PDB-7w2e: An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w2e

タイトル

An open-like conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / membrane receptor / S1R / ligand entry

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear outer membrane / nuclear inner membrane / lipid transport / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.557 Å

データ登録者

Meng, F. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An open-like conformation of the sigma-1 receptor reveals its ligand entry pathway.
著者: Meng, F. / Xiao, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.

履歴

登録	2021年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w2e.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w2e.ent.gz	885.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w2bC 7w2cC 7w2dC 7w2fC 7w2gC 7w2hC 5hk1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7w2e-2 7w2e-3 7w2e-4 3ziy-1 7w2b-2 5jyf-d 5obo-1 6fja-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

301 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

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4

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

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L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.125, 161.466, 200.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 2 through 219)
2	1	(chain B and resid 2 through 219)
3	1	(chain C and resid 2 through 219)
4	1	(chain D and resid 2 through 219)
5	1	(chain E and resid 2 through 219)
6	1	(chain F and resid 2 through 219)
7	1	(chain G and resid 2 through 219)
8	1	(chain H and resid 2 through 219)
9	1	(chain I and resid 2 through 219)
10	1	(chain J and resid 2 through 219)
11	1	chain K
12	1	(chain L and resid 2 through 219)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 2 - 219 / Label seq-ID: 6 - 223

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 2 through 219)	A	A
2	(chain B and resid 2 through 219)	B	B
3	(chain C and resid 2 through 219)	C	C
4	(chain D and resid 2 through 219)	D	D
5	(chain E and resid 2 through 219)	E	E
6	(chain F and resid 2 through 219)	F	F
7	(chain G and resid 2 through 219)	G	G
8	(chain H and resid 2 through 219)	H	H
9	(chain I and resid 2 through 219)	I	I
10	(chain J and resid 2 through 219)	J	J
11	chain K	K	K
12	(chain L and resid 2 through 219)	L	L

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Sigma 1-type opioid receptor / Sigma1-receptor / Sigma1R 分子量: 25121.682 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: sigmar1, oprs1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Na+-HEPES pH 6.5, 28% PEG 300

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.557→20.01 Å / Num. obs: 51558 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 95.19 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 235149

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.557-3.618	4.6	0.754	11776	2562	0.822	0.367	0.843	1.8	98.2
9.334-20.01	4.3	0.033	11342	2655	0.999	0.017	0.038	24.1	94.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	BUILT 20200417	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HK1

5hk1

解像度: 3.557→20.01 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2974	2504	4.87 %
R_work	0.264	48914	-
obs	0.2656	51418	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 202.1 Å² / B_iso mean: 101.3199 Å² / B_iso min: 50.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.557→20.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20959	0	0	15	20974
B_iso mean	-	-	-	76.8	-
残基数	-	-	-	-	2663

