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- PDB-7xn7: RNA polymerase II elongation complex containing Spt4/5, Elf1, Spt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xn7
タイトルRNA polymerase II elongation complex containing Spt4/5, Elf1, Spt6, Spn1 and Paf1C
要素
  • (DNA (198-mer)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 3
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (RNA polymerase II ...) x 4
  • (RNA polymerase subunit ABC10- ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 3
  • Chromatin elongation factor SPT5
  • Component of the Paf1p complex
  • Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
  • Leo1
  • Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
  • RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
  • RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
  • RNAP II-associated protein
  • RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
キーワードTRANSCRIPTION / chromatin / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / RPB4-RPB7 complex / nucleosome organization / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / Cdc73/Paf1 complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / DSIF complex / RPB4-RPB7 complex / nucleosome organization / chromatin-protein adaptor activity / transcription elongation factor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / pericentric heterochromatin / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / chromosome, centromeric region / translation elongation factor activity / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / nucleosome binding / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / single-stranded DNA binding / histone binding / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Spt6, S1/OB domain / : / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. ...: / Spt6, S1/OB domain / : / Leo1-like protein / Leo1-like protein / Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / Spt6 acidic, N-terminal domain / Helix-turn-helix DNA-binding domain of Spt6 / Transcription elongation factor Spt6, YqgF domain / Transcription elongation factor Spt6, helix-hairpin-helix motif / Spt6, SH2 domain, C terminus / Acidic N-terminal SPT6 / Helix-hairpin-helix motif / Holliday-junction resolvase-like of SPT6 / Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6 / Tex-like protein, HTH domain superfamily / Tex-like domain superfamily / Spt6, Death-like domain / : / Tex central region-like / Transcription elongation factor Spt6 / Spt6, SH2 domain, N terminus / Spt6, SH2 domain / SH2 domain / YqgF/RNase H-like domain superfamily / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / TFIIS N-terminal domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / RuvA domain 2-like / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / S1 domain profile. / RNA polymerase Rpb4 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / Transcription elongation factor 1 homolog / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT4 / Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerase II subunit B32 / Transcription elongation factor SPT5 / RNA polymerase-associated protein LEO1 / RNA polymerase II subunit B12.5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / Component of the Paf1p complex / Transcription elongation factor Spt6 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II / RNAP II-associated protein / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase subunit ABC10-alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ehara, H. / Kujirai, T. / Shirouzu, M. / Kurumizaka, H. / Sekine, S.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101076 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT.
著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine /
要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII elongation complex (EC) passing through a nucleosome in the presence of the transcription elongation factors Spt6, Spn1, Elf1, Spt4/5, and Paf1C and the histone chaperone FACT (facilitates chromatin transcription). The structures show snapshots of EC progression on DNA mediating downstream nucleosome disassembly, followed by its reassembly upstream of the EC, which is facilitated by FACT. FACT dynamically adapts to successively occurring subnucleosome intermediates, forming an interface with the EC. Spt6, Spt4/5, and Paf1C form a "cradle" at the EC DNA-exit site and support the upstream nucleosome reassembly. These structures explain the mechanism by which the EC traverses nucleosomes while maintaining the chromatin structure and epigenetic information.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core
D: RNA polymerase II subunit B32
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III
G: RNA polymerase II subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase subunit
J: RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III
K: RNA polymerase II subunit B12.5
L: RNA polymerase subunit ABC10-alpha
M: Transcription elongation factor 1 homolog
N: DNA (198-mer)
P: RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')
T: DNA (198-mer)
V: Transcription elongation factor SPT4
W: Chromatin elongation factor SPT5
m: Transcription elongation factor Spt6
n: Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II
q: Component of the Paf1p complex
r: RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit
u: Leo1
v: RNAP II-associated protein
x: Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,316,11436
ポリマ－1,315,43625
非ポリマー67811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6

-
RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK

#3: タンパク質 RNA polymerase II third largest subunit B44, part of central core


分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2
#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit B32


分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9
#7: タンパク質 RNA polymerase II subunit


分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1
#11: タンパク質 RNA polymerase II subunit B12.5


分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH

#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1


分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QX94
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273

-
タンパク質 , 8種, 8分子 FWnqruvx

#6: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC23, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1
#18: タンパク質 Chromatin elongation factor SPT5 / Chromatin elongation factor spt5 / transcription Elongation factor SPT5


分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370
#20: タンパク質 Protein that interacts with Spt6p and copurifies with Spt5p and RNA polymerase II


分子量: 46907.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R7L8
#21: タンパク質 Component of the Paf1p complex


分子量: 124979.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R6B2
#22: タンパク質 RNAPII-associated chromatin remodeling Paf1 complex subunit


分子量: 62301.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RTF1, PP7435_Chr1-1405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QQ42
#23: タンパク質 Leo1


分子量: 52387.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R3K1
#24: タンパク質 RNAP II-associated protein


分子量: 46045.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R997
#25: タンパク質 Constituent of Paf1 complex with RNA polymerase II, Paf1p, Hpr1p, Ctr9, Leo1, Rtf1 and Ccr4p


分子量: 44760.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R1E6

-
RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL

#10: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-beta, common to RNA polymerases I, II, and III


分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009
#12: タンパク質 RNA polymerase subunit ABC10-alpha


分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1

-
Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MVm

#13: タンパク質 Transcription elongation factor 1 homolog


分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45
#17: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4


分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6
#19: タンパク質 Transcription elongation factor Spt6


分子量: 173241.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0308
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: C4R7H2

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 DNA (198-mer)


分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 DNA (198-mer)


分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#15: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*AP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*GP*GP*GP*UP*G)-3')


分子量: 6081.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#26: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#27: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RNA polymerase II elongation complex containing Spt4/5, Elf1, Spt6, Spn1 and Paf1C
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 444232 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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