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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xn7 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase II elongation complex containing Spt4/5, Elf1, Spt6, Spn1 and Paf1C | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / chromatin / nucleosome | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Cdc73/Paf1 complex / DSIF complex / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex ...nuclear DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / regulation of septum digestion after cytokinesis / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / Cdc73/Paf1 complex / DSIF complex / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation factor activity / RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / : / : / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II complex binding / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / chromosome, centromeric region / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation elongation factor activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / nucleosome binding / translation initiation factor binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / histone binding / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Komagataella phaffii (菌類) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ehara, H. / Kujirai, T. / Shirouzu, M. / Kurumizaka, H. / Sekine, S. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis of nucleosome disassembly and reassembly by RNAPII elongation complex with FACT. 著者: Haruhiko Ehara / Tomoya Kujirai / Mikako Shirouzu / Hitoshi Kurumizaka / Shun-Ichi Sekine / 要旨: During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII ...During gene transcription, RNA polymerase II (RNAPII) traverses nucleosomes in chromatin, but the mechanism has remained elusive. Using cryo-electron microscopy, we obtained structures of the RNAPII elongation complex (EC) passing through a nucleosome in the presence of the transcription elongation factors Spt6, Spn1, Elf1, Spt4/5, and Paf1C and the histone chaperone FACT (facilitates chromatin transcription). The structures show snapshots of EC progression on DNA mediating downstream nucleosome disassembly, followed by its reassembly upstream of the EC, which is facilitated by FACT. FACT dynamically adapts to successively occurring subnucleosome intermediates, forming an interface with the EC. Spt6, Spt4/5, and Paf1C form a "cradle" at the EC DNA-exit site and support the upstream nucleosome reassembly. These structures explain the mechanism by which the EC traverses nucleosomes while maintaining the chromatin structure and epigenetic information. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 7xn7.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xn7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7xn7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 7xn7_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7xn7_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xn7_validation.xml.gz | 184.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xn7_validation.cif.gz | 303 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/7xn7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33313MC 7xseC 7xsxC 7xszC 7xt7C 7xtdC 7xtiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 3分子 ABI
#1: タンパク質 | 分子量: 194107.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: C4R4Y0, DNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 139746.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZQ7, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 13612.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QPE6 |
-RNA polymerase II ... , 4種, 4分子 CDGK
#3: タンパク質 | 分子量: 34216.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R7L2 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 20622.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2U9 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18802.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R9A1 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13832.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3Z5 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH
#5: タンパク質 | 分子量: 24962.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QX94 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 16249.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R273 |
-タンパク質 , 8種, 8分子 FWnqruvx
#6: タンパク質 | 分子量: 17803.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1V1 |
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#18: タンパク質 | 分子量: 101459.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1136 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R370 |
#20: タンパク質 | 分子量: 46907.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R7L8 |
#21: タンパク質 | 分子量: 124979.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: PAS_chr3_1035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R6B2 |
#22: タンパク質 | 分子量: 62301.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 遺伝子: RTF1, PP7435_Chr1-1405 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2QQ42 |
#23: タンパク質 | 分子量: 52387.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr3_1154 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R3K1 |
#24: タンパク質 | 分子量: 46045.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R997 |
#25: タンパク質 | 分子量: 44760.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R1E6 |
-RNA polymerase subunit ABC10- ... , 2種, 2分子 JL
#10: タンパク質 | 分子量: 8554.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R009 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 7862.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii (菌類) / 参照: UniProt: F2QMI1 |
-Transcription elongation factor ... , 3種, 3分子 MVm
#13: タンパク質 | 分子量: 12606.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_c121_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ45 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 12039.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr2-1_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4R0E6 |
#19: タンパク質 | 分子量: 173241.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Komagataella phaffii (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr4_0308 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: C4R7H2 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 61381.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 60869.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#15: RNA鎖 | 分子量: 6081.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 11分子
#26: 化合物 | ChemComp-ZN / #27: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase II elongation complex containing Spt4/5, Elf1, Spt6, Spn1 and Paf1C タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 444232 / 対称性のタイプ: POINT |