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- PDB-7w7b: Heme exporter HrtBA in complex with protoporphyrin IX containing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w7b
タイトルHeme exporter HrtBA in complex with protoporphyrin IX containing manganese(III), high resolution data
要素(Putative ABC transport ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / Heme extraction / Heme detoxification / ABC transporter / 4-Helix TMD / ATP-BINDING PROTEIN-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AGA / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING MN / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / ABC transport system integral membrane protein / ABC transport system, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hisano, T. / Nakamura, H. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07309 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26220807 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H00926 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05761 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria.
著者: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
履歴
登録2021年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
D: Putative ABC transport system integral membrane protein
E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
F: Putative ABC transport system integral membrane protein
G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
H: Putative ABC transport system integral membrane protein
I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
J: Putative ABC transport system integral membrane protein
K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
L: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,35418
ポリマ－364,30512
非ポリマー2,0496
水00
1
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
D: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,7628
ポリマ－121,4354
非ポリマー1,3274
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area45790 Å2
手法PISA
2
E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
F: Putative ABC transport system integral membrane protein
G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
H: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,1576
ポリマ－121,4354
非ポリマー7222
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area47190 Å2
手法PISA
3
I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
J: Putative ABC transport system integral membrane protein
K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
L: Putative ABC transport system integral membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4354
ポリマ－121,4354
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8320 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area47900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.001, 133.485, 159.341
Angle α, β, γ (deg.)111.650, 99.690, 94.640
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 5 through 218)
21(chain C and resid 5 through 218)
31(chain E and resid 5 through 218)
41(chain G and resid 5 through 218)
51(chain I and resid 5 through 218)
61(chain K and resid 5 through 218)
12(chain B and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))
22(chain D and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))
32(chain F and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))
42(chain H and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))
52(chain J and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))
62(chain L and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111PROPROLEULEU(chain A and resid 5 through 218)AA5 - 2185 - 218
211PROPROLEULEU(chain C and resid 5 through 218)CC5 - 2185 - 218
311PROPROLEULEU(chain E and resid 5 through 218)EE5 - 2185 - 218
411PROPROLEULEU(chain G and resid 5 through 218)GG5 - 2185 - 218
511PROPROLEULEU(chain I and resid 5 through 218)II5 - 2185 - 218
611PROPROLEULEU(chain K and resid 5 through 218)KK5 - 2185 - 218
112METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))BB1 - 2191 - 219
122SERSERGLYGLY(chain B and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))BB221 - 341221 - 341
212METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))DD1 - 2191 - 219
222SERSERGLYGLY(chain D and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))DD221 - 341221 - 341
312METMETGLUGLU(chain F and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))FF1 - 2191 - 219
322SERSERGLYGLY(chain F and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))FF221 - 341221 - 341
412METMETGLUGLU(chain H and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))HH1 - 2191 - 219
422SERSERGLYGLY(chain H and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))HH221 - 341221 - 341
512METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))JJ1 - 2191 - 219
522SERSERGLYGLY(chain J and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))JJ221 - 341221 - 341
612METMETGLUGLU(chain L and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))LL1 - 2191 - 219
622SERSERGLYGLY(chain L and (resid 1 through 219 or resid 221 through 341))LL221 - 341221 - 341

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Putative ABC transport ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Putative ABC transport system, ATP-binding protein


分子量: 24851.355 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2
#2: タンパク質
Putative ABC transport system integral membrane protein


分子量: 35866.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1

-
非ポリマー , 4種, 6分子

#3: 化合物 ChemComp-AGA / (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE / PHOSPHATIDYL GLYCEROL


分子量: 455.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O10P
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-MNR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING MN


分子量: 615.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32MnN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% PEG 3000, 0.2 M Mg acetate, 0.2 M KCl, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.39 Å / Num. obs: 239883 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.663 % / Biso Wilson estimate: 90.429 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 1.129 / Net I/σ(I): 4.77 / Num. measured all: 878625
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.99-3.173.7991.9060.4414657139870385820.3032.21996.8
3.17-3.393.7681.1180.9113774237378365550.551.30597.8
3.39-3.663.6720.6591.712459834772339360.7890.77397.6
3.66-4.013.420.3782.9810617632022310440.8860.45196.9
4.01-4.483.5510.2085.3610004729088281740.960.24696.9
4.48-5.173.7680.1617.569382325602249020.9770.18897.3
5.17-6.313.7170.1547.687817521714210300.9770.1896.8
6.31-8.853.4070.08712.355537816776162520.9910.10496.9
8.85-49.393.8390.04525.7336115956894080.9980.05398.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LLJ

