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Yorodumi- PDB-7wbq: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 De... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wbq | ||||||
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Title | Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Delta variant spike glycoprotein in complex with its receptor human ACE2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of cardiac conduction / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / viral life cycle / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.34 Å | ||||||
Authors | Qi, J. / Han, P. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2022 Title: Receptor binding and complex structures of human ACE2 to spike RBD from omicron and delta SARS-CoV-2. Authors: Pengcheng Han / Linjie Li / Sheng Liu / Qisheng Wang / Di Zhang / Zepeng Xu / Pu Han / Xiaomei Li / Qi Peng / Chao Su / Baihan Huang / Dedong Li / Rong Zhang / Mingxiong Tian / Lutang Fu / ...Authors: Pengcheng Han / Linjie Li / Sheng Liu / Qisheng Wang / Di Zhang / Zepeng Xu / Pu Han / Xiaomei Li / Qi Peng / Chao Su / Baihan Huang / Dedong Li / Rong Zhang / Mingxiong Tian / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Xin Zhao / Kefang Liu / Jianxun Qi / George F Gao / Peiyi Wang / Abstract: The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues worldwide with many variants arising, some of which are variants of concern (VOCs). A recent VOC, omicron (B.1.1.529), which obtains a large ...The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues worldwide with many variants arising, some of which are variants of concern (VOCs). A recent VOC, omicron (B.1.1.529), which obtains a large number of mutations in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein, has risen to intense scientific and public attention. Here, we studied the binding properties between the human receptor ACE2 (hACE2) and the VOC RBDs and resolved the crystal and cryoelectron microscopy structures of the omicron RBD-hACE2 complex as well as the crystal structure of the delta RBD-hACE2 complex. We found that, unlike alpha, beta, and gamma, omicron RBD binds to hACE2 at a similar affinity to that of the prototype RBD, which might be due to compensation of multiple mutations for both immune escape and transmissibility. The complex structures of omicron RBD-hACE2 and delta RBD-hACE2 reveal the structural basis of how RBD-specific mutations bind to hACE2. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wbq.cif.gz | 795.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wbq.ent.gz | 560.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wbq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7wbq_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7wbq_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | 7wbq_validation.xml.gz | 55.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7wbq_validation.cif.gz | 73.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7wblC 7wbpC 6lzgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 69038.578 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ACE2 Production host: Insect cell expression vector pTIE1 (others) References: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases #2: Protein | Mass: 25194.447 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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-Sugars , 3 types, 13 molecules
#3: Polysaccharide | #4: Polysaccharide | beta-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 1 types, 2 molecules
#6: Chemical |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.75 Å3/Da / Density % sol: 67.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL02U1 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: Sep 24, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.34→50 Å / Num. obs: 38716 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 106.3 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 3.34→3.47 Å / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.307 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3873 / CC1/2: 0.825 / Rsym value: 1.307 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6LZG Resolution: 3.34→44.7 Å / SU ML: 0.5127 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.6848 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 120.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.34→44.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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