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- PDB-7vr8: Inward-facing structure of human EAAT2 in the substrate-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vr8
タイトルInward-facing structure of human EAAT2 in the substrate-free state
要素Excitatory amino acid transporter 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / visual behavior / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport ...neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / visual behavior / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / telencephalon development / monoatomic anion transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / astrocyte projection / transepithelial transport / neuron projection terminus / cellular response to cocaine / neurotransmitter transport / protein homotrimerization / adult behavior / axolemma / response to amino acid / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / positive regulation of D-glucose import / multicellular organism growth / response to wounding / presynaptic membrane / cell body / chemical synaptic transmission / vesicle / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / glutamatergic synapse / cell surface / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Excitatory amino acid transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Kato, T. / Kusakizako, T. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural insights into inhibitory mechanism of human excitatory amino acid transporter EAAT2.
著者: Takafumi Kato / Tsukasa Kusakizako / Chunhuan Jin / Xinyu Zhou / Ryuichi Ohgaki / LiLi Quan / Minhui Xu / Suguru Okuda / Kan Kobayashi / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Yoshikatsu ...著者: Takafumi Kato / Tsukasa Kusakizako / Chunhuan Jin / Xinyu Zhou / Ryuichi Ohgaki / LiLi Quan / Minhui Xu / Suguru Okuda / Kan Kobayashi / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Yoshikatsu Kanai / Osamu Nureki /
要旨: Glutamate is a pivotal excitatory neurotransmitter in mammalian brains, but excessive glutamate causes numerous neural disorders. Almost all extracellular glutamate is retrieved by the glial ...Glutamate is a pivotal excitatory neurotransmitter in mammalian brains, but excessive glutamate causes numerous neural disorders. Almost all extracellular glutamate is retrieved by the glial transporter, Excitatory Amino Acid Transporter 2 (EAAT2), belonging to the SLC1A family. However, in some cancers, EAAT2 expression is enhanced and causes resistance to therapies by metabolic disturbance. Despite its crucial roles, the detailed structural information about EAAT2 has not been available. Here, we report cryo-EM structures of human EAAT2 in substrate-free and selective inhibitor WAY213613-bound states at 3.2 Å and 2.8 Å, respectively. EAAT2 forms a trimer, with each protomer consisting of transport and scaffold domains. Along with a glutamate-binding site, the transport domain possesses a cavity that could be disrupted during the transport cycle. WAY213613 occupies both the glutamate-binding site and cavity of EAAT2 to interfere with its alternating access, where the sensitivity is defined by the inner environment of the cavity. We provide the characterization of the molecular features of EAAT2 and its selective inhibition mechanism that may facilitate structure-based drug design for EAAT2.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月26日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5295
ポリマ－63,0171
非ポリマー2,5124
水00
1
A: Excitatory amino acid transporter 2
ヘテロ分子

A: Excitatory amino acid transporter 2
ヘテロ分子

A: Excitatory amino acid transporter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,58615
ポリマ－189,0513
非ポリマー7,53512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation2
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.5, -0.866025404), (0.866025404, -0.5), (1)353.48415, 94.71584
3generate(-0.5, 0.866025404), (-0.866025404, -0.5), (1)94.71584, 353.48415

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 2 / Glutamate/aspartate transporter II / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 2 / Solute ...Glutamate/aspartate transporter II / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 2 / Solute carrier family 1 member 2


分子量: 63016.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A2, EAAT2, GLT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43004
#2: 化合物 ChemComp-9Z9 / (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en


分子量: 544.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H56O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EAAT2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0291 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
7MOLREPモデルフィッティング
12RELION3.1３次元再構成
13REFMAC5.8.0291モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212554 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6GCT

6gct


Accession code: 6GCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.58→3.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / WRfactor Rwork: 0.371 / SU B: 15.602 / SU ML: 0.255 / Average fsc overall: 0.8681 / Average fsc work: 0.8681 / ESU R: 0.266 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3707 75082 -
all0.371 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 164.322 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0120.0133191
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0160.0173347
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_b0.050.1314
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.6761.6124333
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.6761.5877683
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg4.5815398
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg25.16921.981106
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.72915534
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg8.2611512
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0930.2452
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0140.023373
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0080.02647
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2190.21836
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1560.27076
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1590.23332
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0710.23510
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2186
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0360.28
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.1390.222
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.170.2136
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it15.97315.9051604
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other15.91415.8961603
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it25.21523.7781998
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other25.21423.7921999
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it19.02718.7161587
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other19.02218.7171588
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it31.13427.0632335
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other31.12727.0672336
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it49.455311.45914176
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other49.453311.46414177
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
3.2-3.2832.39156472.39156470.572.391
3.283-3.3731.37754631.37754630.6921.377
3.373-3.4711.07551731.07551730.7611.075
3.471-3.5780.78250930.78250930.8210.782
3.578-3.6950.50549360.50549360.8780.505
3.695-3.8240.28748390.28748390.930.287
3.824-3.9690.22845650.22845650.9440.228
3.969-4.130.24945270.24945270.9560.249
4.13-4.3140.28841840.28841840.9630.288
4.314-4.5240.3241170.3241170.9660.32
4.524-4.7680.33238730.33238730.9630.332
4.768-5.0570.31136670.31136670.960.311
5.057-5.4060.26234330.26234330.9490.262
5.406-5.8380.28332150.28332150.9080.283
5.838-6.3940.34429120.34429120.8810.344
6.394-7.1460.33526890.33526890.8660.335
7.146-8.2460.28223600.28223600.9090.282
8.246-10.0870.27219950.27219950.9330.272
10.087-14.2150.25915390.25915390.9290.259
14.215-119.520.6268550.6268550.9660.626

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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