PDB-7w7i: Crystal Structure of shaft pilin PitB from pilus islet-2 of Strep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w7i

タイトル

Crystal Structure of shaft pilin PitB from pilus islet-2 of Streptococcus oralis

要素

FctA domain-containing protein

キーワード

CELL ADHESION / Shaft pilin / adhesin / PitB / PI-2 pilus / Streptococcus oralis / isopeptide / omega loop / dental plaque / biofilm

機能・相同性

Streptococcal pilin isopeptide linker / Spy0128-like isopeptide containing domain / Streptococcal pilin isopeptide linker superfamily / membrane => GO:0016020 / FctA domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.59 Å

データ登録者

Yadav, R.K. / Krishnan, V.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: New structural insights into the PI-2 pilus from Streptococcus oralis, an early dental plaque colonizer.
著者: Yadav, R.K. / Krishnan, V.

履歴

登録	2021年12月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w7i.cif.gz	841.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w7i.ent.gz	698.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w7i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7w7i_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w7i_full_validation.pdf.gz	529.7 KB	表示
XML形式データ	7w7i_validation.xml.gz	78.5 KB	表示
CIF形式データ	7w7i_validation.cif.gz	106.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f7ySC 7vcnC 7vcrC 7w6bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FctA domain-containing protein

B: FctA domain-containing protein

C: FctA domain-containing protein

D: FctA domain-containing protein

E: FctA domain-containing protein

F: FctA domain-containing protein

G: FctA domain-containing protein

269 kDa, 7 ポリマー
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1

A: FctA domain-containing protein

登録者が定義した集合体
38.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FctA domain-containing protein

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3

C: FctA domain-containing protein

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4

D: FctA domain-containing protein

登録者が定義した集合体
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5

E: FctA domain-containing protein

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6

F: FctA domain-containing protein

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7

G: FctA domain-containing protein

登録者が定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.629, 34.530, 207.516
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	THR	THR	A	A	33 - 374	12 - 353
2	1	ASN	ASN	THR	THR	B	B	33 - 374	12 - 353
1	2	ASP	ASP	THR	THR	A	A	34 - 374	13 - 353
2	2	ASP	ASP	THR	THR	C	C	34 - 374	13 - 353
1	3	ALA	ALA	THR	THR	A	A	36 - 374	15 - 353
2	3	ALA	ALA	THR	THR	D	D	36 - 374	15 - 353
1	4	THR	THR	THR	THR	A	A	37 - 374	16 - 353
2	4	THR	THR	THR	THR	E	E	37 - 374	16 - 353
1	5	ASP	ASP	THR	THR	A	A	34 - 374	13 - 353
2	5	ASP	ASP	THR	THR	F	F	34 - 374	13 - 353
1	6	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	36 - 373	15 - 352
2	6	ALA	ALA	VAL	VAL	G	G	36 - 373	15 - 352
1	7	ASP	ASP	PRO	PRO	B	B	34 - 375	13 - 354
2	7	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	34 - 375	13 - 354
1	8	ALA	ALA	PRO	PRO	B	B	36 - 375	15 - 354
2	8	ALA	ALA	PRO	PRO	D	D	36 - 375	15 - 354
1	9	THR	THR	PRO	PRO	B	B	37 - 375	16 - 354
2	9	THR	THR	PRO	PRO	E	E	37 - 375	16 - 354
1	10	ASP	ASP	THR	THR	B	B	34 - 374	13 - 353
2	10	ASP	ASP	THR	THR	F	F	34 - 374	13 - 353
1	11	ALA	ALA	VAL	VAL	B	B	36 - 373	15 - 352
2	11	ALA	ALA	VAL	VAL	G	G	36 - 373	15 - 352
1	12	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	36 - 375	15 - 354
2	12	ALA	ALA	PRO	PRO	D	D	36 - 375	15 - 354
1	13	THR	THR	PRO	PRO	C	C	37 - 375	16 - 354
2	13	THR	THR	PRO	PRO	E	E	37 - 375	16 - 354
1	14	ASP	ASP	THR	THR	C	C	34 - 374	13 - 353
2	14	ASP	ASP	THR	THR	F	F	34 - 374	13 - 353
1	15	ALA	ALA	VAL	VAL	C	C	36 - 373	15 - 352
2	15	ALA	ALA	VAL	VAL	G	G	36 - 373	15 - 352
1	16	THR	THR	PRO	PRO	D	D	37 - 375	16 - 354
2	16	THR	THR	PRO	PRO	E	E	37 - 375	16 - 354
1	17	ALA	ALA	THR	THR	D	D	36 - 374	15 - 353
2	17	ALA	ALA	THR	THR	F	F	36 - 374	15 - 353
1	18	ALA	ALA	THR	THR	D	D	36 - 374	15 - 353
2	18	ALA	ALA	THR	THR	G	G	36 - 374	15 - 353
1	19	THR	THR	THR	THR	E	E	37 - 374	16 - 353
2	19	THR	THR	THR	THR	F	F	37 - 374	16 - 353
1	20	THR	THR	THR	THR	E	E	37 - 374	16 - 353
2	20	THR	THR	THR	THR	G	G	37 - 374	16 - 353
1	21	ALA	ALA	THR	THR	F	F	36 - 374	15 - 353
2	21	ALA	ALA	THR	THR	G	G	36 - 374	15 - 353

