+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vum | ||||||
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Title | Crystal structure of SSB complexed with que | ||||||
Components | Single-stranded DNA-binding protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / single-strand DNA binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.319 Å | ||||||
Authors | Lin, E.S. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2022 Title: A Complexed Crystal Structure of a Single-Stranded DNA-Binding Protein with Quercetin and the Structural Basis of Flavonol Inhibition Specificity. Authors: Lin, E.S. / Luo, R.H. / Huang, C.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vum.cif.gz | 174.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7vum.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7vum.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vum_validation.pdf.gz | 749 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7vum_full_validation.pdf.gz | 755.3 KB | Display | |
Data in XML | 7vum_validation.xml.gz | 16.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7vum_validation.cif.gz | 22.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vum | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5yuoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 13774.341 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Gene: ssb, PA4232 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P40947 #2: Chemical | ChemComp-QUE / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25% PEG 4000, 100mM MES Sodium Salt pH 6.5, 200mM Magnesium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.975 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Dec 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.975 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.319→30 Å / Num. obs: 23123 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.319→2.4 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2309 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5YUO Resolution: 2.319→27.801 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 27.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 152.34 Å2 / Biso mean: 65.116 Å2 / Biso min: 23.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.319→27.801 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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