PDB-7vum: Crystal structure of SSB complexed with que

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vum

タイトル

Crystal structure of SSB complexed with que

要素

Single-stranded DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / single-strand DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / enzyme activator activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.319 Å

データ登録者

Lin, E.S. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: A Complexed Crystal Structure of a Single-Stranded DNA-Binding Protein with Quercetin and the Structural Basis of Flavonol Inhibition Specificity.
著者: Lin, E.S. / Luo, R.H. / Huang, C.Y.

履歴

登録	2021年11月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vum.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vum.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vum_validation.pdf.gz	749 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vum_full_validation.pdf.gz	755.3 KB	表示
XML形式データ	7vum_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	7vum_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yuoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bhw-2 5yun-d 5yuo-d 6bhw-1 2dud-2 5deu-d 1ki3-d 6jdg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Single-stranded DNA-binding protein

B: Single-stranded DNA-binding protein

C: Single-stranded DNA-binding protein

D: Single-stranded DNA-binding protein

ヘテロ分子

55.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.277, 60.277, 131.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Single-stranded DNA-binding protein / SSB 分子量: 13774.341 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ssb, PA4232 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P40947
#2: 化合物	ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN 分子量: 302.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 4000, 100mM MES Sodium Salt pH 6.5, 200mM Magnesium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.319→30 Å / Num. obs: 23123 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.1
反射シェル	解像度: 2.319→2.4 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2309 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YUO

5yuo

解像度: 2.319→27.801 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	1156	5.01 %
R_work	0.1957	21934	-
obs	0.1985	23090	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.34 Å² / B_iso mean: 65.116 Å² / B_iso min: 23.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.319→27.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3089	0	22	64	3175
B_iso mean	-	-	133.54	56.83	-
残基数	-	-	-	-	392

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.3191-2.4246	0.3437	140	0.2531	2735
2.4246-2.5524	0.2966	168	0.2379	2709
2.5524-2.7122	0.3063	132	0.2256	2773
2.7122-2.9214	0.2807	147	0.2202	2716
2.9214-3.215	0.3094	106	0.2087	2800
3.215-3.6793	0.2426	150	0.1889	2745
3.6793-4.632	0.2074	171	0.1731	2721
4.632-27.801	0.2349	142	0.1852	2735

