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- PDB-7xrc: Crystal Structure of the dimeric Brn2 (Pou3f2) POU domain bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xrc
タイトルCrystal Structure of the dimeric Brn2 (Pou3f2) POU domain bound to palindromic MORE DNA
要素
  • (More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)) x 2
  • POU domain protein
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / POU family / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


brain development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
POU-domain transcription factor, class 3 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site ...POU-domain transcription factor, class 3 / POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / POU domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus (ネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Tan, D.S.Y. / Jauch, R.
資金援助 香港, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17128918 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17101120 香港
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: The homeodomain of Oct4 is a dimeric binder of methylated CpG elements.
著者: Tan, D.S. / Cheung, S.L. / Gao, Y. / Weinbuch, M. / Hu, H. / Shi, L. / Ti, S.C. / Hutchins, A.P. / Cojocaru, V. / Jauch, R.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: POU domain protein
A: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)
B: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1333
ポリマ－25,1333
非ポリマー00
水1,26170
1
C: POU domain protein
A: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)
B: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)

C: POU domain protein
A: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)
B: More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2656
ポリマ－50,2656
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)94.350, 50.630, 69.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-309-

HOH

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要素

#1: タンパク質 POU domain protein


分子量: 18417.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus (ネズミ) / プラスミド: pETG-41A
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6I8N999
#2: DNA鎖 More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)


分子量: 3422.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 More palindromic Oct factor Recognition Element (MORE)


分子量: 3293.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 10%PEG 4000,magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→47.08 Å / Num. obs: 19759 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.96 % / Biso Wilson estimate: 51.55 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 20.15
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 3185 / CC1/2: 0.54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2xsd

2xsd


解像度: 1.89→34.35 Å / SU ML: 0.3644 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4186
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 983 5 %
Rwork0.2 18693 -
obs0.2014 19676 95.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→34.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1067 431 0 70 1568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18832199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0118207
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.0099344
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.990.46291410.42672682X-RAY DIFFRACTION96.15
1.99-2.110.3421400.32942643X-RAY DIFFRACTION96.1
2.11-2.280.34291370.28812592X-RAY DIFFRACTION94.3
2.28-2.510.29671410.23852710X-RAY DIFFRACTION97.47
2.51-2.870.23761400.21862647X-RAY DIFFRACTION95.22
2.87-3.610.27041400.19942702X-RAY DIFFRACTION96.7
3.61-34.350.16691440.16052717X-RAY DIFFRACTION95.37
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.13369861815-0.605331349451-2.484771185230.85206068634-0.0859800128631.39684528209-0.00977488992603-1.11788070353-0.4386993930360.493302922390.15406882138-0.3978476491080.7024488734170.579603254484-0.1467821978660.6126478938290.0301788935965-0.03504349694590.660107532857-0.01937480432420.489473739972-1.79030588104-14.449817464837.7469570854
24.874879156391.399284688520.4897894838715.444185327780.3094180422535.426415768030.1782152815070.2909084891260.579366902854-0.356364325437-0.06475026669090.16582684647-0.54077644762-0.225105607116-0.06322540313430.399206862791-0.01121330904410.0311268910370.453169330646-0.0603683786870.545521470884-9.20308926851-1.8934654049230.9925132596
34.98489976243-1.04065956165-0.2733805575216.13416592402-1.183419864245.03124091040.0338179967662-0.103708469340.1117759516370.2585100461260.0107348054583-0.448847779053-0.01075321561420.209447342064-0.08755404125760.3680258525130.0147759097209-0.007255170764950.4187395216140.00274795169610.446035087542-3.60999067537-9.5421403222431.480068523
47.741244057251.05558553654-3.791539832784.87224099132-0.2014028713526.797638180750.0850283253571.007664630080.109058945217-0.641250228260.0466572937687-0.3831772657350.3022482163160.203738075655-0.2237636292480.4793546626490.01748141572070.1121532559870.7250311167620.05080999263790.492368592506-9.07606594758-13.220990916912.7169247877
52.312876150130.7313692837911.223303923912.041668375261.049559814863.18533482905-0.1309762268240.8168601769120.295832622394-0.2446818256620.10536651159-0.4111707841210.2881772151710.4222512200870.1020305635650.5236059842740.05706479855530.1323268760920.6362294795580.08236509063140.439486909309-10.7584930507-13.037426928815.1591346556
63.83937514993-0.3948506872350.9338239378818.170084106272.122375287975.81338048426-0.1830606009172.39481716547-1.56796726997-0.705312855506-0.0196741702317-0.0156522186011.38798959695-0.4379908559890.2180128811760.994164410533-0.2131593397380.1087049616580.937575623342-0.2039602341620.823831359683-15.7329007914-29.05614998457.24057215766
77.44612078885-0.678855791685.321309016043.78971457009-1.084318862994.511949373730.3612880464570.425873407938-0.349586259465-0.452471464636-0.137182315852-0.06478926136871.24130848839-0.300879119246-0.1497037948760.795102648943-0.04607063983310.1256024883410.710750419744-0.08593135180970.702468327601-9.23582225909-23.008286650714.7645564538
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 246 through 267 )CA246 - 2671 - 22
22chain 'C' and (resid 268 through 287 )CA268 - 28723 - 42
33chain 'C' and (resid 288 through 321 )CA288 - 32143 - 76
44chain 'A' and (resid 201 through 211 )AB201 - 211
55chain 'B' and (resid 202 through 212 )BC202 - 212
66chain 'C' and (resid 506 through 541 )C - DE506 - 5411 - 36
77chain 'C' and (resid 542 through 563 )C - DE542 - 56337 - 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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