PDB-7vcn: Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptoc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vcn

タイトル

Crystal Structure of PitA fragment from pilus islet-2 of Streptococcus oralis with Tb-Xo4

要素

(von Willebrand factor type A domain protein) x 2

キーワード

CELL ADHESION / Tip pilin / adhesin / PitA / PI-2 pilus / Streptococcus oralis / isopeptide / CnaA fold / CnaB fold / Crystallophore / Terbium / biofilm / dental plaque

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.343 Å

データ登録者

Yadav, R.K. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New structural insights into the PI-2 pilus from Streptococcus oralis, an early dental plaque colonizer.
著者: Yadav, R.K. / Krishnan, V.

履歴

登録	2021年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vcn.cif.gz	365.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vcn.ent.gz	290.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/7vcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7f7yC 7vcrC 7w6bC 7w7iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (2)

登録構造単位

C: von Willebrand factor type A domain protein

A: von Willebrand factor type A domain protein

D: von Willebrand factor type A domain protein

B: von Willebrand factor type A domain protein

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: von Willebrand factor type A domain protein

A: von Willebrand factor type A domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: von Willebrand factor type A domain protein

B: von Willebrand factor type A domain protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.815, 70.288, 82.710
Angle α, β, γ (deg.)	79.883, 86.895, 87.186
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	40 - 821
2	2	1	B	40 - 821

#1: タンパク質・ペプチド	von Willebrand factor type A domain protein / PitA 分子量: 3376.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. 由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4FSQ3
#2: タンパク質	von Willebrand factor type A domain protein / PitA 分子量: 52158.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 70-357 was removed during limited proteolysis treatment. 由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4FSQ3
#3: 化合物	ChemComp-7MT / Tb-Xo4 分子量: 556.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₅O₄Tb
#4: 化合物	ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION 分子量: 158.925 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tb
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2 M ammonium acetate 0.1 M HEPES pH 7.2, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.42379 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.42379 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.343→69.235 Å / Num. obs: 38153 / % possible obs: 82.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.343→2.608 Å / R_merge(I) obs: 0.552 / Num. unique obs: 1909 / CC_1/2: 0.881 / R_pim(I) all: 0.252

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.343→69.139 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 18.323 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.639 / ESU R Free: 0.302 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	1787	4.684 %
R_work	0.1942	36366	-
all	0.196	-	-
obs	-	38153	66.425 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.747 Å²	-0.162 Å²	-1.082 Å²
2-	-	-0.291 Å²	0.637 Å²
3-	-	-	-0.327 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.343→69.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7581	0	63	114	7758

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	7784
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.82	1.665	10533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.647	5	963
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.611	24.684	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.108	15	1402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.95	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.226	3.269	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.356	4.883	4829
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.206	3.622	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.603	5.267	5704
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.855	61.109	30786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	14045

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13009	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13009	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.343-2.404	0.384	7	0.255	203	X-RAY DIFFRACTION	4.9775
2.404-2.47	0.349	28	0.303	338	X-RAY DIFFRACTION	8.8278
2.47-2.541	0.337	29	0.308	535	X-RAY DIFFRACTION	14.1071
2.541-2.62	0.385	50	0.311	888	X-RAY DIFFRACTION	23.9653
2.62-2.705	0.359	63	0.282	1328	X-RAY DIFFRACTION	36.586
2.705-2.8	0.314	98	0.282	2002	X-RAY DIFFRACTION	56.8182
2.8-2.906	0.355	125	0.286	2903	X-RAY DIFFRACTION	86.7125
2.906-3.024	0.315	148	0.26	3168	X-RAY DIFFRACTION	96.9591
3.024-3.159	0.274	145	0.242	3040	X-RAY DIFFRACTION	97.1333
3.159-3.312	0.298	173	0.227	2859	X-RAY DIFFRACTION	97.5233
3.312-3.491	0.278	138	0.215	2758	X-RAY DIFFRACTION	97.7388
3.491-3.703	0.245	118	0.215	2636	X-RAY DIFFRACTION	97.8678
3.703-3.958	0.256	102	0.198	2471	X-RAY DIFFRACTION	98.0564
3.958-4.274	0.222	114	0.167	2305	X-RAY DIFFRACTION	98.2934
4.274-4.681	0.162	110	0.134	2137	X-RAY DIFFRACTION	98.5526
4.681-5.231	0.17	96	0.12	1906	X-RAY DIFFRACTION	98.7179
5.231-6.036	0.199	86	0.153	1704	X-RAY DIFFRACTION	99.1141
6.036-7.382	0.216	60	0.162	1445	X-RAY DIFFRACTION	99.0132
7.382-10.398	0.15	66	0.138	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.4979
10.398-69.139	0.195	31	0.175	617	X-RAY DIFFRACTION	99.2343

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6996	0.5629	-0.0864	0.8464	0.3722	0.5129	-0.1239	-0.2682	-0.2927	-0.2556	-0.1205	-0.0826	-0.1421	0.1164	0.2443	0.2815	0.0865	0.1152	0.3031	0.0959	0.3951	-18.522	-20.755	-45.247
2	0.0138	0.0352	0.0741	1.3393	1.5805	2.5579	-0.006	-0.0255	-0.0449	-0.0397	-0.0628	0.0233	-0.1418	-0.0298	0.0688	0.1771	-0.0633	0.0023	0.5627	0.0515	0.2071	-21.7014	-0.7722	-25.3065
3	0.6181	0.1164	-0.2694	1.085	1.0555	1.3926	0.0753	0.1989	0.0412	0.1233	0.0654	-0.16	0.0886	-0.2856	-0.1406	0.2281	-0.0155	0.04	0.5119	0.026	0.2186	-19.0863	12.8851	9.2544
4	0.0154	0.1242	-0.018	1.4834	0.1974	1.634	0.0293	0.0485	-0.0428	0.3984	0.118	-0.4267	-0.5267	-0.718	-0.1473	0.4389	0.2004	-0.0189	0.5601	0.005	0.1702	-25.0121	31.4398	41.0992
5	0.1869	-0.0028	-0.246	0.6871	0.3029	0.4598	0.032	0.0305	0.0244	0.079	0.0026	-0.0571	0.0262	-0.0225	-0.0346	0.3428	0.0148	0.0064	0.2865	-0.029	0.3354	2.055	12.153	-1.187
6	0.1509	0.0858	0.0091	1.0922	1.4597	2.0855	0.0247	0.0143	0.0557	0.0435	-0.0309	-0.0466	0.1223	-0.0776	0.0061	0.3708	-0.0177	0.0403	0.2876	-0.0327	0.2929	9.6419	-11.0382	-19.5048
7	0.317	0.1177	-0.0724	0.7825	0.872	1.1377	0.0657	-0.032	0.0435	0.0095	-0.0194	-0.0137	0.0476	-0.0436	-0.0463	0.3725	0.0367	0.0291	0.2779	-0.0422	0.3079	9.7786	-24.956	-54.0289
8	0.0174	0.1136	-0.0408	1.8775	-0.4571	1.267	-0.0144	-0.0284	0.0457	-0.2341	0.0811	-0.0549	0.2176	-0.085	-0.0668	0.3987	-0.0089	0.0171	0.2836	-0.0432	0.3057	1.9871	-44.686	-85.7095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	40 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	358 - 499
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	500 - 604
4	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	B	605 - 710
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	B	711 - 821
6	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	D	40 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	358 - 499
8	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	500 - 604
9	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	605 - 710
10	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	A	711 - 823

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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