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- PDB-7wkv: Crystal structure of human ALKBH5 in complex with 2-oxoglutarate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkv
タイトルCrystal structure of human ALKBH5 in complex with 2-oxoglutarate (2OG) and m6A-containing ssRNA
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
  • RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE/RNA / Iron and 2-oxoglutarate dependent oxygenase / RNA demethylase / oxidoreductase / double-stranded beta helix / OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / response to hypoxia / cell differentiation / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / RNA / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kaur, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)22301719 英国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of substrate recognition and N6-methyladenosine demethylation revealed by crystal structures of ALKBH5-RNA complexes.
著者: Kaur, S. / Tam, N.Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
C: RNA demethylase ALKBH5
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
E: RNA demethylase ALKBH5
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,68912
ポリマ－83,0866
非ポリマー6036
水1,60389
1
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8964
ポリマ－27,6952
非ポリマー2012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
2
C: RNA demethylase ALKBH5
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8964
ポリマ－27,6952
非ポリマー2012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
3
E: RNA demethylase ALKBH5
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8964
ポリマ－27,6952
非ポリマー2012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.364, 78.364, 106.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 25138.818 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P6C2, mRNA N6-methyladenine demethylase
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')


分子量: 2556.588 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) monohydrate, 16% (w/v) PEG 6000 and 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.4
反射解像度: 2.1→57.29 Å / Num. obs: 42760 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.53 Å2 / CC1/2: 0.935 / Rmerge(I) obs: 0.1127 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4300 / CC1/2: 0.681 / % possible all: 99.07

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V4G

7v4g


解像度: 2.1→57.26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 78.99 / 位相誤差: 43.59 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 2127 4.99 %
Rwork0.188 40528 -
obs0.1929 42646 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.37 Å2 / Biso mean: 50.5165 Å2 / Biso min: 7.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→57.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5138 267 33 89 5527
Biso mean--38.88 44.1 -
残基数----669
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.39281230.33192659278294
2.15-2.20.3321410.29692719286095
2.2-2.260.41661650.29642663282894
2.26-2.330.28971390.26932704284394
2.33-2.40.26841360.25852702283895
2.4-2.490.30091620.2512654281694
2.49-2.590.30221230.23742760288395
2.59-2.710.26811480.23262714286295
2.71-2.850.31261570.22152640279794
2.85-3.030.27041860.2122714290093
3.03-3.260.26181280.1932703283195
3.26-3.590.20451050.18282766287196
3.59-4.110.22441560.16712694285095
4.11-5.170.17221170.1292716283396
5.18-57.260.18381320.16232720285295
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9590.86420.46250.80470.06655.002-0.0422-0.0119-0.1118-0.1804-0.0687-0.14070.36270.41380.11480.69990.14330.02380.83870.05120.219147.6233-28.220317.7981
20.48330.08040.1890.6255-0.17992.0884-0.0511-0.00630.05220.0056-0.01050.066-0.1552-0.2360.05260.74890.08370.00140.7820.00630.1334.3544-19.493918.1396
31.36910.15440.11661.53951.32081.32450.10190.15590.16060.35580.0740.1968-0.3952-0.4744-0.1780.79550.3247-0.00531.0085-0.02380.30229.7569-15.780329.0143
40.5578-0.0620.37092.36450.95471.9434-0.071-0.02340.1440.08780.001-0.1416-0.45560.11310.07220.7982-0.0258-0.02340.74340.01850.185.178913.285231.4676
51.7030.1380.63781.13030.07549.13480.1039-0.0273-0.4012-0.0934-0.11-0.03961.29770.26020.00260.74910.0758-0.0260.56580.05040.24445.9069-14.959316.8478
61.52450.19220.04421.3170.07793.08490.07210.2539-0.1477-0.2593-0.057-0.00560.51540.0217-0.00570.55330.0109-0.01580.5786-0.02820.12271.2748-6.39794.5249
75.48062.0287-0.48012.52062.46866.40230.0690.69170.5458-0.30860.09520.2787-0.8986-0.345-0.17060.55420.0646-0.01610.58170.03530.1627-3.92116.56594.8502
81.21140.0580.22611.12080.43433.57250.10310.029-0.06640.0509-0.07830.05740.2624-0.166-0.01730.4427-0.0011-0.01590.5067-0.00210.1388-2.2196-2.194717.4448
91.7734-0.30771.04542.16061.14197.69660.08140.39870.4157-0.3448-0.0003-0.3689-0.93840.8317-0.07930.6751-0.2125-0.0190.75430.01890.290513.465914.904212.2642
100.44290.56340.15061.09350.18563.45630.0022-0.07270.05690.1062-0.1026-0.0387-0.17440.20290.09160.51990.0697-0.01160.55060.01520.12712.74573.256819.3839
112.3924-0.466-1.90361.7523-0.35772.37960.08820.06470.1985-0.1482-0.0831-0.1473-0.3980.0575-0.00110.62-0.0111-0.03090.6429-0.02440.17257.64178.85236.5493
120.32280.0977-0.13381.9277-0.79771.2015-0.0777-0.1290.0339-0.12360.04160.0674-0.0139-0.01670.0290.942-0.0107-0.01980.8019-0.02520.229335.208436.1593.6063
130.78580.0918-0.19820.3614-0.23751.4395-0.0119-0.0358-0.08780.0067-0.0405-0.00040.20180.00130.03540.77980.0598-0.01160.69950.00780.075539.220716.77622.0538
140.89130.14350.46090.8006-0.14072.5021-0.0577-0.02910.10980.1008-0.0240.0458-0.3518-0.11270.06570.82120.0295-0.01710.7005-0.00410.12236.17227.700916.5256
151.04190.3287-1.08980.3292-0.13731.32850.244-0.10760.10460.4071-0.03860.0832-0.5719-0.3354-0.19490.97290.1948-0.04550.79650.05860.269232.422332.124128.3441
162.7246-0.6373-0.78161.98150.41894.54160.06850.07940.2045-0.3063-0.15320.0572-0.3297-0.20840.08460.98340.2241-0.03950.75120.00670.267531.2141-11.58125.0557
172.89140.30151.59472.7497-1.10755.63450.06220.0402-0.3914-0.0744-0.0752-0.08220.97320.14120.0141.00230.00680.08340.6971-0.04630.30835.5359-38.717218.2771
181.4953-0.0290.08071.203-0.5233.64590.0135-0.27470.01510.1838-0.0927-0.0345-0.10820.10270.06460.68780.04090.01450.73150.03190.137339.7404-25.057830.773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 150 through 188 )E150 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 189 through 292 )E189 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 2 through 5 )F2 - 5
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 74 through 93 )A74 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 94 through 115 )A94 - 115
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 116 through 135 )A116 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 136 through 149 )A136 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 150 through 228 )A150 - 228
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 229 through 243 )A229 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 244 through 292 )A244 - 292
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 5 )B2 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 74 through 93 )C74 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 94 through 205 )C94 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 206 through 292 )C206 - 292
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 2 through 5 )D2 - 5
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 74 through 93 )E74 - 93
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 94 through 115 )E94 - 115
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 116 through 149 )E116 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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