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万見
- PDB-7wkc: A prototype protein nanocage minimized from carboxysomes with gat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkc
タイトルA prototype protein nanocage minimized from carboxysomes with gated oxygen permeability
要素Carboxysome shell vertex protein CcmL
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / protein cages / quantum dots / Cryoelectron microscopy
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell vertex protein CcmL / Bacterial microcompartment vertex (BMV) domain profile. / Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell vertex protein CcmL
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Tan, H. / Yang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31771103, 91527302, 21425523 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: A prototype protein nanocage minimized from carboxysomes with gated oxygen permeability.
著者: Ruimin Gao / Huan Tan / Shanshan Li / Shaojie Ma / Yufu Tang / Kaiming Zhang / Zhiping Zhang / Quli Fan / Jun Yang / Xian-En Zhang / Feng Li /
要旨: Protein nanocages (PNCs) in cells and viruses have inspired the development of self-assembling protein nanomaterials for various purposes. Despite the successful creation of artificial PNCs, the de ...Protein nanocages (PNCs) in cells and viruses have inspired the development of self-assembling protein nanomaterials for various purposes. Despite the successful creation of artificial PNCs, the de novo design of PNCs with defined permeability remains challenging. Here, we report a prototype oxygen-impermeable PNC (OIPNC) assembled from the vertex protein of the β-carboxysome shell, CcmL, with quantum dots as the template via interfacial engineering. The structure of the cage was solved at the atomic scale by combined solid-state NMR spectroscopy and cryoelectron microscopy, showing icosahedral assembly of CcmL pentamers with highly conserved interpentamer interfaces. Moreover, a gating mechanism was established by reversibly blocking the pores of the cage with molecular patches. Thus, the oxygen permeability, which was probed by an oxygen sensor inside the cage, can be completely controlled. The CcmL OIPNC represents a PNC platform for oxygen-sensitive or oxygen-responsive storage, catalysis, delivery, sensing, etc.
履歴
登録2022年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxysome shell vertex protein CcmL
B: Carboxysome shell vertex protein CcmL
C: Carboxysome shell vertex protein CcmL
D: Carboxysome shell vertex protein CcmL
E: Carboxysome shell vertex protein CcmL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7105
ポリマ－57,7105
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5810 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area26530 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質
Carboxysome shell vertex protein CcmL / Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL


分子量: 11541.923 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: ccmL, tll0945
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8DKB4

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic13D CONCA
121anisotropic13D NCACX
131anisotropic13D NCOCX
152anisotropic12D 13C-13C PDSD
143anisotropic12D 13C-13C PDSD

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
gel solid170 % w/w U-15N,13C 15N,13C_QD@HCcmL, 30% H2O15N,13C_QD@HCcmL was used to achieve the chemical shift assignment of QD@HCcmL.15N,13C_QD@HCcmL30% H2O
gel solid270 % w/w U-[2-13C] 2-13C_QD@HCcmL, 30% H2O2-13C_QD@HCcmL was used to obtain the structural constraints of HCcmL pentamer in QD@HCcmL assembly.2-13C_QD@HCcmL30% H2O
gel solid370 % w/w U-[2-13C] 2-13C_HCcmL, 30% H2O2-13C_HCcmL was used to obtain the structural constraints of HCcmL pentamer in QD@HCcmL assembly.2-13C_HCcmL30% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
70 % w/w15N,13C_QD@HCcmLU-15N,13C1
70 % w/w2-13C_QD@HCcmLU-[2-13C]2
70 % w/w2-13C_HCcmLU-[2-13C]3
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: 1 / pH: 8 / 圧: 1.0 bar / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker triple resonance / 製造業者: Bruker / モデル: triple resonance / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: 3.2mm HCN-Efree probe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.6.2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leechemical shift assignment
X-PLORBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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