PDB-7w2g: An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus la...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w2g

タイトル

An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis complexed with PRE084 by soaking

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / membrane receptor / S1R / ligand entry

機能・相同性

機能・相同性情報

ergosterol biosynthetic process / nuclear outer membrane / lipid transport / nuclear inner membrane / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.851 Å

データ登録者

Meng, F. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An open-like conformation of the sigma-1 receptor reveals its ligand entry pathway.
著者: Meng, F. / Xiao, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.

履歴

登録	2021年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7w2g.ent.gz	868.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	7w2g_validation.cif.gz	119.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w2bC 7w2cC 7w2dC 7w2eC 7w2fC 7w2hC 5hk1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w2g-2 7w2f-1 7w2f-4 7w2f-2 7w2h-7 7w2g-3 7w2h-3 7w2h-4 7w2h-8 7w2h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

307 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.6 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.042, 161.019, 201.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
2	1	(chain B and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
3	1	(chain C and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
4	1	(chain D and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
5	1	(chain E and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
6	1	(chain F and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
7	1	(chain G and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
8	1	(chain H and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
9	1	(chain I and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
10	1	(chain J and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
11	1	(chain K and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))
12	1	(chain L and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain A and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	A	A	8 - 202	12 - 206
1	2	SER	SER	E84	E84	(chain A and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	A	A - M	204 - 301	208
2	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain B and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	B	B	8 - 202	12 - 206
2	2	SER	SER	E84	E84	(chain B and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	B	B - N	204 - 301	208
3	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain C and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	C	C	8 - 202	12 - 206
3	2	SER	SER	E84	E84	(chain C and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	C	C - P	204 - 301	208
4	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain D and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	D	D	8 - 202	12 - 206
4	2	SER	SER	E84	E84	(chain D and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	D	D - Q	204 - 301	208
5	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain E and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	E	E	8 - 202	12 - 206
5	2	SER	SER	E84	E84	(chain E and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	E	E - R	204 - 301	208
6	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain F and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	F	F	8 - 202	12 - 206
6	2	SER	SER	E84	E84	(chain F and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	F	F - T	204 - 301	208
7	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain G and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	G	G	8 - 202	12 - 206
7	2	SER	SER	E84	E84	(chain G and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	G	G - U	204 - 301	208
8	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain H and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	H	H	8 - 202	12 - 206
8	2	SER	SER	E84	E84	(chain H and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	H	H - W	204 - 301	208
9	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain I and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	I	I	8 - 202	12 - 206
9	2	SER	SER	E84	E84	(chain I and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	I	I - Y	204 - 301	208
10	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain J and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	J	J	8 - 202	12 - 206
10	2	SER	SER	E84	E84	(chain J and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	J	J - AA	204 - 301	208
11	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain K and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	K	K	8 - 202	12 - 206
11	2	SER	SER	E84	E84	(chain K and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	K	K - CA	204 - 301	208
12	1	ARG	ARG	VAL	VAL	(chain L and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	L	L	8 - 202	12 - 206
12	2	SER	SER	E84	E84	(chain L and (resid 8 through 202 or resid 204 through 301))	L	L - EA	204 - 301	208

#1: タンパク質

Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Sigma 1-type opioid receptor / Sigma1-receptor / Sigma1R

分子量: 25121.682 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: sigmar1, oprs1 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6

#2: 化合物

ChemComp-E84 / 2-morpholin-4-ylethyl 1-phenylcyclohexane-1-carboxylate / PRE-084 / PRE-084

分子量: 317.423 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₇NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗うつ薬, アゴニスト*YM

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Na+-HEPES pH 6.5, 28% PEG 300, 0.4mM PRE084 soaking

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9785 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.851→48.423 Å / Num. obs: 102980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 69.84 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 1151095

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.851-2.9	11.6	1.505	59251	5102	0.808	0.457	1.574	1.8	100
7.729-48.423	10	0.031	54280	5422	1	0.01	0.033	43	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HK1