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	2	B	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	3	C	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	4	D	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	5	E	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	6	F	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	7	G	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	8	H	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	9	I	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	10	J	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	11	K	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL
1	12	L	12298	X-RAY DIFFRACTION	4.847	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.557-3.6249	0.3203	131	0.323	2689	98
3.6249-3.6985	0.3313	151	0.2964	2706	98
3.6985-3.7784	0.2893	121	0.2917	2723	98
3.7784-3.8657	0.2582	142	0.2881	2689	98
3.8657-3.9616	0.3215	136	0.2802	2726	98
3.9616-4.0679	0.3212	127	0.2855	2701	98
4.0679-4.1865	0.296	121	0.2674	2722	98
4.1865-4.3203	0.2876	149	0.2584	2726	98
4.3203-4.4731	0.2662	128	0.2524	2735	98
4.4731-4.65	0.2651	163	0.2427	2678	97
4.65-4.8588	0.2923	139	0.2422	2742	98
4.8588-5.1109	0.2814	151	0.2522	2681	97
5.1109-5.4251	0.2986	143	0.2727	2730	97
5.4251-5.8344	0.3426	148	0.3017	2721	97
5.8344-6.404	0.3889	140	0.2971	2731	97
6.404-7.2911	0.3355	135	0.2621	2748	97
7.2911-9.0427	0.2915	146	0.2195	2735	96
9.0427-20.01	0.2588	133	0.2469	2731	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4834	4.1594	-1.456	2.0614	1.527	2.6093	0.4048	0.1832	-0.3212	1.7867	0.4247	-1.3069	0.1197	-0.16	-0.8068	0.9012	-0.1031	-0.207	1.0321	0.1161	0.7114	-13.4324	-4.6077	50.8568
2	2.7416	1.2715	-0.0354	4.1265	-0.8311	0.8716	0.5122	-0.4973	0.2691	0.0613	-0.1082	-0.0949	0.4427	0.296	-0.2966	0.7731	-0.0205	-0.1102	0.903	0.06	0.7611	-36.0237	-39.2067	41.4459
3	3.0606	-0.0455	-0.6293	3.9874	-1.3821	2.2483	0.1485	-0.0974	0.3172	-0.1259	0.204	-0.0379	0.3898	-0.2607	-0.4021	0.6477	-0.0468	-0.0342	0.8232	-0.0223	0.6165	-32.2997	-28.7995	33.0127
4	1.6476	0.8551	0.9357	2.7162	3.6131	4.6908	0.0261	-0.5045	-0.0109	0.7359	-0.2383	0.659	-0.0732	0.1986	0.2068	0.6476	-0.0056	0.1588	0.694	-0.0611	0.5352	-39.9122	-18.5863	42.1068
5	3.3228	1.9475	-0.921	2.3666	-0.1316	3.2814	-0.8208	0.5832	0.6964	0.2759	0.6414	-0.2601	-0.2713	0.1853	-0.0238	0.9628	0.6998	-0.0148	0.8782	-0.1878	1.0906	-60.385	0.3649	41.8212
6	6.4611	0.0341	0.637	0.4577	0.2682	5.6	0.4672	-0.4332	0.5494	-0.388	-0.1843	-0.1851	-0.2693	-0.1491	-0.2073	0.8638	0.0093	-0.1119	0.529	0.058	0.4941	-54.1737	-10.2741	5.2277
7	1.4936	1.3098	0.0018	1.8321	-1.7639	2.1701	0.0696	-0.394	-0.3072	0.072	0.082	0.3048	0.0926	-0.4739	-0.1012	0.7115	0.0328	-0.024	0.8491	0.1208	0.6775	-48.6396	-21.0568	18.3229
8	3.1613	0.0628	1.6967	1.3282	1.0795	0.8116	0.1749	0.1259	0.3138	-0.3541	-0.1278	0.2706	-0.0768	-0.2071	-0.0635	0.8786	-0.0294	-0.0554	0.8501	0.1538	0.5729	-49.1988	-8.6922	13.8448
9	1.9335	0.1738	-0.3125	3.5648	-0.6974	-0.7177	0.3321	-0.172	0.4997	-1.2702	-0.1532	-0.381	0.0995	0.2976	-0.1239	1.3444	-0.2034	0.0692	0.8472	0.1357	0.9442	-19.7813	5.4553	7.924
10	3.5136	-1.0028	-0.9954	2.9679	-0.8331	5.1901	0.0376	-0.4823	0.4943	-0.2735	-0.188	-0.5417	0.0331	0.4808	0.1134	0.7986	-0.1852	0.1891	0.8123	0.2121	0.7561	-13.7192	-15.2073	12.5371
11	1.016	0.6083	0.3385	3.8154	-1.5119	0.6361	0.0448	0.2201	0.1466	-1.2452	0.3265	-1.3161	-0.1639	-0.0021	-0.2112	1.1926	0.0834	0.2289	0.8242	-0.0411	0.6971	-25.6978	-15.6942	4.812
12	0.6226	0.1503	0.4942	3.4889	0.7821	0.6831	0.0206	-0.3961	0.2299	-0.2174	0.059	-0.5617	-0.5203	0.2204	0.0393	0.8242	-0.1679	0.1037	0.7175	0.0654	0.9514	-13.8428	-6.7279	21.6997
13	3.1766	3.0239	1.2467	6.3745	2.7316	3.1575	0.19	-0.6963	-0.3436	-0.9664	-0.3052	-0.1222	-0.1866	-0.6916	0.4009	0.9389	0.1542	0.0021	1.2281	0.0003	0.8623	-53.7508	42.7477	51.1277
14	3.9111	-0.4733	-1.2171	4.0782	3.8618	2.7199	-0.0163	-0.2271	0.2745	-0.0214	0.4241	-0.7266	0.1688	0.1215	-0.3929	0.8364	-0.0579	0.0132	0.8171	-0.098	0.8769	-29.0202	73.8404	40.7258
15	1.5598	-1.3081	1.3241	5.6932	0.9501	2.1874	-0.087	-0.54	0.2042	0.456	0.1225	-0.2349	-0.0975	-0.5243	0.0205	0.7264	-0.0332	-0.0448	0.8142	-0.058	0.8075	-34.3755	63.874	34.5443
16	3.1735	0.1384	-1.2217	3.392	-1.3362	8.1497	-1.2283	0.4222	-1.1098	0.866	-0.8442	-1.2146	-1.1029	0.0681	1.7279	0.6655	0.3368	-0.1305	1.2188	0.1056	1.2076	-6.5339	38.6547	40.1279
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 140 )	B	107 - 140
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 141 through 219 )	B	141 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid -3 through 50 )	C	-3 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 51 through 127 )	C	51 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 128 through 174 )	C	128 - 174
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 175 through 219 )	C	175 - 219
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid -3 through 28 )	D	-3 - 28
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 29 through 85 )	D	29 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 86 through 219 )	D	86 - 219
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid -1 through 29 )	E	-1 - 29
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 30 through 50 )	E	30 - 50
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 51 through 106 )	E	51 - 106
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 107 through 140 )	E	107 - 140
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 141 through 174 )	E	141 - 174
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 175 through 192 )	E	175 - 192
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 193 through 219 )	E	193 - 219
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid -3 through 28 )	F	-3 - 28
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 29 through 50 )	F	29 - 50
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 51 through 106 )	F	51 - 106
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 107 through 140 )	F	107 - 140
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 141 through 174 )	F	141 - 174
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 175 through 219 )	F	175 - 219
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'G' and (resid -2 through 29 )	G	-2 - 29
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 30 through 106 )	G	30 - 106
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 107 through 174 )	G	107 - 174
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 175 through 219 )	G	175 - 219
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'H' and (resid 1 through 29 )	H	1 - 29
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 30 through 106 )	H	30 - 106
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 107 through 140 )	H	107 - 140
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 141 through 174 )	H	141 - 174
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 175 through 219 )	H	175 - 219
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid -3 through 29 )	I	-3 - 29
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 30 through 50 )	I	30 - 50
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 51 through 85 )	I	51 - 85
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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