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- PDB-7xsz: RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115) -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7xsz
タイトルRNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115)
要素
  • (DNA (198-MER)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ABC10- ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 4
  • Component of the Paf1p complex
  • Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
  • Histone H2A type 1-B/E
  • Histone H2B type 1-J
  • Histone H3.3
  • Histone H4
  • Leo1
  • Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*UP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*A)-3')
  • RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
  • RNAP II-associated protein
  • RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of chromosome condensation / DSIF complex / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation ...RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / negative regulation of chromosome condensation / DSIF complex / Barr body / regulation of centromere complex assembly / muscle cell differentiation / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome organization / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / RPB4-RPB7 complex / transcription elongation factor activity / oocyte maturation / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / termination of RNA polymerase II transcription / nucleus organization / termination of RNA polymerase III transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase II complex binding / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / nucleosome binding / chromosome, centromeric region / spermatid development / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / subtelomeric heterochromatin formation / single fertilization / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / negative regulation of megakaryocyte differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / translation elongation factor activity / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / translation initiation factor binding / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / embryo implantation / Meiotic synapsis / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / transcription elongation factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / regulation of DNA-templated transcription elongation / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / lipopolysaccharide binding / Transcriptional regulation by small RNAs / transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / heterochromatin formation / ribonucleoside binding / PKMTs methylate histone lysines
類似検索 - 分子機能
: / : / Spt6, S1/OB domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. ...: / : / Spt6, S1/OB domain / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / TFIIS/LEDGF domain superfamily / RuvA domain 2-like / Tetratricopeptide repeat / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / S1 domain profile. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p / RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / RNA polymerase-associated protein LEO1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / Component of the Paf1p complex / Transcription elongation factor Spt6 / RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core / Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II / RNAP II-associated protein / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit / Histone H2A type 1-B/E / Histone H2B type 1-J / Histone H4 / Histone H3.3
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ehara, H. / Kujirai, T. / Shirouzu, M. / Kurumizaka, H. / Sekine, S.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101076 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT.
著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /
要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII elongation complex (EC) passing through a nucleosome in the presence of the transcription elongation factors Spt6, Spn1, Elf1, Spt4/5, and Paf1C and the histone chaperone FACT (facilitates chromatin transcription). The structures show snapshots of EC progression on DNA mediating downstream nucleosome disassembly, followed by its reassembly upstream of the EC, which is facilitated by FACT. FACT dynamically adapts to successively occurring subnucleosome intermediates, forming an interface with the EC. Spt6, Spt4/5, and Paf1C form a "cradle" at the EC DNA-exit site and support the upstream nucleosome reassembly. These structures explain the mechanism by which the EC traverses nucleosomes while maintaining the chromatin structure and epigenetic information.
履歴
登録2022年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: DNA (198-MER)
P: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*UP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*A)-3')
T: DNA (198-MER)
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Transcription elongation factor SPT5
m: Transcription elongation factor Spt6
n: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
q: Component of the Paf1p complex
r: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
u: Leo1
v: RNAP II-associated protein
x: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
a: Histone H3.3
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1-B/E
d: Histone H2B type 1-J
e: Histone H3.3
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1-B/E
h: Histone H2B type 1-J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,428,29444
ポリマ－1,427,61533
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3P8
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273

-
タンパク質 , 11種, 15分子 Fnqruvxaebfcgdh

#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#20: タンパク質 Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II


分子量: 46907.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R7L8
#21: タンパク質 Component of the Paf1p complex


分子量: 124979.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R6B2
#22: タンパク質 RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit


分子量: 62301.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
遺伝子: RTF1, PP7435_Chr1-1405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QQ42
#23: タンパク質 Leo1


分子量: 52387.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R3K1
#24: タンパク質 RNAP II-associated protein


分子量: 46045.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R997
#25: タンパク質 Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p


分子量: 44760.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R1E6
#26: タンパク質 Histone H3.3


分子量: 15643.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H3F3A, H3.3A, H3F3, PP781, H3F3B, H3.3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84243
#27: タンパク質 Histone H4


分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, ...遺伝子: H4C1, H4/A, H4FA, HIST1H4A, H4C2, H4/I, H4FI, HIST1H4B, H4C3, H4/G, H4FG, HIST1H4C, H4C4, H4/B, H4FB, HIST1H4D, H4C5, H4/J, H4FJ, HIST1H4E, H4C6, H4/C, H4FC, HIST1H4F, H4C8, H4/H, H4FH, HIST1H4H, H4C9, H4/M, H4FM, HIST1H4I, H4C11, H4/E, H4FE, HIST1H4J, H4C12, H4/D, H4FD, HIST1H4K, H4C13, H4/K, H4FK, HIST1H4L, H4C14, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4A, H4C15, H4/O, H4FO, HIST2H4B, H4-16, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#28: タンパク質 Histone H2A type 1-B/E / Histone H2A.2 / Histone H2A/a / Histone H2A/m


分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04908
#29: タンパク質 Histone H2B type 1-J / Histone H2B.1 / Histone H2B.r / H2B/r


分子量: 14217.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2BC11, H2BFR, HIST1H2BJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06899

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RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類)
株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1
参照: UniProt: F2QMI1

-
Transcription elongation factor ... , 4種, 4分子 MVWm

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6
#18: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / Chromatin Elongation factor SPT5 / Transcription elongation factor spt5


分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370
#19: タンパク質 Transcription elongation factor Spt6


分子量: 173241.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0308
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C4R7H2

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 61264.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 DNA (198-MER)


分子量: 60987.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*UP*GP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*CP*CP*A)-3')


分子量: 6290.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 11分子

#30: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#31: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA polymerase II elongation complex transcribing a nucleosome (EC115)COMPLEX#1-#290RECOMBINANT
2RNA polymerase IICOMPLEX#1-#121NATURAL
3SPT4,SPT5, Paf1pCOMPLEX#13, #17-#18, #20-#251RECOMBINANT
4SPT6COMPLEX#191RECOMBINANT
5DNA, RNACOMPLEX#14-#161SYNTHETIC
6histoneCOMPLEX#26-#291RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Komagataella phaffii (菌類)460519
32Komagataella phaffii (菌類)460519
43Komagataella phaffii (菌類)460519
64Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
31Escherichia coli (大腸菌)562
42Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
63Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59713 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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