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万見
- PDB-7wvx: Cryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wvx
タイトルCryo-EM structure of the human formyl peptide receptor 2 in complex with fhumanin and Gi2
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
  • Humanin
  • Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / formyl peptide receptor / FPR2 / humanin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of interleukin-18 production / N-formyl peptide receptor activity / complement receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / receptor antagonist activity / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / scavenger receptor binding / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / RAGE receptor binding ...negative regulation of interleukin-18 production / N-formyl peptide receptor activity / complement receptor activity / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / receptor antagonist activity / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / scavenger receptor binding / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of interleukin-1 production / RAGE receptor binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / positive regulation of urine volume / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of monocyte chemotaxis / negative regulation of amyloid fibril formation / leukocyte chemotaxis / positive regulation of innate immune response / negative regulation of synaptic transmission / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / cargo receptor activity / negative regulation of response to oxidative stress / positive chemotaxis / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / regulation of calcium ion transport / tertiary granule membrane / negative regulation of apoptotic signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / sperm flagellum / neuronal dense core vesicle / specific granule membrane / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / supramolecular fiber organization / sperm midpiece / response to nutrient / astrocyte activation / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of phagocytosis / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / mitochondrion organization / Regulation of insulin secretion / calcium-mediated signaling / microglial cell activation / electron transport chain / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / cellular response to amyloid-beta / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / chemotaxis / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cell-cell signaling / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / signaling receptor activity / sensory perception of taste / extracellular vesicle / amyloid-beta binding / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / retina development in camera-type eye
類似検索 - 分子機能
Humanin family / Humanin family / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein alpha subunit, group I / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H ...Humanin family / Humanin family / Formyl peptide receptor-related / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein alpha subunit, group I / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Soluble cytochrome b562 / N-formyl peptide receptor 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Humanin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, Y. / Lin, X. / Zong, X. / Han, S. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31730027 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31825010 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of FPR2 in recognition of Aβ and neuroprotection by humanin.
著者: Ya Zhu / Xiaowen Lin / Xin Zong / Shuo Han / Mu Wang / Yuxuan Su / Limin Ma / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Qiang Zhao / Beili Wu /
要旨: Formyl peptide receptor 2 (FPR2) has been shown to mediate the cytotoxic effects of the β amyloid peptide Aβ and serves as a receptor for humanin, a peptide that protects neuronal cells from damage ...Formyl peptide receptor 2 (FPR2) has been shown to mediate the cytotoxic effects of the β amyloid peptide Aβ and serves as a receptor for humanin, a peptide that protects neuronal cells from damage by Aβ, implying its involvement in the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD). However, the interaction pattern between FPR2 and Aβ or humanin remains unknown. Here we report the structures of FPR2 bound to G and Aβ or N-formyl humanin (fHN). Combined with functional data, the structures reveal two critical regions that govern recognition and activity of Aβ and fHN, including a polar binding cavity within the receptor helical bundle and a hydrophobic binding groove in the extracellular region. In addition, the structures of FPR2 and FPR1 in complex with different formyl peptides were determined, providing insights into ligand recognition and selectivity of the FPR family. These findings uncover key factors that define the functionality of FPR2 in AD and other inflammatory diseases and would enable drug development.
履歴
登録2022年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Humanin
R: Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,5385
ポリマ－146,5385
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Humanin / Humanin mitochondrial / HNM


分子量: 2719.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IVG9
#2: タンパク質 Soluble cytochrome b562,N-formyl peptide receptor 2 / Cytochrome b-562 / FMLP-related receptor I / FMLP-R-I / Formyl peptide receptor-like 1 / HM63 / ...Cytochrome b-562 / FMLP-related receptor I / FMLP-R-I / Formyl peptide receptor-like 1 / HM63 / Lipoxin A4 receptor / LXA4 receptor / RFP


分子量: 56710.328 Da / 分子数: 1 / Mutation: S211L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: cybC, FPR2, FPRH1, FPRL1, LXA4R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P25090
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40502.863 Da / 分子数: 1 / Mutation: S47N, G204A, A327S, E246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI2, GNAI2B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04899
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Formyl peptide receptor 2 in complex with fhumanin and Gi2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 2.1875 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1398841 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 52.75 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00187218
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46789799
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03951154
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00371223
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.5744975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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