PDB-7w2d: The closed conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laev...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w2d

タイトル

The closed conformation of the sigma-1 receptor from Xenopus laevis complexed with S1RA

要素

Sigma non-opioid intracellular receptor 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / sigma receptor / membrane receptor / S1R / ligand entry

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear inner membrane / lipid transport / nuclear outer membrane / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.471 Å

データ登録者

Meng, F. / Sun, Z. / Zhou, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: An open-like conformation of the sigma-1 receptor reveals its ligand entry pathway.
著者: Meng, F. / Xiao, Y. / Ji, Y. / Sun, Z. / Zhou, X.

履歴

登録	2021年11月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7w2d.cif.gz	1022.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7w2d.ent.gz	867.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w2d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7w2d_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w2d_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7w2d_validation.xml.gz	88.9 KB	表示
CIF形式データ	7w2d_validation.cif.gz	111.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/7w2d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7w2bC 7w2cC 7w2eC 7w2fC 7w2gC 7w2hC 5hk1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

310 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

C: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

E: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 3 ポリマー

2

B: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

D: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

F: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 3 ポリマー

3

G: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

H: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

I: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

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77.6 kDa, 3 ポリマー
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4

J: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

K: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

L: Sigma non-opioid intracellular receptor 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.299, 147.888, 171.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.670, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
2	1	(chain B and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
3	1	(chain C and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
4	1	(chain D and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
5	1	(chain E and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
6	1	(chain F and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
7	1	(chain G and resid 5 through 501)
8	1	(chain H and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
9	1	(chain I and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
10	1	(chain J and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
11	1	(chain K and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))
12	1	(chain L and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	A	5 - 19
1	2	1	(chain A and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	A	31 - 501
2	1	1	(chain B and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	B	5 - 19
2	2	1	(chain B and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	B	31 - 501
3	1	1	(chain C and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	C	5 - 19
3	2	1	(chain C and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	C	31 - 501
4	1	1	(chain D and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	D	5 - 19
4	2	1	(chain D and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	D	31 - 501
5	1	1	(chain E and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	E	5 - 19
5	2	1	(chain E and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	E	31 - 501
6	1	1	(chain F and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	F	5 - 19
6	2	1	(chain F and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	F	31 - 501
7	1	1	(chain G and resid 5 through 501)	G	5 - 501
8	1	1	(chain H and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	H	5 - 19
8	2	1	(chain H and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	H	31 - 501
9	1	1	(chain I and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	I	5 - 19
9	2	1	(chain I and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	I	31 - 501
10	1	1	(chain J and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	J	5 - 19
10	2	1	(chain J and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	J	31 - 501
11	1	1	(chain K and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	K	5 - 19
11	2	1	(chain K and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	K	31 - 501
12	1	1	(chain L and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	L	5 - 19
12	2	1	(chain L and (resid 5 through 19 or resid 31 through 501))	L	31 - 501

#1: タンパク質	Sigma non-opioid intracellular receptor 1 / Sigma 1-type opioid receptor / Sigma1-receptor / Sigma1R 分子量: 25121.682 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: sigmar1, oprs1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q6DCU6
#2: 化合物	... ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物	ChemComp-88E / 4-[2-(5-methyl-1-naphthalen-2-yl-pyrazol-3-yl)oxyethyl]morpholine / S1RA 分子量: 337.416 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₃N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1M NaCl, 0.1M Na+-citrate pH 5.2, 26% PEG 400, 10mM KAu(CN)2, 0.4mM S1RA soaking

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.471→48.269 Å / Num. obs: 53754 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 100.23 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 184286

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
3.471-3.53	3.3	0.786	9085	2755	0.652	0.513	0.942	1.7	99.9
9.399-48.269	3.1	0.072	8546	2783	0.986	0.049	0.087	16.1	97

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	BUILT 20210323	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HK1

5hk1

解像度: 3.471→48.269 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2665	2702	5.04 %
R_work	0.2394	50957	-
obs	0.2407	53659	96.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.42 Å² / B_iso mean: 104.5118 Å² / B_iso min: 55.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.471→48.269 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20269	0	324	0	20593
B_iso mean	-	-	92.28	-	-
残基数	-	-	-	-	2565

