683	0.0198432876468	0.260375785274	-0.0429053638901	-0.0383738059526	0.3002701534	0.0240684484013	0.164677809307	0.629363632249	-4.84641117863	59.0899756957

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 916 through 954 )	A	A	916 - 954	1 - 39
2	2	chain 'A' and (resid 955 through 1001 )	A	A	955 - 1001	40 - 86
3	3	chain 'A' and (resid 1002 through 1054 )	A	A	1002 - 1054	87 - 137
4	4	chain 'A' and (resid 1055 through 1096 )	A	A	1055 - 1096	138 - 179
5	5	chain 'A' and (resid 1097 through 1155 )	A	A	1097 - 1155	180 - 238
6	6	chain 'A' and (resid 1156 through 1189 )	A	A	1156 - 1189	239 - 272
7	7	chain 'B' and (resid 917 through 935 )	B	H	917 - 935	1 - 19
8	8	chain 'B' and (resid 936 through 954 )	B	H	936 - 954	20 - 38
9	9	chain 'B' and (resid 955 through 970 )	B	H	955 - 970	39 - 54
10	10	chain 'B' and (resid 971 through 1030 )	B	H	971 - 1030	55 - 110
11	11	chain 'B' and (resid 1031 through 1079 )	B	H	1031 - 1079	111 - 159
12	12	chain 'B' and (resid 1080 through 1106 )	B	H	1080 - 1106	160 - 186
13	13	chain 'B' and (resid 1107 through 1140 )	B	H	1107 - 1140	187 - 220
14	14	chain 'B' and (resid 1141 through 1155 )	B	H	1141 - 1155	221 - 235
15	15	chain 'B' and (resid 1156 through 1189 )	B	H	1156 - 1189	236 - 269

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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