+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5yun | ||||||
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Title | Crystal structure of SSB complexed with myc | ||||||
Components | Single-stranded DNA-binding protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Single-strand DNA binding protein | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.67 Å | ||||||
Authors | Huang, Y.H. / Huang, C.Y. | ||||||
Citation | Journal: Biochem. Biophys. Res. Commun. / Year: 2018 Title: Crystal structure of SSB complexed with inhibitor myricetin. Authors: Huang, C.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5yun.cif.gz | 96.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5yun.ent.gz | 72.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5yun.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5yun_validation.pdf.gz | 977.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5yun_full_validation.pdf.gz | 990.3 KB | Display | |
Data in XML | 5yun_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5yun_validation.cif.gz | 23.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/5yun | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1eygS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 13774.341 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: ssb, PA4232 / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / References: UniProt: P40947 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 25%PEG4000, 100mM MES Sodium Salt, 200mM Magnesium Chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13C1 / Wavelength: 0.975 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 7, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.975 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→30 Å / Num. obs: 14947 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 2.9 % / Net I/σ(I): 17.29 |
Reflection shell | Resolution: 2.67→2.78 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1EYG Resolution: 2.67→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 13.081 / SU ML: 0.273 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.07 / ESU R Free: 0.338 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 69.666 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.67→30 Å
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Refine LS restraints |
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