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	2	B	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	3	C	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	4	D	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	5	E	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	6	F	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	7	G	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	8	H	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	9	I	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	10	J	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	11	K	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL
1	12	L	11558	X-RAY DIFFRACTION	7.044	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.471-3.5337	0.3388	145	0.3064	2760	100
3.5337-3.6017	0.2863	142	0.3011	2778	100
3.6017-3.6751	0.3042	130	0.2831	2191	81
3.6751-3.755	0.316	150	0.2769	2783	100
3.755-3.8423	0.3435	127	0.2692	2762	100
3.8423-3.9384	0.3084	70	0.2698	1669	59
3.9384-4.0448	0.2835	159	0.2539	2734	100
4.0448-4.1638	0.2352	145	0.2329	2761	100
4.1638-4.2981	0.2443	155	0.2253	2796	100
4.2981-4.4516	0.2455	145	0.2079	2748	100
4.4516-4.6297	0.222	113	0.2117	2823	100
4.6297-4.8402	0.2672	148	0.2086	2743	100
4.8402-5.0952	0.2515	128	0.2266	2827	100
5.0952-5.414	0.2559	174	0.2449	2761	100
5.414-5.8314	0.3077	177	0.2763	2727	100
5.8314-6.417	0.2732	176	0.2454	2758	100
6.417-7.3427	0.2581	134	0.2363	2807	100
7.3427-9.2404	0.2314	138	0.1951	2809	99
9.2404-48.269	0.2628	146	0.2502	2720	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.186	-1.2935	0.7144	2.215	-0.1603	0.679	-0.0328	-0.7368	-0.1027	0.5715	0.0025	-1.0354	0.2101	-0.0204	0.1531	0.5066	-0.2796	0.2607	0.6914	0.0286	0.6183	-28.9449	-48.28	15.3697
2	6.19	-0.3079	1.5777	3.9986	0.8955	4.9846	0.1357	-2.1437	-0.4754	0.8628	0.0346	0.2585	-0.1601	-0.2654	-0.1562	0.7518	0.0412	0.0511	1.0658	0.0668	0.9009	-11.7416	-48.2175	45.6098
3	4.095	1.717	-0.0069	7.2097	-0.1386	4.0243	0.6609	-0.9103	0.1683	0.5284	-0.917	-0.5777	-0.5034	1.4845	-0.0106	0.8864	-0.129	-0.0108	0.8875	0.2146	0.8544	-1.7866	-52.5656	46.4837
4	2.2495	1.0613	0.3281	3.5572	-0.755	2.1484	0.4649	-0.0563	-0.2244	0.6388	-0.8352	0.0708	0.2193	0.4529	0.2937	0.4947	0.0915	0.0439	0.6184	-0.03	0.8462	-3.7787	-49.98	33.8267
5	3.2516	-0.3197	0.9158	1.4174	-0.3101	2.5068	0.6367	-0.103	-2.169	-0.0423	0.1587	0.2603	0.2207	-0.1592	-0.8426	0.7887	0.0154	-0.0344	0.6493	0.0959	1.3311	-8.5453	-35.9329	29.6825
6	1.3966	-0.3658	0.3277	1.527	-1.1257	1.9776	0.4224	-0.2039	0.1581	0.7035	-0.7006	0.2329	-0.2995	-0.0653	0.1038	0.5018	0.0308	0.1523	0.8046	-0.1258	1.0152	-10.3862	-31.5103	39.1714
7	2.1615	0.5099	-0.6313	0.169	-0.4609	3.0955	-0.4649	-0.4406	0.2074	0.3064	-0.0593	-0.0075	0.0019	-0.1951	0.5045	0.6028	0.0652	-0.0304	0.7356	-0.1218	0.7006	-8.1432	-39.8725	31.2867
8	4.1152	0.4505	1.0924	4.3033	0.5092	3.6209	0.0688	-0.2901	-1.2161	0.1138	-0.3088	-0.725	1.0668	0.2119	0.1918	0.6772	0.0927	-0.0042	0.5476	-0.0856	0.8089	-5.4618	-57.9334	27.5468
9	1.631	1.3716	0.1677	1.2894	-0.3104	1.0319	0.2	1.534	-1.9798	0.2616	0.8175	-1.1231	-0.437	0.6382	-0.7171	1.3308	0.1086	-0.1077	1.1167	-0.2822	1.8406	10.1944	-54.1989	0.77
10	5.2607	2.0772	0.9841	3.8816	-0.1025	3.2984	-0.0266	0.1824	-0.1259	-0.1626	-0.1241	-0.4231	0.1118	0.2776	0.1557	0.7344	0.0614	-0.0338	0.7135	0.0736	0.9701	22.505	-28.3133	16.5271
11	2.0404	0.3897	-0.6733	2.4667	-1.0046	1.2311	-0.2876	-0.5324	-0.1031	0.3104	0.1459	-0.2101	0.2071	0.3067	0.0896	0.7068	0.1563	-0.001	0.727	-0.0281	0.9465	16.9895	-36.2591	29.5005
12	0.841	0.7051	0.3183	2.7038	1.3476	2.5146	-0.5206	-0.0863	0.0388	-0.2806	0.2904	0.0176	-0.2728	0.3381	0.2424	0.6996	-0.0185	-0.0369	0.8239	0.0141	0.6711	14.23	-30.5497	11.3409
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 65 )	A	51 - 65
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 66 through 106 )	A	66 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 107 through 118 )	A	107 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 119 through 144 )	A	119 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 145 through 192 )	A	145 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 193 through 217 )	A	193 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 2 through 27 )	C	2 - 27
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 28 through 118 )	C	28 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 119 through 156 )	C	119 - 156
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 157 through 217 )	C	157 - 217
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 3 through 27 )	E	3 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 28 through 85 )	E	28 - 85
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 86 through 217 )	E	86 - 217
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 3 through 29 )	B	3 - 29
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 30 through 50 )	B	30 - 50
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 51 through 65 )	B	51 - 65
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 66 through 106 )	B	66 - 106
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 107 through 144 )	B	107 - 144
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 145 through 173 )	B	145 - 173
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 174 through 217 )	B	174 - 217
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 2 through 27 )	D	2 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 28 through 118 )	D	28 - 118
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 119 through 156 )	D	119 - 156
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 157 through 217 )	D	157 - 217
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 3 through 27 )	F	3 - 27
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 28 through 106 )	F	28 - 106
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 107 through 173 )	F	107 - 173
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 174 through 217 )	F	174 - 217
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 3 through 35 )	G	3 - 35
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 36 through 95 )	G	36 - 95
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 96 through 217 )	G	96 - 217
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'H' and (resid 3 through 27 )	H	3 - 27
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 28 through 118 )	H	28 - 118
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 119 through 217 )	H	119 - 217
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 3 through 29 )	I	3 - 29
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'I' and (resid 30 through 85 )	I	30 - 85
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'I' and (resid 86 through 118 )	I	86 - 118
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid 119 through 217 )	I	119 - 217
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'J' and (resid 5 through 18 )	J	5 - 18
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'J' and (resid 19 through 50 )	J	19 - 50
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'J' and (resid 51 through 65 )	J	51 - 65
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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