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万見
- PDB-7x97: Crystal structure of actinomycin D-echinomycin-d(AGCCCGT/ACGGGCT)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x97
タイトルCrystal structure of actinomycin D-echinomycin-d(AGCCCGT/ACGGGCT) complex
要素
  • Actinomycin D
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*CP*GP*T)-3')
  • DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / C:G Watson-Crick base pair / Single-strand DNA twisting / Actinomycin D / Echinomycin / DNA-antibiotic complex / DNA
機能・相同性Actinomycin D / Echinomycin / : / 2-CARBOXYQUINOXALINE / DNA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kao, S.H. / Satange, R.B. / Hou, M.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2628-M-005-001-MY4 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)109-2311-B-005-007-MY3 台湾
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Staggered intercalation of DNA duplexes with base-pair modulation by two distinct drug molecules induces asymmetric backbone twisting and structure polymorphism.
著者: Satange, R. / Kao, S.H. / Chien, C.M. / Chou, S.H. / Lin, C.C. / Neidle, S. / Hou, M.H.
履歴
登録2022年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*CP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*CP*T)-3')
G: DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA
C: Actinomycin D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,12314
ポリマ－6,3374
非ポリマー78510
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area2880 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)43.452, 43.452, 139.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

ZN

21A-104-

K

31A-105-

CL

41A-205-

HOH

51A-215-

HOH

61B-203-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*CP*CP*GP*T)-3')


分子量: 2098.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 2138.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 GC

#3: タンパク質・ペプチド DSN-ALA-N2C-MVA-DSN-ALA-NCY-MVA


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5
由来: (天然) Streptomyces (バクテリア) / 参照: Echinomycin
#4: タンパク質・ペプチド Actinomycin D


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (天然) Streptomyces (バクテリア) / 参照: Actinomycin D

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非ポリマー , 5種, 36分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


分子量: 174.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.25 mM Oligonucleotides, 0.25 mM Echinomycin, 0.125 mM Actinomycin D, 2.5 mM Sodium cacodylate (pH 6.5), 0.5 mM Spermine tetrahydrochloride, 6 mM Zinc chloride, 3.5 mM Potassium chloride, ...詳細: 0.25 mM Oligonucleotides, 0.25 mM Echinomycin, 0.125 mM Actinomycin D, 2.5 mM Sodium cacodylate (pH 6.5), 0.5 mM Spermine tetrahydrochloride, 6 mM Zinc chloride, 3.5 mM Potassium chloride, PEG200 3% (v/v), Reservoir PEG 200 (30% v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 7161 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 19.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 76141
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.034 / Χ2: 0.859 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DQ0

7dq0


解像度: 1.95→25.57 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 701 9.79 %
Rwork0.229 6460 -
obs0.234 7161 66.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.56 Å2 / Biso mean: 25.47 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→25.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数143 287 32 26 488
Biso mean--18.52 22.18 -
残基数----33
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9504-2.10090.3545610.269956963029
2.1009-2.31220.3478780.276981289041
2.3122-2.64650.31581390.28471250138965
2.6465-3.33310.31092140.25631929214399
3.3331-25.50.23662090.18331900210998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28620.5018-1.273.36070.74710.75970.0247-0.0949-0.01410.1580.0074-0.00890.1758-0.11270.00320.19090.1044-0.01530.1223-0.01940.118.2646-5.6228-16.6574
21.96621.10262.12151.9340.96772.32490.05960.14180.14290.07130.3248-0.188-0.43540.5174-0.38720.4888-0.08990.0210.1574-0.0140.142225.078-0.1223-17.1787
33.423-0.60240.8531.57970.90390.96630.15380.23540.2572-0.5342-0.1635-0.0903-0.2478-0.0693-0.0020.39430.10680.00670.1218-0.00410.14920.74440.7312-22.6358
42.8505-0.92870.34291.91081.00710.8242-0.1498-0.13370.20470.0473-0.11720.2964-0.2853-0.22440.2440.30590.13460.00840.192-0.01250.162217.4853-0.3845-8.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 7 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 7 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'G' AND (RESID 2 THROUGH 6 )G0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 9 )C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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