PDB-7wgm: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wgm

タイトル

Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 3.15 A resolution

要素

ATP phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / The catalytic domain of ATP-PRT / HisG

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, T.P. / Sharma, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase (HisG) from Acinetobacter baumannii at 3.15 A resolution
著者: Ahmad, N. / Maurya, A. / Singh, P.K. / Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, T.P. / Sharma, S.

履歴

登録	2021年12月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wgm.cif.gz	102.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wgm.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wgm_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wgm_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	7wgm_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7wgm_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/7wgm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m8hS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7wgk-d 3zyz-d 1blx-d 5c7m-1 3ful-d 3b0q-d 6m7t-d 5jgk-d 4i1o-1 4czt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase

B: ATP phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

50.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.865, 79.645, 98.881
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRT / ATP-PRTase 分子量: 25113.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 2M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→62.03 Å / Num. obs: 10564 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.1 % / B_iso Wilson estimate: 69.8 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.8
反射シェル	解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 513 / CC_1/2: 0.782 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M8H

5m8h

解像度: 3.15→62.027 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 25.633 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.54 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	532	5.315 %
R_work	0.2154	9478	-
all	0.218	-	-
obs	-	10010	94.756 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.727 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.353 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.681 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→62.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3518	0	4	8	3530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3567
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.638	4817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.233	1.584	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.384	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.778	22.674	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.675	15	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.815	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	684
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.211	0.2	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.007	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.133	7.197	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.125	7.193	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.39	10.779	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.392	10.785	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.176	7.876	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.175	7.88	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.639	11.517	2553
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.638	11.522	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.041	135.022	13622
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	16.041	135.02	13623

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.15-3.232	0.324	26	0.277	425	0.28	765	0.772	0.845	58.9543	0.234
3.232-3.32	0.353	34	0.289	534	0.293	746	0.827	0.835	76.1394	0.243
3.32-3.416	0.27	29	0.293	680	0.292	739	0.841	0.83	95.9405	0.254
3.416-3.521	0.278	32	0.298	656	0.297	689	0.867	0.837	99.8549	0.259
3.521-3.636	0.362	45	0.29	641	0.295	687	0.831	0.839	99.8544	0.238
3.636-3.763	0.329	45	0.292	610	0.295	655	0.858	0.87	100	0.244
3.763-3.904	0.284	36	0.26	604	0.261	640	0.895	0.875	100	0.234
3.904-4.063	0.295	36	0.21	576	0.215	612	0.888	0.914	100	0.186
4.063-4.243	0.27	26	0.191	570	0.194	597	0.9	0.941	99.8325	0.164
4.243-4.449	0.242	17	0.183	553	0.185	571	0.92	0.948	99.8249	0.163
4.449-4.688	0.267	26	0.157	523	0.163	550	0.933	0.956	99.8182	0.143
4.688-4.971	0.243	21	0.165	492	0.168	513	0.919	0.954	100	0.155
4.971-5.312	0.239	25	0.17	465	0.173	490	0.941	0.952	100	0.156
5.312-5.734	0.352	25	0.19	433	0.197	458	0.884	0.949	100	0.171
5.734-6.276	0.213	26	0.21	393	0.21	419	0.929	0.94	100	0.19
6.276-7.008	0.29	31	0.192	358	0.199	389	0.917	0.94	100	0.188
7.008-8.075	0.276	26	0.2	325	0.206	351	0.931	0.943	100	0.198
8.075-9.848	0.171	9	0.152	288	0.153	298	0.961	0.974	99.6644	0.167
9.848-13.754	0.157	11	0.166	228	0.165	239	0.985	0.977	100	0.189
13.754-62.027	0.137	6	0.33	124	0.317	156	0.968	0.946	83.3333	0.442

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関連情報:EMDBヘッダ

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