+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5deu | ||||||
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Title | Crystal structure of TET2-5hmC complex | ||||||
Components |
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Keywords | oxidoreductase/DNA / 5-methylcytosine dioxygenase / TET2 / 5hmC / protein-DNA complex / oxidoreductase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation ...leukocyte differentiation / methylcytosine dioxygenase / 5-methylcytosine catabolic process / 5-methylcytosine dioxygenase activity / TET1,2,3 and TDG demethylate DNA / Specification of primordial germ cells / : / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / myeloid cell differentiation / protein O-linked glycosylation / ferrous iron binding / response to organic cyclic compound / chromosome / cell cycle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.801 Å | ||||||
Authors | Hu, L. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Li, J. / Xu, Y. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Structural insight into substrate preference for TET-mediated oxidation. Authors: Hu, L. / Lu, J. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Hou, H. / Lou, Z. / Zhang, L. / Li, W. / Gong, W. / Liu, M. / Sun, C. / Yin, X. / Li, J. / Tan, X. / Wang, P. / Wang, Y. / Fang, D. / Cui, Q. ...Authors: Hu, L. / Lu, J. / Cheng, J. / Rao, Q. / Li, Z. / Hou, H. / Lou, Z. / Zhang, L. / Li, W. / Gong, W. / Liu, M. / Sun, C. / Yin, X. / Li, J. / Tan, X. / Wang, P. / Wang, Y. / Fang, D. / Cui, Q. / Yang, P. / He, C. / Jiang, H. / Luo, C. / Xu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5deu.cif.gz | 221.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5deu.ent.gz | 169.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5deu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5deu_validation.pdf.gz | 476.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5deu_full_validation.pdf.gz | 481.6 KB | Display | |
Data in XML | 5deu_validation.xml.gz | 21.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5deu_validation.cif.gz | 32 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5deu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/5deu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5d9yC 4nm6S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 51397.352 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 1129-1480, 1844-1935 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TET2, KIAA1546, Nbla00191 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q6N021, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules BC
#2: DNA chain | Mass: 3693.418 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 3380.211 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 6 types, 316 molecules
#4: Chemical | ChemComp-OGA / | ||||
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#5: Chemical | ChemComp-MES / | ||||
#6: Chemical | ChemComp-FE / | ||||
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.36 Å3/Da / Density % sol: 47.91 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 / Details: 26% PEGMME2000,0.1M MES6.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97931 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: sagitally focused Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 50752 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.054 / Net I/av σ(I): 19.219 / Net I/σ(I): 16.3 / Num. measured all: 487032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NM6 Resolution: 1.801→42.262 Å / FOM work R set: 0.838 / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.95 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 122.93 Å2 / Biso mean: 45.98 Å2 / Biso min: 19.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.801→42.262 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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