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	FctA domain-containing protein / PitB shaft pilin 分子量: 38419.281 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus oralis ATCC 35037 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF8579_1186 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D4FSQ5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 8.0, 200 mM zinc acetate dihydrate, and 20% PEG smear medium

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.591→49.603 Å / Num. obs: 19653 / % possible obs: 84.3 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.956 / R_pim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 4 / % possible ellipsoidal: 84.3 / % possible spherical: 56.2
反射シェル	解像度: 3.591→3.758 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 837 / CC_1/2: 0.696 / R_pim(I) all: 0.502 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7F7Y

7f7y

解像度: 3.59→49.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.759 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.697 / SU B: 190.364 / SU ML: 1.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.495 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The completeness within the ellipsoidal limits is 84.3%.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.358	939	4.8 %	RANDOM
R_work	0.32	-	-	-
obs	0.322	18713	56.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.54 Å²	0 Å²	-4.22 Å²
2-	-	0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.59→49.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16643	0	0	16	16659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	16940
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.655	22947
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.399	5	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.219	25.458	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.797	15	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.495	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	12637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.445	3.061	9486
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.653	4.581	11833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.017	3.049	7454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.836	56.13	66777
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8559	0.16
1	2	B	8559	0.16
2	1	A	8407	0.18
2	2	C	8407	0.18
3	1	A	8520	0.16
3	2	D	8520	0.16
4	1	A	8271	0.17
4	2	E	8271	0.17
5	1	A	8515	0.17
5	2	F	8515	0.17
6	1	A	8154	0.18
6	2	G	8154	0.18
7	1	B	8578	0.16
7	2	C	8578	0.16
8	1	B	8669	0.17
8	2	D	8669	0.17
9	1	B	8421	0.17
9	2	E	8421	0.17
10	1	B	8514	0.18
10	2	F	8514	0.18
11	1	B	8169	0.18
11	2	G	8169	0.18
12	1	C	8503	0.18
12	2	D	8503	0.18
13	1	C	8300	0.18
13	2	E	8300	0.18
14	1	C	8471	0.18
14	2	F	8471	0.18
15	1	C	8171	0.18
15	2	G	8171	0.18
16	1	D	8383	0.17
16	2	E	8383	0.17
17	1	D	8583	0.17
17	2	F	8583	0.17
18	1	D	8288	0.17
18	2	G	8288	0.17
19	1	E	8348	0.17
19	2	F	8348	0.17
20	1	E	8022	0.19
20	2	G	8022	0.19
21	1	F	8322	0.18
21	2	G	8322	0.18

LS精密化シェル

解像度: 3.59→3.68 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.435	22	-
R_work	0.424	427	-
obs	-	-	17.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0586	-0.0558	2.1047	0.027	-0.0843	1.0353	-0.1472	0.1896	-0.0577	0.0284	-0.0166	0.0209	0.0015	0.0602	0.1639	0.3988	0.0803	0.0683	0.2525	-0.2263	0.4988	-292.5746	-24.5983	-56.7323
2	3.7908	0.4462	1.7309	0.3433	0.026	0.9182	-0.0282	0.455	0.0048	-0.019	0.0776	-0.0172	-0.0271	0.1787	-0.0493	0.4585	0.0227	0.1997	0.4462	-0.0199	0.2412	-209.4863	-25.7657	-21.1309
3	4.3693	0.4736	1.2688	0.3419	0.3222	0.6973	-0.0998	0.0587	-0.2039	0.0485	0.102	-0.0134	-0.1848	0.0945	-0.0022	0.4745	-0.1385	0.1629	0.3738	0.1011	0.3047	43.6951	2.418	66.3464
4	3.0592	0.8528	1.2518	0.298	0.2632	1.0756	0.1987	0.0331	-0.1951	-0.0457	-0.0913	-0.1109	0.128	0.1473	-0.1073	0.4656	0.0568	0.031	0.2072	0.0657	0.5668	-129.4237	-19.6358	19.7312
5	3.6047	0.9531	1.3253	0.3144	0.3659	0.6086	-0.0116	0.0967	-0.181	-0.03	0.1691	-0.0825	-0.092	-0.0291	-0.1575	0.259	-0.1594	0.0984	0.5532	-0.0068	0.4546	211.2365	33.6014	126.565
6	3.5734	0.7007	0.892	0.2496	0.1666	0.2541	-0.2871	0.1924	-0.1428	-0.0012	0.2545	0.0967	-0.1129	0.0943	0.0326	0.246	-0.1124	0.1235	0.6469	0.2593	0.4344	-44.2762	-2.8181	45.7462
7	4.9238	1.2946	1.6157	0.5566	0.3226	1.0768	-0.71	-0.0848	-0.5263	-0.3664	0.3794	-0.2516	-0.263	-0.0682	0.3305	0.2736	-0.3351	0.0743	0.7396	-0.069	0.4973	128.1905	13.0797	97.2855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 375
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	33 - 376
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 376
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	36 - 376
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	37 - 376
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	34 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	36 - 374

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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