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- PDB-7wn8: Crystal structure of antibody (BC31M5) binds to CD47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wn8
タイトルCrystal structure of antibody (BC31M5) binds to CD47
要素
  • BC31M5 Fab Heavy chain
  • BC31M5 Fab Light chain
  • Leukocyte surface antigen CD47
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Fab / human CD47 / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Li, Y. / Wang, W. / Sui, J. / Zhang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2012CB837600 中国
引用ジャーナル: J Hematol Oncol / 年: 2023
タイトル: A pH-dependent anti-CD47 antibody that selectively targets solid tumors and improves therapeutic efficacy and safety.
著者: Li, Y. / Liu, J. / Chen, W. / Wang, W. / Yang, F. / Liu, X. / Sheng, Y. / Du, K. / He, M. / Lyu, X. / Li, H. / Zhao, L. / Wei, Z. / Wang, F. / Zheng, S. / Sui, J.
履歴
登録2022年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukocyte surface antigen CD47
C: Leukocyte surface antigen CD47
H: BC31M5 Fab Heavy chain
L: BC31M5 Fab Light chain
P: BC31M5 Fab Heavy chain
Q: BC31M5 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,62214
ポリマ－167,0986
非ポリマー5238
水3,459192
1
A: Leukocyte surface antigen CD47
H: BC31M5 Fab Heavy chain
L: BC31M5 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,8768
ポリマ－83,5493
非ポリマー3275
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area24400 Å2
手法PISA
2
C: Leukocyte surface antigen CD47
P: BC31M5 Fab Heavy chain
Q: BC31M5 Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7456
ポリマ－83,5493
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.402, 94.281, 174.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Leukocyte surface antigen CD47 / Antigenic surface determinant protein OA3 / Integrin-associated protein / IAP / Protein MER6


分子量: 35195.395 Da / 分子数: 2 / 変異: C15G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD47, MER6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08722
#2: 抗体 BC31M5 Fab Heavy chain


分子量: 24686.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 BC31M5 Fab Light chain


分子量: 23667.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Zinc acetate dihydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.5), 18% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.59 Å / Num. obs: 37875 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 49.49 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1613 / Rpim(I) all: 0.04583 / Rrim(I) all: 0.1677 / Net I/σ(I): 16.96
反射 シェル解像度: 2.801→2.901 Å / Num. unique obs: 3664 / CC1/2: 0.848 / CC star: 0.958

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TZT, 4JPK

5tzt

4jpk


解像度: 2.8→49.59 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2759 1999 5.28 %
Rwork0.2434 35871 -
obs0.2451 37870 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 214.23 Å2 / Biso mean: 44.4171 Å2 / Biso min: 13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8144 0 8 192 8344
Biso mean--80.09 40.43 -
残基数----1060
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.870.46411260.38492506263298
2.87-2.950.33321480.331425072655100
2.95-3.040.30291440.291825282672100
3.04-3.130.30891410.283425282669100
3.13-3.240.31491380.281825232661100
3.25-3.370.36291400.286625662706100
3.37-3.530.2741420.262225272669100
3.53-3.710.31541380.246425392677100
3.71-3.950.26951490.241625532702100
3.95-4.250.27471400.218125642704100
4.25-4.680.1791430.177125812724100
4.68-5.360.21761440.17925912735100
5.36-6.740.24511500.238626232773100
6.75-49.590.28951560.248627352891100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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