PDB-7w7d: Heme exporter HrtBA in complex with heme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w7d

タイトル

Heme exporter HrtBA in complex with heme

要素

Putative ABC transport system integral membrane protein
Putative ABC transport system, ATP-binding protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / heme detoxification / heme extraction / ABC transporter / 4-helix TMD

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Hisano, T. / Nakamura, H. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shiro, Y. / Shirouzu, M.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	26220807	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K07309	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H00926	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H05761	日本

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria.
著者: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.

履歴

登録	2021年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w7d.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w7d.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w7d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7w7d_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w7d_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7w7d_validation.xml.gz	120.4 KB	表示
CIF形式データ	7w7d_validation.cif.gz	160.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w78C 7w79C 7w7aC 7w7bC 7w7cC 6lll PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

B: Putative ABC transport system integral membrane protein

C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

D: Putative ABC transport system integral membrane protein

E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

F: Putative ABC transport system integral membrane protein

G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

H: Putative ABC transport system integral membrane protein

I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

J: Putative ABC transport system integral membrane protein

K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

L: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

366 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

B: Putative ABC transport system integral membrane protein

C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

D: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

F: Putative ABC transport system integral membrane protein

G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

H: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

J: Putative ABC transport system integral membrane protein

K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

L: Putative ABC transport system integral membrane protein

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
121 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.585, 135.026, 160.969
Angle α, β, γ (deg.)	112.488, 100.412, 93.776
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
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d_2	1	ens_1	PRO	GLY	D	3 - 17
