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- PDB-7w41: Crystal Structure of Human Gastrin Releasing Peptide Receptor in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w41
タイトルCrystal Structure of Human Gastrin Releasing Peptide Receptor in complex with the antagonist PD176252
要素Gastrin-releasing peptide receptor,GlgA glycogen synthase
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Gastrin Releasing Peptide Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to external biotic stimulus / positive regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of behavioral fear response / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / psychomotor behavior / neuropeptide binding / G protein-coupled peptide receptor activity / glycogen biosynthetic process / motor behavior ...response to external biotic stimulus / positive regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of behavioral fear response / neuropeptide receptor activity / glycogen (starch) synthase activity / psychomotor behavior / neuropeptide binding / G protein-coupled peptide receptor activity / glycogen biosynthetic process / motor behavior / social behavior / Peptide ligand-binding receptors / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / G alpha (q) signalling events / learning or memory / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Gastrin-releasing peptide receptor / Bombesin receptor-like / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Gastrin-releasing peptide receptor / Bombesin receptor-like / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8B8 / Gastrin-releasing peptide receptor / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.952 Å
データ登録者Peng, S. / Zhan, Y. / Zhang, H.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0508100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81722044 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91753115 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778049 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81861148018 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018ZX09711002 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structures of human gastrin-releasing peptide receptors bound to antagonist and agonist for cancer and itch therapy.
著者: Shuman Peng / Yuting Zhan / Dongqi Zhang / Lu Ren / Anqi Chen / Zhou-Feng Chen / Haitao Zhang /
要旨: Gastrin releasing peptide receptor (GRPR), a member of the bombesin (BBN) G protein-coupled receptors, is aberrantly overexpressed in several malignant tumors, including those of the breast, ...Gastrin releasing peptide receptor (GRPR), a member of the bombesin (BBN) G protein-coupled receptors, is aberrantly overexpressed in several malignant tumors, including those of the breast, prostate, pancreas, lung, and central nervous system. Additionally, it also mediates non-histaminergic itch and pathological itch conditions in mice. Thus, GRPR could be an attractive target for cancer and itch therapy. Here, we report the inactive state crystal structure of human GRPR in complex with the non-peptide antagonist PD176252, as well as two active state cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of GRPR bound to the endogenous peptide agonist gastrin-releasing peptide and the synthetic BBN analog [D-Phe, β-Ala, Phe, Nle] Bn (6-14), in complex with G heterotrimers. These structures revealed the molecular mechanisms for the ligand binding, receptor activation, and G proteins signaling of GRPR, which are expected to accelerate the structure-based design of GRPR antagonists and agonists for the treatments of cancer and pruritus.
履歴
登録2021年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gastrin-releasing peptide receptor,GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9592
ポリマ－54,3751
非ポリマー5851
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area24240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)134.104, 60.025, 98.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.573, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Gastrin-releasing peptide receptor,GlgA glycogen synthase / GRP-R / GRP-preferring bombesin receptor / Glycogen synthase


分子量: 54374.758 Da / 分子数: 1 / 変異: S127K,I157A,R259E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
遺伝子: GRPR, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30550, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-8B8 / (2S)-3-(1H-indol-3-yl)-N-[[1-(5-methoxypyridin-2-yl)cyclohexyl]methyl]-2-methyl-2-[(4-nitrophenyl)carbamoylamino]propanamide


分子量: 584.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H36N6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.8
詳細: 100mM MES, pH 6.8, 300mM Ammonium dihydrogen phosphate, 28% PEG 400, 5% polypropylene glycol P 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→27.767 Å / Num. obs: 14852 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 8.14
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / Rmerge(I) obs: 0.599 / Num. unique obs: 1449

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F6G

7f6g


解像度: 2.952→27.767 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 0.1 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.532 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3205 1488 10.019 %
Rwork0.2801 13364 -
all0.284 --
obs-14852 96.888 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 70 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.028 Å20 Å20.013 Å2
2--0.053 Å2-0 Å2
3----0.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.952→27.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 43 0 3857
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.952-3.0290.395700.38622X-RAY DIFFRACTION62.4549
3.029-3.1120.3681120.368998X-RAY DIFFRACTION99.5516
3.112-3.2020.4181050.341954X-RAY DIFFRACTION99.9057
3.202-3.30.3481030.345921X-RAY DIFFRACTION99.8051
3.3-3.4080.385990.32897X-RAY DIFFRACTION99.6997
3.408-3.5280.384990.321886X-RAY DIFFRACTION100
3.528-3.6610.306930.299841X-RAY DIFFRACTION100
3.661-3.810.327890.291795X-RAY DIFFRACTION99.7743
3.81-3.9790.326870.282791X-RAY DIFFRACTION100
3.979-4.1730.343830.264733X-RAY DIFFRACTION99.8776
4.173-4.3980.314780.266711X-RAY DIFFRACTION100
4.398-4.6640.29770.267693X-RAY DIFFRACTION100
4.664-4.9850.263710.259632X-RAY DIFFRACTION100
4.985-5.3830.414650.303583X-RAY DIFFRACTION99.8459
5.383-5.8950.384610.301552X-RAY DIFFRACTION100
5.895-6.5870.319560.319507X-RAY DIFFRACTION100
6.587-7.60.33500.266442X-RAY DIFFRACTION99.7972
7.6-80.224400.179369X-RAY DIFFRACTION99.7561
8-9.2910.236330.192293X-RAY DIFFRACTION98.4894
9.291-100.284170.284144X-RAY DIFFRACTION80.9045

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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