PDB-7wa8: Strigolactone receptors in Striga ShHTL7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wa8

タイトル

Strigolactone receptors in Striga ShHTL7

要素

Hyposensitive to light 7

キーワード

HYDROLASE / Receptor

機能・相同性

Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / Hyposensitive to light 7

機能・相同性情報

生物種

Striga hermonthica (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Wang, Y. / Yao, R.

資金援助

オーストラリア, 6件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32070321	オーストラリア
Other government	2016YFA0500501	オーストラリア
Other government	2019RS2019	オーストラリア
Other government	2020JJ3007	オーストラリア
Other government	2018VBA0025	オーストラリア
Australian Research Council (ARC)	CE200100015	オーストラリア

引用

ジャーナル: Plant Physiology / 年: 2021
タイトル: Molecular basis for high ligand sensitivity and selectivity of strigolactone receptors in Striga.
著者: Xie, D. / Smith, M.S. / Yao, R. / Wang, Y.

履歴

登録	2021年12月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wa8.cif.gz	115.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wa8.ent.gz	88.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wa8_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wa8_full_validation.pdf.gz	438 KB	表示
XML形式データ	7wa8_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	7wa8_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/7wa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5z8pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7wa8-2 5z7y-3 5z89-d 5z8p-d 5z7y-1 5z7w-2 5z82-d 5zhr-2 4iha-1 4qiy-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hyposensitive to light 7

B: Hyposensitive to light 7

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hyposensitive to light 7

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hyposensitive to light 7

登録者が定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.573, 78.338, 90.923
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hyposensitive to light 7 / HTL7 protein 分子量: 30198.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3PNA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 4mM calcium chloride, 20mM sodium acetate pH 4.6, 6% (v/v) (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 160mM magnesium chloride, 80mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 23355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 1.925 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 164850

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.33-2.37	6.8	0.611	1143	0.864	0.251	0.661	1.286	99.9
2.37-2.41	7.1	0.538	1145	0.915	0.216	0.581	1.371	100
2.41-2.46	7.2	0.493	1153	0.929	0.197	0.531	1.351	100
2.46-2.51	7.2	0.448	1149	0.942	0.178	0.483	1.443	100
2.51-2.56	7.3	0.397	1138	0.95	0.157	0.427	1.427	100
2.56-2.62	7.3	0.383	1148	0.949	0.152	0.412	1.389	100
2.62-2.69	7.3	0.311	1155	0.973	0.123	0.335	1.545	100
2.69-2.76	7.3	0.283	1163	0.969	0.112	0.305	1.551	100
2.76-2.84	7.2	0.241	1136	0.981	0.096	0.26	1.651	100
2.84-2.94	7.2	0.2	1165	0.987	0.08	0.215	1.714	100
2.94-3.04	7.3	0.169	1138	0.989	0.067	0.182	1.694	100
3.04-3.16	7.3	0.131	1175	0.996	0.052	0.141	1.69	100
3.16-3.31	7.2	0.11	1155	0.994	0.044	0.119	1.869	100
3.31-3.48	7.2	0.091	1170	0.995	0.036	0.098	1.968	100
3.48-3.7	7.2	0.074	1171	0.997	0.03	0.08	2.122	100
3.7-3.98	7.1	0.068	1174	0.997	0.027	0.073	2.364	99.9
3.98-4.38	6.9	0.067	1181	0.995	0.027	0.072	3.051	100
4.38-5.02	6.5	0.062	1198	0.996	0.026	0.067	3.332	100
5.02-6.32	6.6	0.064	1206	0.996	0.027	0.07	2.968	100
6.32-50	6.2	0.053	1292	0.998	0.023	0.058	2.928	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5Z8P

5z8p

解像度: 2.33→46.437 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	1188	5.1 %
R_work	0.1976	22112	-
obs	0.2012	23300	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.11 Å² / B_iso mean: 36.7368 Å² / B_iso min: 16.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.33→46.437 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4153	0	1025	79	5257
B_iso mean	-	-	37.84	36.51	-
残基数	-	-	-	-	401

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3304-2.4365	0.3359	168	0.2099	2629	98
2.4365-2.5649	0.3185	137	0.2165	2739	100
2.5649-2.7256	0.278	159	0.2181	2717	100
2.7256-2.936	0.3029	141	0.2157	2760	100
2.936-3.2314	0.2659	142	0.1921	2744	100
3.2314-3.6988	0.2727	136	0.182	2785	100
3.6988-4.6594	0.2261	139	0.1778	2824	100
4.6594-46.4	0.2529	166	0.2087	2914	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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