d_2	2	ens_1	SER	GLY	D	19 - 41
d_2	3	ens_1	SER	LEU	D	43 - 108
d_2	4	ens_1	GLY	GLY	D	110 - 132
d_2	5	ens_1	VAL	LEU	D	135 - 180
d_2	6	ens_1	ASP	THR	D	182 - 195
d_2	7	ens_1	ASP	ASP	D	197
d_2	8	ens_1	SER	VAL	D	199 - 208
d_2	9	ens_1	MET	ALA	D	210 - 215
d_3	1	ens_1	PRO	GLY	F	1 - 15
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d_3	3	ens_1	SER	LEU	F	41 - 106
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d_3	5	ens_1	VAL	LEU	F	133 - 178
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d_4	1	ens_1	PRO	GLY	I	3 - 17
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d_5	2	ens_1	SER	GLY	K	19 - 41
d_5	3	ens_1	SER	LEU	K	43 - 108
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d_5	6	ens_1	ASP	THR	K	182 - 195
d_5	7	ens_1	ASP	ASP	K	197
d_5	8	ens_1	SER	VAL	K	199 - 208
d_5	9	ens_1	MET	ALA	K	210 - 215
d_6	1	ens_1	PRO	GLY	M	3 - 17
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d_6	4	ens_1	GLY	GLY	M	110 - 132
d_6	5	ens_1	VAL	LEU	M	135 - 180
d_6	6	ens_1	ASP	THR	M	182 - 195
d_6	7	ens_1	ASP	ASP	M	197
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d_1	4	ens_2	GLN	ALA	B	76 - 77
d_1	5	ens_2	TRP	TRP	B	80
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d_1	16	ens_2	ALA	GLU	B	212 - 219
d_1	17	ens_2	SER	ALA	B	221 - 240
d_1	18	ens_2	LEU	LYS	B	242 - 263
d_1	19	ens_2	TYR	VAL	B	265 - 334
d_1	20	ens_2	PRO	ALA	B	336 - 339
d_1	21	ens_2	GLY	GLY	B	341
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d_2	4	ens_2	GLN	ALA	E	76 - 77
d_2	5	ens_2	TRP	TRP	E	80
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d_3	11	ens_2	GLY	LEU	G	124 - 135
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d_6	1	ens_2	MET	ILE	N	1 - 8
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d_6	6	ens_2	ASP	THR	N	82 - 91
d_6	7	ens_2	ILE	ASP	N	93 - 96
d_6	8	ens_2	ASN	PRO	N	98 - 108
d_6	9	ens_2	GLY	GLY	N	110 - 119
d_6	10	ens_2	ILE	GLU	N	121 - 122
d_6	11	ens_2	GLY	LEU	N	124 - 135
d_6	12	ens_2	VAL	ALA	N	137 - 148
d_6	13	ens_2	VAL	THR	N	150 - 180
d_6	14	ens_2	ALA	ASN	N	182 - 190
d_6	15	ens_2	GLU	PHE	N	192 - 210
d_6	16	ens_2	ALA	GLU	N	212 - 219
d_6	17	ens_2	SER	ALA	N	221 - 240
d_6	18	ens_2	LEU	LYS	N	242 - 263
d_6	19	ens_2	TYR	VAL	N	265 - 334
d_6	20	ens_2	PRO	ALA	N	336 - 339
d_6	21	ens_2	GLY	GLY	N	341
d_1	1	ens_3	PRO	LEU	A	3 - 216
d_2	1	ens_3	PRO	LEU	D	3 - 216
d_3	1	ens_3	PRO	LEU	F	1 - 214
d_4	1	ens_3	PRO	LEU	I	3 - 216
d_1	1	ens_4	PRO	LEU	K	3 - 216
d_2	1	ens_4	PRO	LEU	M	3 - 216
d_1	1	ens_5	MET	GLN	B	1 - 42
d_1	2	ens_5	ALA	GLY	B	215 - 341
d_2	1	ens_5	MET	GLN	E	1 - 42
d_2	2	ens_5	ALA	GLY	E	215 - 341
d_3	1	ens_5	MET	GLN	G	1 - 42
d_3	2	ens_5	ALA	GLY	G	215 - 341
d_4	1	ens_5	MET	GLN	J	1 - 42
d_4	2	ens_5	ALA	GLY	J	215 - 341
d_1	1	ens_6	ASN	PRO	B	43 - 214
d_2	1	ens_6	ASN	PRO	E	43 - 214
d_3	1	ens_6	ASN	PRO	G	43 - 214
d_4	1	ens_6	ASN	PRO	J	43 - 214
d_1	1	ens_7	MET	GLN	L	1 - 42
d_1	2	ens_7	ALA	THR	L	215 - 343
d_2	1	ens_7	MET	GLN	N	1 - 42
d_2	2	ens_7	ALA	THR	N	215 - 343
d_1	1	ens_8	ASN	PRO	L	43 - 214
d_2	1	ens_8	ASN	PRO	N	43 - 214