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2825	-0.5073	3.5493	5.111	2.031	7.0194	0.2663	0.1226	-0.1573	-0.086	-0.1448	-0.066	-0.1611	-0.7766	-0.0627	0.2603	0.0193	0.0628	0.2985	0.0256	0.2464	4.982	-10.9	-2.398
2	4.7639	1.408	2.8599	4.6271	-2.3938	4.5535	-0.6176	-0.0835	1.2709	-1.1685	0.5009	0.7758	-1.0739	0.5511	0.3006	0.9602	0.0946	-0.1355	0.8008	0.0067	0.4436	-2.826	0.891	-16.809
3	6.2088	-0.3395	1.0829	6.1733	-0.0952	2.9949	-0.1068	-0.2756	-0.156	0.2438	-0.0272	0.239	-0.1532	-0.9748	0.1038	0.3187	0.0869	0.015	0.423	0.0375	0.303	-2.519	-11.57	-4.054
4	3.3747	1.4983	-0.2103	5.3606	0.7074	2.5434	-0.2007	-0.391	0.4615	-0.102	0.481	0.4232	-0.7931	-0.216	-0.2796	0.4654	0.1926	-0.0777	0.3684	-0.0177	0.3955	1.472	0.153	0.665
5	3.8591	1.7736	0.5412	2.8215	2.8953	6.4254	0.1522	0.0508	0.1491	-0.213	0.1452	-0.3203	-0.5399	-0.2099	-0.1601	0.3469	0.1027	0.0069	0.3543	0.0768	0.2536	4.021	-6.251	-4.122
6	7.2266	1.5265	0.4604	5.3514	-0.5301	5.8295	-0.038	-0.4709	0.5467	0.4446	0.1226	0.1474	-0.671	-0.2226	-0.0959	0.3311	0.086	0.0086	0.2609	-0.013	0.3482	14.647	-7.095	8.196
7	9.9815	1.144	4.0134	4.1709	-3.0189	7.9812	0.0243	0.9121	-1.3366	1.6974	1.2321	0.6431	0.3773	-0.1602	-0.9351	1.0259	0.2897	-0.074	0.4755	0.0222	0.56	10.688	-6.596	27.325
8	5.6087	2.9335	-2.8501	5.7155	-3.3436	2.2537	0.0982	0.3546	0.5677	-0.0197	0.482	0.2611	-0.1759	-0.1526	-0.5954	0.53	0.099	-0.0271	0.3328	-0.0418	0.422	14.298	-0.83	7.529
9	1.9719	0.6781	0.3347	0.2706	0.0525	3.1098	-0.1696	-1.1568	-0.1008	0.3285	-0.1237	-0.6095	-0.4689	0.1283	-0.3306	0.8009	0.384	-0.5791	0.5272	0.1401	0.1862	19.67	-10.408	21.293
10	8.717	2.7532	1.3608	4.9274	-0.0135	3.8014	0.4156	-0.6336	0.4039	0.2846	-0.0831	-0.5283	-0.274	-0.0146	-0.3773	0.4206	0.0687	0.0328	0.3959	-0.0989	0.3695	12.373	-5.328	11.809
11	4.4135	-0.459	-2.7544	4.3656	5.7136	8.5415	0.0953	0.0053	-1.1508	0.6234	0.2181	0.4411	1.1027	0.7747	0.2357	1.4555	0.9361	0.3709	1.0487	-0.5559	1.3675	-5.351	4.029	16.806
12	8.2248	2.2439	1.5379	5.641	-1.1228	5.3622	0.6553	-0.5139	-0.5581	0.5632	-0.3746	0.202	-0.0419	-0.1803	-0.1726	0.5402	0.1406	-0.0656	0.4022	0.0122	0.3392	10.676	-8.786	12.091
13	6.4946	1.6597	-0.4804	2.6918	-0.4932	4.3238	-0.3635	0.0792	0.7039	-0.6348	0.2266	-0.4214	-0.1254	0.6448	0.1284	0.522	0.0657	0.1253	0.4137	0.0846	0.5408	29.57	-17.104	-10.054
14	8.2102	-0.3526	1.3979	4.1136	-1.8753	6.9434	0.0405	0.4497	0.8166	-0.6399	-0.4042	-1.3242	0.2765	0.8091	0.3197	0.3675	0.076	0.1098	0.4377	0.0585	0.5666	31.321	-17.236	-3.575
15	3.5625	1.4262	1.2686	6.7149	3.2037	5.1446	-0.604	0.3826	0.4316	-0.9725	0.4012	-0.2754	0.0567	0.203	0.0146	0.5179	0.0954	0.1427	0.5801	0.0022	0.2693	25.051	-21.991	-8.263
16	6.8278	-1.5765	0.9032	8.1062	2.2208	4.1426	0.5707	0.7326	-0.1429	-0.9161	-0.7364	0.3016	0.4709	0.2945	-0.0795	0.564	0.084	0.045	0.5453	0.0864	0.307	25.921	-21.032	-9.29
17	2.9225	-0.9269	1.1443	6.067	-0.1135	3.1696	-0.2697	-0.4808	-1.2194	0.1464	0.4288	0.6111	0.3365	-0.2773	-0.1514	0.3782	0.1596	0.1221	0.4686	0.1421	0.7053	13.507	-33.954	2.764
18	8.216	1.8225	-1.8749	5.5508	-0.1005	7.9632	-0.8406	0.6194	-1.2112	-1.2937	-0.6454	0.2174	0.5887	0.207	1.2661	0.6588	0.0245	0.1188	0.398	-0.0534	0.5553	12.551	-31.456	-8.354
19	6.6474	1.8306	1.1731	7.4352	-3.3104	9.1742	0.3181	-0.709	-1.9963	-0.0518	0.3326	0.9693	0.9655	-0.8288	-0.4753	0.5255	0.0591	0.0054	0.4721	0.2414	1.01	9.909	-34.409	0.285
20	1.1862	-0.4174	0.511	1.9969	-0.166	1.9771	-0.3493	-0.1392	-1.5444	0.0342	0.1701	1.0221	0.7163	0.0324	0.0601	0.4743	0.0034	0.0503	0.2934	0.0153	0.7964	18.923	-35.328	-2.817
21	9.1021	-5.6171	-0.0166	6.6221	0.0696	2.3214	0.4498	-1.221	-1.1797	-0.3555	-0.0033	0.4247	0.3503	0.0922	-0.3023	0.4737	0.0427	-0.0521	0.3845	0.1108	0.4177	15.963	-30.986	0.964

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:18 )	A	3 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 19:27 )	A	19 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 28:75 )	A	28 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 76:94 )	A	76 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 95:113 )	A	95 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 4:18 )	B	4 - 18
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 19:27 )	B	19 - 27
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 28:60 )	B	28 - 60
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 61:70 )	B	61 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 71:88 )	B	71 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 89:95 )	B	89 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 96:112 )	B	96 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 4:27 )	C	4 - 27
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 28:75 )	C	28 - 75
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 76:88 )	C	76 - 88
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 89:113 )	C	89 - 113
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN D AND RESID 3:27 )	D	3 - 27
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN D AND RESID 28:51 )	D	28 - 51
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN D AND RESID 52:70 )	D	52 - 70
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 71:94 )	D	71 - 94
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 95:113 )	D	95 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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