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万見
- PDB-7xsr: Structure of Craspase-target RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xsr
タイトルStructure of Craspase-target RNA
要素
  • CHAT domain protein
  • RAMP superfamily protein
  • RNA (34-MER)
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CHAT domain / CHAT domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RAMP superfamily protein / CHAT domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Feng, Y. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)32171274 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Target RNA activates the protease activity of Craspase to confer antiviral defense.
著者: Xi Liu / Laixing Zhang / Hao Wang / Yu Xiu / Ling Huang / Zhengyu Gao / Ningning Li / Feixue Li / Weijia Xiong / Teng Gao / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng /
要旨: In the type III-E CRISPR-Cas system, a Cas effector (gRAMP) is associated with a TPR-CHAT to form Craspase (CRISPR-guided caspase). However, both the structural features of gRAMP and the immunity ...In the type III-E CRISPR-Cas system, a Cas effector (gRAMP) is associated with a TPR-CHAT to form Craspase (CRISPR-guided caspase). However, both the structural features of gRAMP and the immunity mechanism remain unknown for this system. Here, we report structures of gRAMP-crRNA and gRAMP:cRNA:target RNA as well as structures of Craspase and Craspase complexed with cognate target RNA (CTR) or non-cognate target RNA (NTR). Importantly, the 3' anti-tag region of NTR and CTR binds at two distinct channels in Craspase, and CTR with a non-complementary 3' anti-tag induces a marked conformational change of the TPR-CHAT, which allosterically activates its protease activity to cleave an ancillary protein Csx30. This cleavage then triggers an abortive infection as the antiviral strategy of the type III-E system. Together, our study provides crucial insights into both the catalytic mechanism of the gRAMP and the immunity mechanism of the type III-E system.
履歴
登録2022年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年11月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年11月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.32025年6月18日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RAMP superfamily protein
C: CHAT domain protein
A: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')
D: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,6968
ポリマ－316,4344
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RAMP superfamily protein


分子量: 197823.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Using a different transcription start point, the protein has additional five residues in its N-terminus.
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02597 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EGF3
#2: タンパク質 CHAT domain protein


分子量: 82549.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EKL4
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*G)-3')


分子量: 12319.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
#4: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 23741.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Craspase-target RNACOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RAMP superfamily protein, CHAT domain proteinCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#31SYNTHETIC
4RNA 34-merCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)237368
33Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)237368
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143181 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00517384
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.83923673
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.1642709
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0522563
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072873

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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