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- PDB-5z82: Structural basis for specific inhibition of highly sensitive ShHT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z82
タイトルStructural basis for specific inhibition of highly sensitive ShHTL7 receptor
要素Hyposensitive to light 7
キーワードHYDROLASE / Strigolactone receptor / Striga germination signaling
機能・相同性Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Hyposensitive to light 7
機能・相同性情報
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.694 Å
データ登録者Hameed, U.S. / Arold, S.T.
資金援助 サウジアラビア, 1件
組織認可番号国
King Abdullah University of Science and Technology サウジアラビア
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for specific inhibition of the highly sensitive ShHTL7 receptor.
著者: Shahul Hameed, U. / Haider, I. / Jamil, M. / Kountche, B.A. / Guo, X. / Zarban, R.A. / Kim, D. / Al-Babili, S. / Arold, S.T.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7022
ポリマ－30,6101
非ポリマー921
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: none
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11790 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.980, 84.040, 90.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-522-

HOH

31A-600-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hyposensitive to light 7 / ShHTL7


分子量: 30610.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3PNA2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Magnesium Chloride, Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→45.28 Å / Num. obs: 60066 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CBK

5cbk


解像度: 1.694→35.09 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 3013 5.02 %
Rwork0.1941 --
obs0.1955 60066 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.694→35.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 6 212 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7912911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2731282
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6945-1.72090.42481180.45972148X-RAY DIFFRACTION81
1.7209-1.74910.37971370.4032606X-RAY DIFFRACTION100
1.7491-1.77930.40811280.39322566X-RAY DIFFRACTION100
1.7793-1.81170.41871400.38922649X-RAY DIFFRACTION100
1.8117-1.84650.38151400.37492627X-RAY DIFFRACTION100
1.8465-1.88420.36841410.33652602X-RAY DIFFRACTION100
1.8842-1.92520.35611350.33852593X-RAY DIFFRACTION100
1.9252-1.96990.39761390.33642598X-RAY DIFFRACTION100
1.9699-2.01920.33131340.30522624X-RAY DIFFRACTION100
2.0192-2.07380.31011390.21772645X-RAY DIFFRACTION100
2.0738-2.13480.22171400.21392577X-RAY DIFFRACTION100
2.1348-2.20370.24951400.19462643X-RAY DIFFRACTION100
2.2037-2.28240.27181410.19242592X-RAY DIFFRACTION100
2.2824-2.37380.26011390.18252618X-RAY DIFFRACTION100
2.3738-2.48180.19091420.1792663X-RAY DIFFRACTION100
2.4818-2.61260.23461320.18972573X-RAY DIFFRACTION100
2.6126-2.77630.22391380.18862644X-RAY DIFFRACTION100
2.7763-2.99050.23181360.18762609X-RAY DIFFRACTION100
2.9905-3.29120.21491390.17732601X-RAY DIFFRACTION100
3.2912-3.7670.18331370.16522649X-RAY DIFFRACTION100
3.767-4.74420.15861370.14882610X-RAY DIFFRACTION100
4.7442-35.09740.1721410.16632616X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9771 Å / Origin y: 24.5514 Å / Origin z: 15.0055 Å
111213212223313233
T0.2741 Å20.0036 Å2-0.0067 Å2-0.2389 Å20.0247 Å2--0.2587 Å2
L3.245 °20.172 °2-0.2449 °2-1.1573 °2-0.3754 °2--2.0782 °2
S-0.023 Å °-0.1473 Å °0.0215 Å °0.0858 Å °0.0509 Å °0.0659 Å °-0.0039 Å °0.0165 Å °-0.0348 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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