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- PDB-7wdu: 6-sulfo-beta-D-N-acetylglucosaminidase from Bifidobacterium bifid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wdu
タイトル6-sulfo-beta-D-N-acetylglucosaminidase from Bifidobacterium bifidum in complex with PUGNAc-6S
要素Beta-N-acetylhexosaminidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase family 20
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosaminoglycan metabolic process / beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain ...Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Chitobiase; domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8R9 / beta-N-acetylhexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Kashima, T. / Yamada, C. / Fushinobu, S. / Katoh, T. / Katayama, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K05789 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02116 日本
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: A bacterial sulfoglycosidase highlights mucin O-glycan breakdown in the gut ecosystem.
著者: Katoh, T. / Yamada, C. / Wallace, M.D. / Yoshida, A. / Gotoh, A. / Arai, M. / Maeshibu, T. / Kashima, T. / Hagenbeek, A. / Ojima, M.N. / Takada, H. / Sakanaka, M. / Shimizu, H. / Nishiyama, K. ...著者: Katoh, T. / Yamada, C. / Wallace, M.D. / Yoshida, A. / Gotoh, A. / Arai, M. / Maeshibu, T. / Kashima, T. / Hagenbeek, A. / Ojima, M.N. / Takada, H. / Sakanaka, M. / Shimizu, H. / Nishiyama, K. / Ashida, H. / Hirose, J. / Suarez-Diez, M. / Nishiyama, M. / Kimura, I. / Stubbs, K.A. / Fushinobu, S. / Katayama, T.
#1: ジャーナル: Biosci Biotechnol Biochem / 年: 2017
タイトル: Identification and characterization of a sulfoglycosidase from Bifidobacterium bifidum implicated in mucin glycan utilization.
著者: Katoh, T. / Maeshibu, T. / Kikkawa, K.I. / Gotoh, A. / Tomabechi, Y. / Nakamura, M. / Liao, W.H. / Yamaguchi, M. / Ashida, H. / Yamamoto, K. / Katayama, T.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-N-acetylhexosaminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6854
ポリマ－89,7781
非ポリマー9073
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area30720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.404, 58.947, 84.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-N-acetylhexosaminidase


分子量: 89778.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium bifidum JCM 1254 (バクテリア)
遺伝子: bbhII / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): delta-lacZ-CodonPlus / 参照: UniProt: D4QAP5, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物 ChemComp-8R9 / [[(3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-4,5-bis(oxidanyl)-6-(sulfooxymethyl)oxan-2-ylidene]amino] N-phenylcarbamate


分子量: 433.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N3O10S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% (w/v) PEG3000, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 1 mM PUGNAc-6S

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月24日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→49.31 Å / Num. obs: 37545 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.11 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.23→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3437 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.353

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.23→48.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 1876 5 %RANDOM
Rwork0.2181 ---
obs0.2191 35453 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.65 Å2 / Biso mean: 36.494 Å2 / Biso min: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→48.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6239 0 59 112 6410
Biso mean--64.79 42.04 -
残基数----819
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0136438
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.0155829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.521.6428780
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.41.57913425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5685816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33823.123317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91615995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6111531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021461
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 120 -
Rwork0.224 2623 -
all-2743 -
obs--99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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