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万見
- PDB-7w78: Heme exporter HrtBA in complex with Mg-AMPPNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w78
タイトルHeme exporter HrtBA in complex with Mg-AMPPNP
要素(Putative ABC transport ...) x 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / Heme detoxification / Heme extraction / ABC transporter / 4-Helix TMD
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DODECANE / Myristoleic acid / ABC transport system integral membrane protein / ABC transport system, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.884 Å
データ登録者Hisano, T. / Nakamura, H. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26220807 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16K07309 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H00926 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05761 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria.
著者: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
履歴
登録2021年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,79710
ポリマ－59,4332
非ポリマー1,3648
水2,090116
1
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,59420
ポリマ－118,8664
非ポリマー2,72716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area16010 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area43940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.981, 168.981, 94.665
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-456-

HOH

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要素

-
Putative ABC transport ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative ABC transport system, ATP-binding protein


分子量: 23566.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2
#2: タンパク質 Putative ABC transport system integral membrane protein


分子量: 35866.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1

-
非ポリマー , 7種, 124分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MYZ / Myristoleic acid / Z-tetradec-9-enoic acid / ミリストレイン酸


分子量: 226.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O2
#8: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22% PEG 400, 10 mM Mg acetate, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 31561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 40.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 897604
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.88-2.9318.315400.4830.5660.80999.9
2.93-2.9823.415460.6070.5210.815100
2.98-3.0426.915410.7630.3980.858100
3.04-3.128.815450.8130.3190.889100
3.1-3.1729.815720.8720.250.904100
3.17-3.2429.815540.9330.1930.976100
3.24-3.323015310.9460.160.9621000.8630.878
3.32-3.4129.915640.9680.1230.9561000.6650.677
3.41-3.5129.815700.9810.09411000.5050.513
3.51-3.6329.915610.9860.0720.961000.3910.397
3.63-3.7629.915540.9920.0550.9941000.2950.3
3.76-3.9129.815720.9960.0420.9961000.2270.231
3.91-4.0929.815660.9970.0310.9451000.1660.169
4.09-4.329.615880.9980.0230.9211000.1260.128
4.3-4.5729.715660.9990.0180.8931000.0960.098
4.57-4.9229.615960.9990.0160.941000.0880.09
4.92-5.4229.315940.9990.0191.1741000.1040.106
5.42-6.22916160.9980.0221.5131000.1180.12
6.2-7.8128.616400.9990.0141.2791000.0740.075
7.81-5026.7174510.0040.50799.50.0220.023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LLP

6llp
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.884→48.406 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 1908 6.92 %
Rwork0.2211 25667 -
obs0.2232 27575 87.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.02 Å2 / Biso mean: 42.6349 Å2 / Biso min: 18.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.884→48.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4160 0 86 116 4362
Biso mean--40.82 35.41 -
残基数----562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8965869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6052558
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.884-2.95580.4479380.324950425
2.9558-3.03570.3358860.3357110054
3.0357-3.12510.35721240.2893170483
3.1251-3.22590.28261390.2657182089
3.2259-3.34120.25321420.2451192193
3.3412-3.47490.27951470.2367194094
3.4749-3.6330.28891500.228197095
3.633-3.82450.22861430.2143199497
3.8245-4.0640.21581520.2076205698
4.064-4.37760.22351510.1943207299
4.3776-4.81770.2181550.1882094100
4.8177-5.5140.23381570.20522110100
5.514-6.94380.27041580.21682140100
6.9438-48.40.23191660.2104224299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83880.108-0.4650.49340.23731.1285-0.02340.2776-0.1125-0.3345-0.06120.00060.0444-0.2198-0.03120.52240.22340.01760.2651-0.11930.04366.229695.298426.9912
21.05680.2712-0.42270.1266-0.35251.2033-0.21680.4745-0.4076-0.54950.06510.19920.4445-0.3510.19830.5007-0.0056-0.10940.3584-0.23280.27652.070791.209529.5327
31.8146-1.03880.57650.85990.46542.5784-0.0136-0.2529-0.7445-0.1417-0.04120.48780.5655-0.3384-0.10850.30570.0913-0.01050.13860.00960.368650.873391.988849.245
40.9709-0.56-0.25761.0428-0.0670.7872-0.0946-0.0884-0.2694-0.0531-0.02180.17970.109-0.0560.02650.16590.23290.01570.1504-0.00190.156960.364891.962749.6197
50.4675-0.3231-0.24430.95320.27830.24960.01770.0436-0.217-0.0441-0.1345-0.06170.24690.0641-0.40610.49170.19970.01860.17770.05410.333865.965980.781946.534
61.14690.3124-0.13361.2853-0.24180.0987-0.050.3083-0.4561-0.3046-0.1246-0.29060.26390.0818-0.10380.40010.23820.07030.2346-0.06280.297772.274286.505734.5934
70.4282-0.1915-0.09510.50230.03980.16120.09560.0845-0.26620.03580.05820.3348-0.0921-0.10960.1770.46240.49830.09240.43120.10420.286234.8021121.591652.0646
81.0242-0.4005-0.30750.15570.1210.09110.13210.5479-0.5202-1.02270.07740.41690.4674-0.15670.07211.03560.0546-0.29220.3015-0.08270.4797-5.6489143.580237.3416
90.40850.2087-0.18220.2011-0.23060.2822-0.13090.1912-0.3789-0.5707-0.19690.1843-0.0052-0.0810.00320.89810.3293-0.04330.3581-0.09870.55975.5691140.767336.682
100.3227-0.44460.02751.0246-0.01830.25350.09270.0078-0.2948-0.04880.09920.359-0.2562-0.33060.20010.23940.50440.07520.45670.04280.3835.7919120.221444.0909
112.0574-0.83621.11380.436-0.82742.07830.41250.4047-0.2425-0.9784-0.06720.55560.5934-0.2427-0.17950.74080.1272-0.24810.26920.0650.4374-1.2599144.184338.8328
121.94670.14010.12991.61550.11631.46670.2287-0.3513-0.12150.2206-0.04870.1680.34740.0319-0.11950.22530.06350.08490.08320.12150.26282.4027152.1156.3375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 65 )A3 - 65
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 88 )A66 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 126 )A89 - 126
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 127 through 171 )A127 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 188 )A172 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 220 )A189 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 42 )B1 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 179 through 200 )B179 - 200
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 201 through 213 )B201 - 213
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 214 through 344 )B214 - 344
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 43 through 82 )B43 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 83 through 178 )B83 - 178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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