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5
ens_6
ens_7
ens_8

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.645147486714, -0.231081799983, 0.728275993085), (-0.248395201175, -0.837958981035, -0.485926506928), (0.722554180958, -0.494394526485, 0.483207520389)	32.4234953366, 91.3231905659, 14.3457449139
2	given	(0.583838253921, 0.630144998279, 0.51190836524), (0.694999817246, -0.0620038353862, -0.716331472452), (-0.419652412464, 0.773997936393, -0.474150869631)	-19.9722021923, 46.3286784211, 110.473737669
3	given	(-0.260816797854, -0.921164177951, 0.288844517374), (-0.941564494059, 0.308786852682, 0.134562190596), (-0.213145259118, -0.2368696622, -0.947872281294)	68.6480512674, 53.3581980011, 156.477573971
4	given	(-0.803254148804, -0.533232313515, -0.265416789695), (0.150759773822, -0.613101234093, 0.775485891136), (-0.57624149714, 0.582898084212, 0.572866092902)	48.17703505, -16.134875321, 47.8786885689
5	given	(0.456323398776, 0.793555432716, -0.402540346967), (0.653400567768, 0.00825140015856, 0.756967378713), (0.604017097249, -0.608442018275, -0.514744263327)	-34.5235668261, -53.8270583508, 96.7237421069
6	given	(-0.656237116185, -0.240466005628, 0.715212519101), (-0.252444863714, -0.823270912647, -0.508425604365), (0.711072737577, -0.514199479314, 0.479556521536)	33.2602153224, 91.4498223177, 15.528752865
7	given	(0.553221465363, 0.676504653937, 0.486094089104), (0.683580509581, -0.0351744354399, -0.729027054376), (-0.476092109977, 0.735597860446, -0.48190464879)	-20.1289963489, 46.7017251423, 114.206343844
8	given	(-0.181258712801, -0.954279949128, 0.2376868901), (-0.956979796906, 0.226836156433, 0.180928235629), (-0.226572168077, -0.194666732716, -0.95434266164)	67.8501054748, 55.6526849468, 155.775852958
9	given	(-0.78865783646, -0.532370590625, -0.307571733466), (0.10735715227, -0.611807303087, 0.783687607243), (-0.605386867091, 0.585041347365, 0.539660414545)	48.8244292726, -14.9517642421, 48.1270729973
10	given	(0.442959961316, 0.793083616654, -0.418096698942), (0.633201211181, 0.0533962903353, 0.772143161814), (0.634698904071, -0.606767841249, -0.478529087932)	-33.3861034158, -55.7003935413, 96.3566421481
11	given	(-0.644324940306, -0.231695364078, 0.728809048767), (-0.247554124555, -0.838498810818, -0.485424247101), (0.723576068368, -0.493190635072, 0.482908553209)	32.3850521854, 91.2747294509, 14.2560406844
12	given	(0.585926771693, 0.630678400587, 0.508856141996), (0.693138965893, -0.0647322152626, -0.717891436269), (-0.419819237499, 0.77333983173, -0.475076112307)	-19.9882304537, 46.5915120323, 110.53884384
13	given	(-0.26146631871, -0.920764797797, 0.289529879838), (-0.941917402301, 0.308910465804, 0.131779859461), (-0.210777065695, -0.238257237572, -0.948054068775)	68.6340160241, 53.4691078626, 156.417253234
14	given	(-0.683847376035, -0.728983844062, -0.030583024487), (-0.72920247768, 0.681424186167, 0.0626484241753), (-0.0248296765082, 0.0651431777158, -0.997566966956)	-11.9971844669, -10.6602259186, 146.686390379
15	given	(-0.645545874881, -0.239126925663, 0.725319816941), (-0.250126840457, -0.831140260321, -0.496631081746), (0.721600365235, -0.502020100291, 0.476727104113)	32.7891368238, 91.5516355723, 14.8359784218
16	given	(0.59059059735, 0.655663905381, 0.470433406023), (0.665305173423, -0.0656939559379, -0.743675554506), (-0.456696586957, 0.752189568748, -0.475014820957)	-20.0980166101, 48.8196258482, 112.830824219
17	given	(-0.219101641668, -0.934206903723, 0.281517196019), (-0.942471843752, 0.277297615939, 0.18668919607), (-0.252470383121, -0.224418121439, -0.941220065881)	67.5522752587, 52.883538388, 157.676043107
18	given	(-0.675996960837, -0.239063324385, 0.697048661051), (-0.254673093006, -0.811838556083, -0.525413907844), (0.691498173994, -0.53269774337, 0.487917400357)	32.9312094658, 90.394366417, 16.9870962537
19	given	(0.521681018618, 0.703601378717, 0.482487320746), (0.702893530922, -0.0339488716728, -0.710484453243), (-0.483517940723, 0.709783469784, -0.512267339404)	-21.5351053972, 46.8171195592, 115.085056843
20	given	(-0.179036255471, -0.962121102241, 0.20559426998), (-0.961850134306, 0.21510697837, 0.1690364073), (-0.206858256696, -0.167487230792, -0.963928259342)	67.4970401283, 56.1601929332, 153.659691903
21	given	(-0.653151905248, -0.757138676232, -0.0115591359794), (-0.756032144303, 0.651188191937, 0.0661009490282), (-0.0425204121861, 0.0519130391573, -0.997745985165)	-12.960780665, -11.6455657883, 146.396248404
22	given	(-0.637332834729, -0.76926940347, -0.0450715282802), (-0.769982642002, 0.633422195452, 0.0768313303523), (-0.0305546852723, 0.0836714239936, -0.996024851103)	-11.3595980956, -13.0460095897, 148.126322977

#1: タンパク質	Putative ABC transport system, ATP-binding protein 分子量: 24851.355 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2
#2: タンパク質	Putative ABC transport system integral membrane protein 分子量: 35866.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% PEG 3000, 0.2 M Mg acetate, 0.2 M KCl, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.74 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.74 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.27→49.29 Å / Num. obs: 187978 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 123.56 Å² / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3.27→3.47 Å / Num. unique obs: 29851 / CC_1/2: 0.526

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LLL

6lll
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.4→49.29 Å / SU ML: 0.5473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.9366
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2848	5213	3.11 %
R_work	0.2546	162615	-
obs	0.2555	167828	97.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 167.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24966	0	86	0	25052

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0026	25460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4524	34709
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0374	4261
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	4420
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.5554	9052

