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万見
- PDB-7vu5: Structure of the transmembrane domain of the CD28 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vu5
タイトルStructure of the transmembrane domain of the CD28 dimer
要素T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD28 / transmembrane domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / regulatory T cell differentiation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD28 co-stimulation ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / regulatory T cell differentiation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD28 co-stimulation / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of interleukin-4 production / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of interleukin-10 production / humoral immune response / immunological synapse / positive regulation of viral genome replication / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / positive regulation of translation / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protease binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, H. / Cao, R. / Wen, M. / Ouyang, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of a dimerization interface in the CD28 transmembrane domain.
著者: Wu, H. / Cao, R. / Wen, M. / Xue, H. / OuYang, B.
履歴
登録2021年11月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell-specific surface glycoprotein CD28
B: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3312
ポリマ－9,3312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area910 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8170 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 10015
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44


分子量: 4665.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10747

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1TROSY-HSQC
121isotropic1TROSY-HNCO
131isotropic1TROSY-HN(CA)CO
141isotropic1TROSY-HNCA
151isotropic1TROSY-HN(CO)CA
161isotropic1TROSY-HN(CA)CB
172isotropic23D 1H-15N NOESY
1102isotropic23D 1H-13C NOESY
193isotropic23D 1H-15N NOESY
184isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
bicelle10.6 mM U-13C; U-15N; 75%-2H CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM DMPC, 60 mM DHPC, 90% H2O/10% D2OU-13C; U-15N; 75%-2H_sampleU-13C; U-15N; 75%-2H_sample90% H2O/10% D2O
bicelle20.6 mM [U-13C; U-15N] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2OU-13C; U-15N_sampleU-13C; U-15N_sample90% H2O/10% D2O
bicelle30.6 mM U-15N; U-2H CD28_TM, 0.6 mM [U-13C] CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2OU-15N,U-2H and U-13C_mixU-15N,U-2H and U-13C_mix90% H2O/10% D2O
bicelle40.2 mM U-15N; 15%-13C CD28_TM, 25 mM MES, 30 mM acyl chain U-2H DMPC, 60 mM acyl chain U-2H DHPC, 90% H2O/10% D2O0.2 mM [U-15N; U-2H; 15%-13C] Transmembrane Domain of CD28U-15N; 15%-13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMCD28_TMU-13C; U-15N; 75%-2H1
25 mMMESnatural abundance1
30 mMDMPCnatural abundance1
60 mMDHPCnatural abundance1
0.6 mMCD28_TM[U-13C; U-15N]2
25 mMMESnatural abundance2
30 mMDMPCacyl chain U-2H2
60 mMDHPCacyl chain U-2H2
0.6 mMCD28_TMU-15N; U-2H3
25 mMMESnatural abundance3
30 mMDMPCacyl chain U-2H3
60 mMDHPCacyl chain U-2H3
0.2 mMCD28_TMU-15N; 15%-13C4
25 mMMESnatural abundance4
30 mMDMPCacyl chain U-2H4
60 mMDHPCacyl chain U-2H4
試料状態イオン強度: 25 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.44Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.44Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 15 / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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