PDB-7w6b: Crystal Structure of PitA from pilus islet-2 of Streptococcus oralis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w6b

タイトル

Crystal Structure of PitA from pilus islet-2 of Streptococcus oralis

要素

von Willebrand factor type A domain protein

キーワード

CELL ADHESION / Tip pilin / adhesin / PitA / PI-2 pilus / Streptococcus oralis / isopeptide / CnaA fold / CnaB fold / vWFA fold / dental plaque / biofilm

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5979 / Domain of unknown function (DUF5979) / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / membrane / IODIDE ION / von Willebrand factor type A domain protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.984 Å

データ登録者

Yadav, R.K. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New structural insights into the PI-2 pilus from Streptococcus oralis, an early dental plaque colonizer.
著者: Yadav, R.K. / Krishnan, V.

履歴

登録	2021年12月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w6b.cif.gz	288.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w6b.ent.gz	225.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7w6b_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w6b_full_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示
XML形式データ	7w6b_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	7w6b_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7yC 7vcnC 7vcrSC 7w7iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: von Willebrand factor type A domain protein

ヘテロ分子

90.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.271, 422.928, 48.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	von Willebrand factor type A domain protein 分子量: 88094.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4FSQ3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 100 mM HEPES pH 7.8, 1 M potassium iodide, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.7712 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.984→51.93 Å / Num. obs: 20771 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.984→3.068 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1039 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.479

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VCR

7vcr

解像度: 2.984→51.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.875 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.807 / WR_factor R_free: 0.284 / WR_factor R_work: 0.242 / SU B: 39.76 / SU ML: 0.391 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.526 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3052	1068	5.142 %
R_work	0.2533	19703	-
all	0.256	-	-
obs	-	20771	90.125 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.478 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.729 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.749 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.984→51.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5878	0	17	31	5926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	5977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.558	1.644	8120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.553	5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.567	24.441	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.753	15	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.79	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	3988
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.297	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.373	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.041	7.875	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.931	11.809	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.981	7.438	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.744	11.19	4213
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.007	145.653	24081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.984-3.061	0.37	57	0.348	887	X-RAY DIFFRACTION	56.4593
3.061-3.145	0.403	61	0.349	972	X-RAY DIFFRACTION	64.9277
3.145-3.236	0.349	81	0.293	1119	X-RAY DIFFRACTION	73.5745
3.236-3.336	0.277	51	0.246	1108	X-RAY DIFFRACTION	78.3638
3.336-3.445	0.281	66	0.242	1286	X-RAY DIFFRACTION	88.6557
3.445-3.566	0.302	64	0.244	1353	X-RAY DIFFRACTION	99.0909
3.566-3.701	0.3	67	0.257	1336	X-RAY DIFFRACTION	99.6449
3.701-3.852	0.351	60	0.249	1256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.852-4.023	0.325	64	0.25	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.9259
4.023-4.219	0.274	81	0.252	1131	X-RAY DIFFRACTION	100
4.219-4.447	0.284	61	0.232	1160	X-RAY DIFFRACTION	99.8365
4.447-4.717	0.227	54	0.206	1050	X-RAY DIFFRACTION	100
4.717-5.042	0.261	36	0.221	1013	X-RAY DIFFRACTION	99.9048
5.042-5.446	0.28	66	0.237	954	X-RAY DIFFRACTION	99.9021
5.446-5.966	0.316	47	0.284	877	X-RAY DIFFRACTION	100
5.966-6.669	0.55	33	0.318	806	X-RAY DIFFRACTION	100
6.669-7.699	0.409	51	0.298	703	X-RAY DIFFRACTION	99.4723
7.699-9.427	0.245	37	0.231	605	X-RAY DIFFRACTION	98.9214
9.427-13.318	0.261	25	0.206	502	X-RAY DIFFRACTION	97.9554
13.318-51.93	0.315	6	0.316	301	X-RAY DIFFRACTION	93.8838

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.7668 Å / Origin y: 68.6396 Å / Origin z: -1.9585 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0517 Å²	0.0196 Å²	-0.0436 Å²	-	0.0432 Å²	0.0149 Å²	-	-	0.1816 Å²
L	0.0652 °²	0.1138 °²	0.0415 °²	-	0.5496 °²	0.4045 °²	-	-	0.3904 °²
S	-0.0517 Å °	-0.0326 Å °	0.0065 Å °	-0.0905 Å °	0.0172 Å °	0.1273 Å °	-0.0093 Å °	0.0464 Å °	0.0345 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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