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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wkv | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human ALKBH5 in complex with 2-oxoglutarate (2OG) and m6A-containing ssRNA | |||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE/RNA / Iron and 2-oxoglutarate dependent oxygenase / RNA demethylase / oxidoreductase / double-stranded beta helix / OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization / mRNA export from nucleus / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kaur, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanisms of substrate recognition and N6-methyladenosine demethylation revealed by crystal structures of ALKBH5-RNA complexes. 著者: Kaur, S. / Tam, N.Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 287.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 229 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7v4gSC ![]() 7wl0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25138.818 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 2556.588 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) monohydrate, 16% (w/v) PEG 6000 and 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -k,-h,-l / Fraction: 0.4 |
反射 | 解像度: 2.1→57.29 Å / Num. obs: 42760 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.53 Å2 / CC1/2: 0.935 / Rmerge(I) obs: 0.1127 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.272 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4300 / CC1/2: 0.681 / % possible all: 99.07 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7V4G 解像度: 2.1→57.26 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 78.99 / 位相誤差: 43.59 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.37 Å2 / Biso mean: 50.5165 Å2 / Biso min: 7.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→57.26 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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