5hk1

解像度: 2.851→47.671 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	5134	5 %
R_work	0.2536	97579	-
obs	0.2551	102713	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 170.22 Å² / B_iso mean: 76.8882 Å² / B_iso min: 34.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.851→47.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20200	0	416	182	20798
B_iso mean	-	-	82.54	63.23	-
残基数	-	-	-	-	2564

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	2	B	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	3	C	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	4	D	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	5	E	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	6	F	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	7	G	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	8	H	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	9	I	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	10	J	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	11	K	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL
1	12	L	12125	X-RAY DIFFRACTION	7.749	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.8512-2.8836	0.4008	172	0.3309	3252	100
2.8836-2.9175	0.3456	155	0.3323	3229	100
2.9175-2.9531	0.3628	170	0.3372	3189	100
2.9531-2.9905	0.384	169	0.3267	3256	100
2.9905-3.0298	0.3497	165	0.3099	3209	100
3.0298-3.0713	0.3532	159	0.2995	3242	100
3.0713-3.1152	0.3327	168	0.2929	3231	100
3.1152-3.1617	0.3346	183	0.2943	3220	100
3.1617-3.2111	0.3244	157	0.2954	3235	100
3.2111-3.2637	0.3351	172	0.2929	3202	100
3.2637-3.32	0.3408	208	0.2913	3210	100
3.32-3.3803	0.3539	174	0.271	3252	100
3.3803-3.4453	0.3026	151	0.2618	3250	100
3.4453-3.5156	0.324	165	0.2627	3231	100
3.5156-3.592	0.2732	178	0.2574	3235	100
3.592-3.6756	0.2563	151	0.2444	3258	100
3.6756-3.7675	0.3091	159	0.2385	3252	100
3.7675-3.8693	0.3047	175	0.2448	3234	100
3.8693-3.9831	0.2745	183	0.2411	3262	100
3.9831-4.1116	0.2422	188	0.2282	3253	100
4.1116-4.2584	0.2622	159	0.2165	3243	100
4.2584-4.4288	0.2392	145	0.213	3276	100
4.4288-4.6302	0.2302	171	0.2088	3267	99
4.6302-4.8741	0.2532	166	0.2097	3275	100
4.8741-5.1791	0.2635	180	0.2157	3297	100
5.1791-5.5785	0.2735	196	0.2496	3238	100
5.5785-6.1388	0.2773	175	0.2711	3332	100
6.1388-7.0247	0.284	172	0.2728	3302	100
7.0247-8.8411	0.2324	187	0.2376	3342	100
8.8411-47.671	0.2777	181	0.283	3305	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8988	-1.056	-1.2747	5.5878	-0.4113	3.9671	0.1736	-1.0083	0.6015	0.9512	0.1464	-0.4835	-0.3311	0.3643	-0.2425	0.6484	0.0738	-0.1072	0.5757	-0.1556	0.7422	-69.5746	44.4267	87.3881
2	2.7034	-0.5864	0.3419	3.508	-0.928	2.8071	0.1123	0.0989	0.5896	0.3173	-0.0226	-0.3563	-0.4892	0.5473	0.0184	0.486	-0.05	-0.1324	0.473	-0.1027	0.7562	-67.0222	39.6212	75.8854
3	1.5833	0.1516	0.8288	4.9094	0.2531	2.5911	-0.3407	-0.3609	0.4232	0.8322	0.0135	-0.7041	-0.0122	0.3874	0.2381	0.453	0.0259	-0.1519	0.5524	-0.0824	0.5945	-67.7905	24.5966	86.3432