6llj
PDB 未公開エントリ


解像度: 3→49.39 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 38.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2988 7407 3.14 %
Rwork0.2664 228749 -
obs0.2674 236156 96.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 317.34 Å2 / Biso mean: 134.3242 Å2 / Biso min: 73.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24966 0 133 0 25099
Biso mean--149.52 --
残基数----3369
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
12C6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
13E6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
14G6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
15I6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
16K6077X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
21B9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
22D9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
23F9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
24H9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
25J9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
26L9186X-RAY DIFFRACTION11.52TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.030.45442240.43656588681282
3.03-3.070.44432060.44467020722690
3.07-3.110.40852310.42697400763193
3.11-3.150.50292410.47157681792297
3.15-3.190.49032900.46067681797198
3.19-3.230.46022600.43077582784298
3.23-3.280.41782200.40857861808198
3.28-3.330.37062500.38747697794798
3.33-3.380.40793010.37487642794398
3.38-3.430.3632490.36567754800398
3.43-3.490.31652000.35287731793198
3.49-3.560.33092670.34847766803398
3.56-3.630.33792490.34537695794497
3.63-3.70.33462510.34117696794798
3.7-3.780.34252780.30437647792597
3.78-3.870.36032240.29717752797697
3.87-3.960.31692310.28597602783397
3.96-4.070.30032680.27427682795097
4.07-4.190.31742260.25127690791697
4.19-4.330.29472890.24557648793797
4.33-4.480.23762230.22877660788397
4.48-4.660.2722600.21847666792697
4.66-4.870.25422540.22147750800498
4.87-5.130.27632420.22747741798397
5.13-5.450.31072470.24017614786197
5.45-5.870.27632450.24377699794497
5.87-6.460.24922500.24077662791297
6.46-7.390.23572510.22467701795297
7.39-9.30.20952370.18127669790697
9.3-49.390.29232430.23847772801598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.81940.1134-0.14734.68713.15796.26-0.19770.49020.34390.29250.3296-0.2561-0.02250.8839-0.08480.71580.0041-0.03490.97520.15370.767993.418-17.60474.484
24.4747-0.26631.61933.49380.78191.0725-0.1169-0.3866-0.52120.3956-1.4373-0.96980.83042.95950.27910.97110.37190.04991.97770.5160.753369.144-13.7438.974
35.74132.4112-0.14498.6611-2.09488.08060.00490.29420.0371-0.97190.14560.84050.2899-0.8702-0.26851.47990.2736-0.15241.30640.22060.801552.5835.4692.483
42.6768-1.51370.95212.7258-0.61594.59650.13280.88210.4861-0.7995-0.2701-0.017-0.621-0.36750.43490.75140.04010.19050.88680.26340.657568.759-3.18438.541
54.6837-1.98270.0735.6106-0.12764.6887-0.2154-0.00090.03450.03850.37450.09080.1982-0.1139-0.20320.71390.04740.03560.61460.14010.662965.272-25.81886.553
61.9524-1.81690.74734.3978-2.43266.5386-0.05290.59930.7388-0.3036-0.9442-0.2104-1.263-1.22480.7172.1160.703-0.05132.11280.33460.967651.638-7.05449.865
73.3107-1.2669-1.22763.39120.17222.44540.1759-0.2062-0.2751-0.39840.33141.0214-0.0552-1.7576-0.5211.4276-0.0235-0.22872.480.47621.299530.046-1.54111.266
81.24941.87961.1521.74541.13334.8107-0.2456-0.2517-0.3173-0.78040.92770.5646-0.5939-2.1057-0.62221.30850.0691-0.00121.51630.42591.017849.282-15.66644.458
99.7123-2.58133.48255.54172.77635.96290.32740.5854-0.46790.12180.1622-0.86510.95971.6297-0.4931.26290.06960.2251.0772-0.04220.997797.443-4.27126.032
103.87791.19310.2982.5048-0.63060.7347-0.19371.1967-0.2716-0.6006-0.7437-0.87280.5999-0.06471.04791.51370.51470.16181.12-0.06710.914769.0256.455156.807
116.3165-0.0699-4.30414.77311.11029.6564-0.5865-0.6034-0.20940.11880.15560.82110.0402-0.93830.28361.34530.37410.14341.5204-0.14740.750555.74621.401196.633
