[日本語] English

万見

- PDB-7xti: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (E... -

+
データを開く

-
基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7xti

タイトル

RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)

要素

(DNA (198-MER)) x 2
(DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
(DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
(FACT complex ...) x 2
(RNA polymerase II ...) x 4
(RNA polymerase subunit ABC10- ...) x 2
(Transcription elongation factor ...) x 4
Component of the Paf1p complex
Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
Histone H2A type 1-B/E
Histone H2B type 1-J
Histone H3.3
Histone H4
Leo1
Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3')
RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
RNAP II-associated protein
RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA/RNA / chromatin / nucleosome / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

constitutive heterochromatin formation / FACT complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / histone chaperone activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / DSIF complex ...constitutive heterochromatin formation / FACT complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / histone chaperone activity / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / DSIF complex / : / RPB4-RPB7 complex / inner kinetochore / pericentric heterochromatin formation / nucleosome organization / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation factor activity / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nucleosomal DNA binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / nucleus organization / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / chromosome, centromeric region / spermatid development / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / single fertilization / translation elongation factor activity / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase I complex / negative regulation of megakaryocyte differentiation / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / RNA polymerase II, core complex / nucleosome binding / tRNA transcription by RNA polymerase III / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / transcription by RNA polymerase I / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / translation initiation factor binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / embryo implantation / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Meiotic synapsis / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / transcription elongation by RNA polymerase II / lipopolysaccharide binding / P-body / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / Metalloprotease DUBs / NoRC negatively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines
類似検索 - 分子機能

: / SSRP1 PH domain / : / Spt6, S1/OB domain / : / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / : ...: / SSRP1 PH domain / : / Spt6, S1/OB domain / : / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / : / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / : / FACT complex subunit SPT16 PH-like domain / Leo1-like protein / FACT complex subunit Spt16 domain / Leo1-like protein / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / RuvA domain 2-like / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / NusG, N-terminal domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / DNA-directed RNA-polymerase II subunit
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Komagataella phaffii (菌類)

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Ehara, H. / Kujirai, T. / Shirouzu, M. / Kurumizaka, H. / Sekine, S.

資金援助

日本, 7件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20H03201	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20H05690	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20H00449	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H05534	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP20am0101082	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP21am0101076	日本
Japan Science and Technology	JPMJER1901	日本

引用

ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT.
著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /

要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII ...

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月3日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7xti.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7xti.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7xti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7xti_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7xti_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	7xti_validation.xml.gz	210.5 KB	表示
CIF形式データ	7xti_validation.cif.gz	347.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/7xti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	33450MC 33313C 33424C 33436C 33437C 33441C 33447C 7xn7C 7xseC 7xsxC 7xszC 7xt7C 7xtdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (6) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (2) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (70) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (57) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (22) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (153) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #180 - 2014年12月 TALエフェクター (TAL Effectors) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #119 - 2009年11月人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal) 類似性 (1) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #8 - 2000年8月制限酵素 (Restriction Enzymes) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (3) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (6)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (2)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (4)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (70)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (2)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (57)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (22)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (3)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (153)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (3)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (4)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#8 - 2000年8月
制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (3)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core

D: RNA polymerase II subunit B32

E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III

G: RNA polymerase II subunit

H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

I: DNA-directed RNA polymerase subunit

J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III

K: RNA polymerase II subunit B12.5

L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha

M: Transcription elongation factor 1 homolog

N: DNA (198-MER)

P: RNA (5'-R(P*UP*GP*UP*AP*AP*UP*CP*CP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*U)-3')

T: DNA (198-MER)

V: Transcription elongation factor SPT4

W: Transcription elongation factor SPT5

m: Transcription elongation factor Spt6

n: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II

q: Component of the Paf1p complex

r: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit

u: Leo1

v: RNAP II-associated protein

x: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p

a: Histone H3.3

b: Histone H4

e: Histone H3.3

f: Histone H4

g: Histone H2A type 1-B/E

h: Histone H2B type 1-J

j: FACT complex subunit

k: FACT complex subunit POB3

ヘテロ分子

1.57 MDa, 33 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

-
要素

+
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6

+
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質	RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質	RNA polymerase II subunit B32 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質	RNA polymerase II subunit 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質	RNA polymerase II subunit B12.5 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3Z5