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.627093947047
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.857728133833
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.799591816704
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.838894906704
ens_1	d_6	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.766987081885
ens_2	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.760029924566
ens_2	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.872151694742
ens_2	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.859338956837
ens_2	d_5	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.68525001289
ens_2	d_6	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.62024835612
ens_3	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.673294919914
ens_3	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.00613400253
ens_3	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.00946175233
ens_4	d_2	K	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.82796813366
ens_5	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.614772876924
ens_5	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.696726989978
ens_5	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.736657936657
ens_6	d_2	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.912249983825
ens_6	d_3	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.880334161853
ens_6	d_4	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.987926352401
ens_7	d_2	L	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.661224579629
ens_8	d_2	L	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.890954019213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.4-3.44	0.4406	183	0.4709	5412	X-RAY DIFFRACTION	96.04
3.44-3.48	0.4894	142	0.4482	5365	X-RAY DIFFRACTION	96.51
3.48-3.52	0.4127	140	0.4225	5307	X-RAY DIFFRACTION	96.48
3.52-3.57	0.3857	178	0.3934	5445	X-RAY DIFFRACTION	96.45
3.57-3.61	0.3879	208	0.3765	5268	X-RAY DIFFRACTION	96.82
3.61-3.66	0.4084	168	0.3568	5373	X-RAY DIFFRACTION	96.57
3.66-3.71	0.3215	148	0.3449	5418	X-RAY DIFFRACTION	96.77
3.71-3.77	0.3423	202	0.331	5302	X-RAY DIFFRACTION	97
3.77-3.83	0.3387	178	0.3287	5385	X-RAY DIFFRACTION	97.12
3.83-3.89	0.4142	150	0.3222	5460	X-RAY DIFFRACTION	97.4
3.89-3.96	0.351	178	0.3159	5438	X-RAY DIFFRACTION	97.33
3.96-4.03	0.343	174	0.3183	5381	X-RAY DIFFRACTION	97.15
4.03-4.11	0.2931	178	0.2776	5435	X-RAY DIFFRACTION	97.55
4.11-4.19	0.2872	180	0.2608	5333	X-RAY DIFFRACTION	97.54
4.19-4.28	0.2624	170	0.2501	5441	X-RAY DIFFRACTION	97.62
4.28-4.38	0.2893	184	0.2433	5496	X-RAY DIFFRACTION	97.76
4.38-4.49	0.2614	177	0.2364	5395	X-RAY DIFFRACTION	97.72
4.49-4.61	0.2676	166	0.2348	5413	X-RAY DIFFRACTION	98.05
4.61-4.75	0.2809	174	0.229	5413	X-RAY DIFFRACTION	97.95
4.75-4.9	0.2519	178	0.2334	5484	X-RAY DIFFRACTION	98.3
4.9-5.08	0.2937	186	0.242	5432	X-RAY DIFFRACTION	98.29
5.08-5.28	0.2903	156	0.2434	5465	X-RAY DIFFRACTION	98.34
5.28-5.52	0.3115	190	0.2629	5458	X-RAY DIFFRACTION	98.4
5.52-5.81	0.3343	170	0.2606	5469	X-RAY DIFFRACTION	98.62
5.81-6.17	0.3097	180	0.2484	5465	X-RAY DIFFRACTION	98.76
6.17-6.65	0.241	172	0.2523	5543	X-RAY DIFFRACTION	98.77
6.65-7.32	0.2436	184	0.2279	5460	X-RAY DIFFRACTION	98.98
7.32-8.37	0.2657	168	0.2132	5504	X-RAY DIFFRACTION	99.09
8.37-10.53	0.1827	182	0.1634	5485	X-RAY DIFFRACTION	99.11
10.53-49.29	0.2858	169	0.2486	5370	X-RAY DIFFRACTION	96.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.70668786608	-0.819961866877	0.474958010641	5.90962357441	4.02481156257	9.28537656477	-0.608847942975	0.335075812845	0.781197096738	0.862900949196	0.845858246883	-0.65811709437	0.394319059963	1.22703537866	-0.246320520275	0.630686525216	-0.0473418680445	-0.142941483977	1.01118313489	0.0760717616583	1.25457435174	51.743	35.35	44.32
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24	3.465350905	-3.1560653251	0.489247768907	9.85046675394	1.69501017245	5.09610640163	-0.35945676436	0.0381139426813	-0.500430459424	0.0168640663704	0.305666158596	0.294804509597	0.0189021516464	-0.210843389692	0.0726773142107	1.09978244644	0.300368420852	-0.16196049214	0.901551528326	-0.146984395232	1.16829375167	10.012	-21.95	81.863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:218 )	A	3 - 218
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:42 )	B	1 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 43:189 )	B	43 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 190:341 )	B	190 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 3:219 )	C	3 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 1:42 )	D	1 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 43:189 )	D	43 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 190:342 )	D	190 - 342
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 5:218 )	E	5 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN F AND RESID 1:42 )	F	1 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN F AND RESID 43:189 )	F	43 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 190:342 )	F	190 - 342
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN G AND RESID 3:225 )	G	3 - 225
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 1:42 )	H	1 - 42
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 43:189 )	H	43 - 189
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 190:341 )	H	190 - 341
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 3:223 )	I	3 - 223
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN J AND RESID 1:42 )	J	1 - 42
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 43:219 )	J	43 - 219
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 220:343 )	J	220 - 343
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN K AND RESID 4:221 )	K	4 - 221
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN L AND RESID 1:42 )	L	1 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN L AND RESID 43:219 )	L	43 - 219
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN L AND RESID 220:343 )	L	220 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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