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- PDB-7w74: Crystal structure of DTG rhodopsin from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w74
タイトルCrystal structure of DTG rhodopsin from Pseudomonas putida
要素Bacteriorhodopsin-like protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / light-driven proton pump / seven transmembrane helices / retinal / DTG motif
機能・相同性
機能・相同性情報


: / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Suzuki, K. / Konno, M. / Bagherzadeh, R. / Inoue, K. / Murata, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of proton-pumping rhodopsin lacking a cytoplasmic proton donor residue by X-ray crystallography.
著者: Suzuki, K. / Del Carmen Marin, M. / Konno, M. / Bagherzadeh, R. / Murata, T. / Inoue, K.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin-like protein
B: Bacteriorhodopsin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,07011
ポリマ－52,0052
非ポリマー3,0659
水30617
1
A: Bacteriorhodopsin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0707
ポリマ－26,0031
非ポリマー2,0676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriorhodopsin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0004
ポリマ－26,0031
非ポリマー9983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.565, 65.565, 219.363
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Space group name HallP6c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin-like protein / DTG rhodopsin


分子量: 26002.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: F633_03659 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A370SAH7
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4
詳細: Magnesium chloride, Sodium chloride, Sodium citrate, PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→44.85 Å / Num. obs: 12567 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 54.03 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rrim(I) all: 0.251 / Net I/σ(I): 8.81
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.84-3.019.81.11312.0120070.7471.1194100
3.01-3.2211.20.8793.0119000.890.921100
3.22-3.4811.20.6644.1717830.9250.675100
3.48-3.811.10.3896.7916290.9660.408100
3.8-4.2510.90.21311.1514680.9910.224100
4.9-5.989.70.14414.4211300.9940.152100
5.98-8.3911.40.09218.698490.9990.094100
8.39-44.8510.90.05828.115010.9990.05798.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KFQ

6kfq


解像度: 2.84→44.85 Å / SU ML: 0.3641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 28.1236 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 2476 9.97 %
Rwork0.2294 22350 -
obs0.2321 12567 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3470 0 204 17 3691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57485133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0389598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.06422168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.90.32631290.30341220X-RAY DIFFRACTION99.48
2.9-2.950.29341400.27791242X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.020.33071360.28561236X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.090.31721340.2611250X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.170.28431480.26841253X-RAY DIFFRACTION99.86
3.17-3.250.31061440.26861242X-RAY DIFFRACTION99.86
3.25-3.350.27111360.25361232X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.460.3251420.26641278X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.580.30511360.24671223X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.720.2641320.221219X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.890.24981460.21931267X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.10.25021500.20871265X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.350.24861420.22421221X-RAY DIFFRACTION100
4.35-4.690.22271440.20981243X-RAY DIFFRACTION99.93
4.69-5.160.23331220.21971244X-RAY DIFFRACTION100
5.16-5.90.21521390.22581243X-RAY DIFFRACTION99.5
5.9-7.430.21831340.21041247X-RAY DIFFRACTION99.86
7.43-44.850.22941220.18771225X-RAY DIFFRACTION96.21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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