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R3P8
#8: タンパク質	DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R273

+
タンパク質 , 11種, 13分子 Fnqruvxaebfgh

#6: タンパク質	RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R1V1
#20: タンパク質	Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II 分子量: 46907.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr4_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R7L8
#21: タンパク質	Component of the Paf1p complex 分子量: 124979.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R6B2
#22: タンパク質	RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit 分子量: 62301.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 遺伝子: RTF1, PP7435_Chr1-1405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QQ42
#23: タンパク質	Leo1 分子量: 52387.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R3K1
#24: タンパク質	RNAP II-associated protein 分子量: 46045.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr4_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R997
#25: タンパク質	Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p 分子量: 44760.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr2-1_0674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R1E6
#26: タンパク質	Histone H3.3 分子量: 15643.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#27: タンパク質	Histone H4 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#28: タンパク質	Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#29: タンパク質	Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r 分子量: 14217.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

+
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質	RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質	RNA polymerase subunit ABC10-alpha 分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1

+
Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MVWm

#13: タンパク質	Transcription elongation factor 1 homolog 分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45
#17: タンパク質	Transcription elongation factor SPT4 分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6
#18: タンパク質	Transcription elongation factor SPT5 / Chromatin Elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor spt5 分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370
#19: タンパク質	Transcription elongation factor Spt6 分子量: 173241.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr4_0308 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C4R7H2

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖	DNA (198-MER) 分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖	DNA (198-MER) 分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPGPUPAPAPUPCPCPCPCPUPUPGPGPCPGPGPUPU)-3') 分子量: 6008.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
FACT complex ... , 2種, 2分子 jk

#30: タンパク質	FACT complex subunit 分子量: 115220.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr1-4_0529 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QYQ8
#31: タンパク質	FACT complex subunit POB3 分子量: 60292.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 遺伝子: POB3, PP7435_Chr1-0311 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QNN8

+
非ポリマー , 2種, 11分子

#32: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験情報

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC58hex)	COMPLEX	#1-#31	0	MULTIPLE SOURCES
2	RNA polymerase II	COMPLEX	#1-#12	1	NATURAL
3	Elf1,Spt4/5,Spn1 and Paf1C	COMPLEX	#13, #17-#18, #24-#29	1	RECOMBINANT
4	DNA,RNA	COMPLEX	#14-#16	1	SYNTHETIC
5	histone, FACT complex subunit	COMPLEX	#19-#22, #30-#31	1	RECOMBINANT
6	Spt6	COMPLEX	#23	1	RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	2	Komagataella phaffii (菌類)	460519
3	3	Komagataella phaffii (菌類)	460519
5	5	Homo sapiens (ヒト)	9606
6	6	Komagataella phaffii (菌類)	460519

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
3	3	Escherichia coli (大腸菌)	562
5	5	Escherichia coli (大腸菌)	562
6	6	Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)	7108

緩衝液

pH: 7.5

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 51 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29919 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

+
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

+
タンパク質 , 11種, 13分子 Fnqruvxaebfgh

+
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

+
Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MVWm

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

+
FACT complex ... , 2種, 2分子 jk

+
非ポリマー , 2種, 11分子

+
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

+DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

+RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

+DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

+タンパク質 , 11種, 13分子 Fnqruvxaebfgh

+RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

+Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MVWm

+DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

+RNA鎖 , 1種, 1分子 P

+FACT complex ... , 2種, 2分子 jk

+非ポリマー , 2種, 11分子

+詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

+
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

+
タンパク質 , 11種, 13分子 Fnqruvxaebfgh

+
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

+
Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MVWm

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

+
FACT complex ... , 2種, 2分子 jk

+
非ポリマー , 2種, 11分子

+
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)