120.9813-0.62911.37783.2087-0.4737.00240.038-0.53680.2880.4010.3102-0.239-0.6562-0.422-0.38890.8494-0.0732-0.04650.7681-0.25190.753275.8515.668164.835
136.043-1.4405-0.79793.84040.43958.50240.0777-0.65180.42260.02460.0316-0.07130.35630.8027-0.00010.63510.13220.01060.7002-0.17370.672677.662-30.814124.783
142.15782.22891.93662.6432.11774.2916-0.6309-0.226-0.31742.76081.17061.74640.66270.2644-0.38582.63080.78430.64421.80110.24091.160368.074-13.688164.348
150.8285-0.78140.70084.20310.58562.8794-0.36920.2169-0.82610.9438-0.42090.60351.8888-1.21750.71272.3012-0.01390.6892.0745-0.28721.331743.372-0.581198.748
163.3122-1.2992-3.8861.07251.39233.1274-0.3702-0.28950.23270.9830.28650.17221.0776-0.47150.08511.91760.13990.27741.7598-0.25631.088658.295-10.774162.301
172.6545-0.7592-0.8693.3898-0.50623.84970.15770.1965-0.3458-0.3341-0.08680.17750.0279-0.3022-0.06510.87640.2428-0.0830.7735-0.08070.881418.445-47.7294.681
183.134-3.14660.19388.93241.77873.75210.1140.3453-1.5299-1.1846-0.88720.28291.11730.2920.31251.64860.51340.45111.17610.07662.403445.132-82.02688.994
194.8912-0.5773-2.20622.47853.29874.80910.48860.04471.076-0.8115-0.1832-0.3488-0.374-0.2137-0.20341.55260.48170.10410.96970.15141.820257.062-123.77193.151
204.1651-1.5294-1.05993.0482-1.37553.2661-0.6539-0.3872-0.92830.5210.306-0.30151.38270.93650.20051.47230.5301-0.10480.8421-0.11721.110738.74-79.71694.08
214.5914-0.3081-1.24175.9719-1.96296.50260.3415-0.11030.2688-0.2622-0.3365-0.2947-0.32490.0203-0.04960.5870.0782-0.01150.4261-0.00370.594441.548-38.296114.246
220.69790.3157-1.50051.535-2.31544.41660.28870.2984-0.31090.31850.7006-0.18450.50730.2913-0.88891.39470.1909-0.40040.928-0.13851.645750.849-80.974117.419
236.603-2.74930.27327.1982.97466.52130.15850.47220.1848-0.4632-0.41590.90160.0161-0.10540.3391.54740.29280.02320.76540.03181.470376.447-115.744110.154
243.2104-0.81430.13773.05082.79612.2213-0.3096-0.2665-0.85580.93240.508-0.05690.6017-0.0795-0.08741.55430.226-0.09140.83930.07591.182352.897-74.037112.706
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 3:218 )A3 - 218
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:42 )B1 - 42
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 43:189 )B43 - 189
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 190:341 )B190 - 341
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 3:219 )C3 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 1:42 )D1 - 42
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN D AND RESID 43:189 )D43 - 189
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN D AND RESID 190:342 )D190 - 342
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN E AND RESID 5:218 )E5 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN F AND RESID 1:42 )F1 - 42
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 43:189 )F43 - 189
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN F AND RESID 190:342 )F190 - 342
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN G AND RESID 3:225 )G3 - 225
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN H AND RESID 1:42 )H1 - 42
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN H AND RESID 43:189 )H43 - 189
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN H AND RESID 190:341 )H190 - 341
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN I AND RESID 3:223 )I3 - 223
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN J AND RESID 1:42 )J1 - 42
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN J AND RESID 43:219 )J43 - 219
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN J AND RESID 220:343 )J220 - 343
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN K AND RESID 4:221 )K4 - 221
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 1:42 )L1 - 42
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN L AND RESID 43:219 )L43 - 219
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN L AND RESID 220:343 )L220 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る