4	0.6317	-0.1641	-0.8978	2.01	0.6845	1.4276	-0.562	-1.5794	-0.4102	0.6467	0.3824	-0.4775	0.7066	0.3241	-0.0019	0.5486	0.1763	-0.1612	0.7519	-0.2076	0.6988	-63.8361	28.6866	89.7241
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48	3.5401	-0.0094	-1.3643	1.1262	0.1319	4.498	-0.1643	0.2835	-0.7462	-0.1477	0.1495	0.3502	0.8613	-0.5812	0.0807	0.5493	-0.0513	0.1651	0.5992	0.0785	0.867	-0.4176	-1.6169	75.6844
49	3.5065	-0.9434	-0.9275	3.142	0.8308	2.9404	-0.1655	-0.5351	-0.462	0.5924	0.115	0.5571	0.2226	-0.3158	0.0454	0.5623	0.0027	0.1918	0.6684	0.1342	0.6099	0.2351	13.408	86.0601
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51	0.4872	0.0669	-0.6775	1.4698	-2.1871	3.7279	0.6129	0.1192	0.5506	0.1562	0.7414	0.9266	0.2054	-0.1574	-1.3606	0.4626	-0.1013	0.0085	0.7017	0.0914	0.7415	-6.2622	10.895	68.665
52	3.5145	1.3033	-0.1914	7.873	-1.8448	3.2617	0.052	-0.0172	-1.4648	0.6204	0.2269	0.261	0.3415	-0.8013	-0.233	0.5458	-0.1751	0.0134	0.7216	-0.0909	1.0606	-7.6745	-7.0052	69.7443
53	0.0245	-0.3482	0.0767	4.7966	0.1099	1.5755	-0.3145	0.4984	-0.0401	-0.3803	0.3866	1.8679	-0.0707	-1.0464	0.0153	0.8787	-0.3001	0.0435	1.1585	0.1907	-0.1326	-66.843	34.5907	41.061
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58	4.3351	1.4712	-0.5407	3.4838	0.3459	3.8527	-0.0049	0.1405	0.9725	0.0362	0.4666	0.6622	-0.6635	-0.0224	-0.484	0.4089	0.0738	0.0168	0.5254	-0.0136	0.6568	-82.1563	24.6455	64.0498
59	1.9673	0.6104	0.87	0.884	-0.5039	0.6937	-0.1695	0.2307	-0.3706	-0.2372	0.1638	-0.1455	0.0554	0.1239	0.0071	0.4891	0.0295	-0.0029	0.5345	-0.1396	0.4751	-74.2231	16.8584	57.8694
60	2.5846	-0.7491	2.3021	4.254	-0.5417	5.3629	-0.2309	0.3733	0.1374	0.0036	0.3222	-0.1903	0.6826	0.3601	-0.1955	0.5263	0.0556	0.1223	0.8472	-0.2054	0.4143	-76.0032	8.2227	45.1851
61	0.3235	-0.2683	-0.5219	0.4474	1.2549	3.7426	-0.0593	0.3902	-0.4721	0.1715	-0.1378	-0.3443	1.2842	-0.2724	0.182	0.7907	0.3585	0.0768	0.8837	-0.066	0.9904	-54.3923	-10.235	57.8599
62	4.6877	-0.153	-0.4949	3.6403	-0.2108	4.2401	0.2146	-0.6668	-0.694	0.5097	0.0175	-0.344	0.5363	-0.1354	-0.3096	0.9113	-0.0332	-0.2876	0.6214	0.0267	0.5928	-64.9788	-7.0444	89.9536
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65	1.4415	-0.716	2.3534	1.6573	-2.5695	5.4149	0.4864	0.0497	-0.6895	0.1119	0.2043	-0.1965	0.4328	0.5968	-0.5771	0.7476	-0.0799	-0.074	0.4914	-0.0804	0.521	-77.3976	-0.8375	74.4061
66	0.9088	0.9641	0.4724	1.2105	0.4188	3.0039	0.239	0.0068	0.0048	0.1388	0.1467	-0.1661	0.4136	0.153	-0.2969	0.4482	0.1056	-0.155	0.4982	-0.1004	0.6617	-63.8575	6.6662	76.1193
67	3.2174	-0.0436	-1.065	5.4996	-0.1479	4.4865	-0.3795	-0.9506	-0.2878	0.1993	0.3711	-0.8751	0.604	0.2249	0.0705	0.4222	0.0655	-0.1477	0.7348	-0.0669	0.659	-48.3534	0.9622	82.4974
68	5.1662	-4.9416	1.7227	4.9568	-1.5867	2.4302	-0.8091	-1.2951	0.0448	0.024	0.5131	-0.4107	-0.8249	-0.8235	0.1382	0.4018	-0.1611	-0.129	1.0219	-0.0636	1.1059	-37.7743	30.0128	80.8081

