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万見
- PDB-7x9f: Crystal structure of actinomycin D-echinomycin-d(AGCGCGT/ACGCGCT)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x9f
タイトルCrystal structure of actinomycin D-echinomycin-d(AGCGCGT/ACGCGCT) complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
  • DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
  • THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / G:C canonical DNA / Single-strand DNA twist / four-way junction / Echinomycin / Actinomycin D / DNA / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Actinomycin D / Echinomycin / : / 2-CARBOXYQUINOXALINE / DNA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Kao, S.H. / Satange, R.B. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2628-M-005-001-MY4 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2311-B-005-007-MY3 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Staggered intercalation of DNA duplexes with base-pair modulation by two distinct drug molecules induces asymmetric backbone twisting and structure polymorphism.
著者: Satange, R. / Kao, S.H. / Chien, C.M. / Chou, S.H. / Lin, C.C. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
O: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
G: DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
H: THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
A: THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA
C: DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,42613
ポリマ－12,6758
非ポリマー7525
水1267
1
F: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
O: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
G: DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
H: THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7417
ポリマ－6,3374
非ポリマー4033
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')
A: THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA
C: DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6866
ポリマ－6,3374
非ポリマー3482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.917, 87.917, 47.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-101-

MN

21D-101-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 FDOB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2098.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量: 2138.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 GCHA

#3: タンパク質・ペプチド DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (天然) Streptomyces (バクテリア) / 参照: Echinomycin
#4: タンパク質・ペプチド THR-DVA-PRO-SAR-MVA-PXF-THR-DVA-PRO-SAR-MVA


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (天然) Streptomyces (バクテリア) / 参照: Actinomycin D

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非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


分子量: 174.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ECHINOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) QUI.
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 mM MES buffer (pH 6.0), 5 mM Spermine tetrahydrochloride, 2% PEG200, 3 mM Manganese chloride, 0.25 mM Oligonucleotides, 0.25 mM echinomycin, 0.125 mM actinomycin D

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→30 Å / Num. obs: 4205 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 53.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.196 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 31951
反射 シェル解像度: 2.96→3.07 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 475 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.032 / Χ2: 1.035 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DQ0

7dq0


解像度: 2.96→27.8 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 419 10.04 %
Rwork0.212 3755 -
obs0.218 4174 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.3 Å2 / Biso mean: 76.81 Å2 / Biso min: 35.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数286 574 49 7 916
Biso mean--58.12 48.65 -
残基数----66
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9601-3.38780.32721350.25261198133398
3.3878-4.26570.27291360.225112281364100
4.2657-27.80.24031480.190913291477100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1551-4.10448.25696.8528-7.75282.03270.1022-1.265-0.26490.6991.27122.2963-0.339-0.2271-0.07861.24730.1643-0.18081.03130.06250.584532.02138.990210.0574
26.19454.03094.02774.55295.20546.13740.1559-0.168-0.62390.65720.7285-0.1607-0.4460.7135-0.97590.7675-0.0136-0.11221.05590.10520.470837.8281.6218.9744
37.5382.0922-3.04832.788-3.91255.4989-0.1040.49440.11721.04141.3255-0.6074-0.59861.93120.21431.16670.08560.02250.8205-0.20220.398639.03989.991417.3452
48.53491.1051-7.46677.38763.63679.46050.55970.63270.88480.9443-1.2653-0.7879-0.1494-0.201-0.43030.8005-0.3127-0.22890.82440.36740.676734.86149.80340.3886
51.91572.74050.63334.5051-0.30412.33291.67881.43062.27780.88010.14442.7886-1.2797-0.9955-1.77430.7625-0.00950.2030.80420.06420.98913.3892-11.391315.9344
67.34654.7875-3.97087.1504-6.1849.7389-0.6925-0.0888-0.94370.4756-1.074-0.40210.4223-0.33920.81940.7903-0.04390.10531.04080.12090.649118.0089-18.843320.0233
77.07770.23891.86874.161-0.29020.52440.5711-1.40640.53931.6441-0.55450.67220.223-0.265-0.11660.7368-0.6950.23340.89870.40680.386123.8268-10.003216.9438
84.0001-1.55885.63418.1139-3.15498.0605-0.3472-2.3339-0.60270.7863-0.09430.4173-0.6165-0.40740.92320.9969-0.04230.46630.72960.00190.87847.864-14.593925.3349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'F' AND (RESID -5 THROUGH 1 )F0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'O' AND (RESID -5 THROUGH 1 )O0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'G' AND (RESID 2 THROUGH 6 )G0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 9 )H0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'D' AND (RESID -5 THROUGH 1 )D0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID -5 THROUGH 1 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 9 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 6 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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