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 29 through 65 )	L	29 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 66 through 106 )	L	66 - 106
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 107 through 144 )	L	107 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 145 through 156 )	L	145 - 156
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 157 through 219 )	L	157 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 6 through 28 )	A	6 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 29 through 85 )	A	29 - 85
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 86 through 174 )	A	86 - 174
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 175 through 219 )	A	175 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 7 through 28 )	B	7 - 28
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 29 through 85 )	B	29 - 85
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 86 through 192 )	B	86 - 192
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 193 through 219 )	B	193 - 219
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 4 through 28 )	C	4 - 28
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 29 through 65 )	C	29 - 65
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 66 through 106 )	C	66 - 106
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 107 through 134 )	C	107 - 134
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 135 through 174 )	C	135 - 174
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 175 through 219 )	C	175 - 219
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 6 through 28 )	D	6 - 28
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 29 through 50 )	D	29 - 50
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 51 through 65 )	D	51 - 65
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 66 through 106 )	D	66 - 106
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 107 through 174 )	D	107 - 174
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 175 through 219 )	D	175 - 219
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 7 through 28 )	E	7 - 28
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 29 through 106 )	E	29 - 106
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 107 through 192 )	E	107 - 192
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 193 through 219 )	E	193 - 219
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 4 through 28 )	F	4 - 28
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 29 through 106 )	F	29 - 106
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 107 through 144 )	F	107 - 144
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 145 through 174 )	F	145 - 174
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 175 through 219 )	F	175 - 219
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 7 through 28 )	G	7 - 28
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 29 through 85 )	G	29 - 85
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 86 through 192 )	G	86 - 192
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 193 through 219 )	G	193 - 219
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 8 through 28 )	H	8 - 28
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 29 through 106 )	H	29 - 106
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 107 through 134 )	H	107 - 134
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 135 through 147 )	H	135 - 147
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 148 through 174 )	H	148 - 174
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 175 through 192 )	H	175 - 192
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 193 through 219 )	H	193 - 219
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'I' and (resid 6 through 28 )	I	6 - 28
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 29 through 65 )	I	29 - 65
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 66 through 106 )	I	66 - 106
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 107 through 144 )	I	107 - 144
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 145 through 174 )	I	145 - 174
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 175 through 192 )	I	175 - 192
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 193 through 219 )	I	193 - 219
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 7 through 28 )	J	7 - 28
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 29 through 65 )	J	29 - 65
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 66 through 106 )	J	66 - 106
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 107 through 118 )	J	107 - 118
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 119 through 147 )	J	119 - 147
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'J' and (resid 148 through 164 )	J	148 - 164
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 165 through 192 )	J	165 - 192
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resid 193 through 219 )	J	193 - 219
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'K' and (resid 8 through 28 )	K	8 - 28
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'K' and (resid 29 through 65 )	K	29 - 65
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'K' and (resid 66 through 106 )	K	66 - 106
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'K' and (resid 107 through 134 )	K	107 - 134
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'K' and (resid 135 through 156 )	K	135 - 156
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'K' and (resid 157 through 192 )	K	157 - 192
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'K' and (resid 193 through 219 )	K	193 - 219
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'L' and (resid 6 through 28 )	L	6 - 28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)