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- PDB-7vpq: Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vpq
タイトルStructures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors indicate the risk of virus adaptation to humans
要素
  • Aminopeptidase N
  • Spike protein
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / Porcine Deltacoronavirus / receptor / cross-species transmission / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / aminopeptidase activity / secretory granule membrane / peptide binding / endocytosis involved in viral entry into host cell ...membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / aminopeptidase activity / secretory granule membrane / peptide binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / metallopeptidase activity / virus receptor activity / signaling receptor activity / angiogenesis / membrane => GO:0016020 / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell differentiation / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / virion membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain ...Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / ERAP1-like C-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike protein / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ji, W. / Xu, Y. / Zhang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000659 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors.
著者: Ji, W. / Peng, Q. / Fang, X. / Li, Z. / Li, Y. / Xu, C. / Zhao, S. / Li, J. / Chen, R. / Mo, G. / Wei, Z. / Xu, Y. / Li, B. / Zhang, S.
履歴
登録2021年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
B: Spike protein
C: Aminopeptidase N
D: Spike protein
E: Aminopeptidase N
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,87936
ポリマ－354,8786
非ポリマー7,00130
水00
1
A: Aminopeptidase N
B: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,62612
ポリマ－118,2932
非ポリマー2,33410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Aminopeptidase N
D: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,62612
ポリマ－118,2932
非ポリマー2,33410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Aminopeptidase N
F: Spike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,62612
ポリマ－118,2932
非ポリマー2,33410
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)201.225, 347.690, 255.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / AP-N / hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid ...AP-N / hAPN / Alanyl aminopeptidase / Aminopeptidase M / AP-M / Microsomal aminopeptidase / Myeloid plasma membrane glycoprotein CD13 / gp150


分子量: 103966.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANPEP, APN, CD13, PEPN
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P15144, membrane alanyl aminopeptidase
#2: タンパク質 Spike protein


分子量: 14326.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: A0A4P8D758

-
糖 , 3種, 24分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.44 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: solution containing 25% w/v Polyethylene glycol 1500, 0.1 M BIS-TRIS propane pH9.0, 0.1 M Sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 160248 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.964 / Net I/σ(I): 5.28
反射 シェル解像度: 3.1→3.29 Å / Num. unique obs: 25301 / CC1/2: 0.583

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6atk

6atk


解像度: 3.1→49.36 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 8136 5.08 %
Rwork0.2591 152046 -
obs0.2601 160182 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.76 Å2 / Biso mean: 37.0786 Å2 / Biso min: 11.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→49.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24096 0 441 0 24537
Biso mean--63.11 --
残基数----2991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.130.36462620.33824640490292
3.13-3.170.29552920.309149855277100
3.17-3.210.35772580.306250605318100
3.21-3.250.36593120.29750155327100
3.25-3.290.3152400.282650855325100
3.29-3.340.32482530.277950345287100
3.34-3.390.33522380.272451025340100
3.39-3.440.32482870.276249865273100
3.44-3.490.29532540.282251485402100
3.49-3.550.31552450.283150675312100
3.55-3.610.33332680.28250925360100
3.61-3.670.29252730.26364975524899
3.67-3.750.3012820.25815048533099
3.75-3.820.28312770.24550715348100
3.82-3.90.25223520.246549655317100
3.9-40.26962870.242550755362100
4-4.10.24732560.240251245380100
4.1-4.210.25352640.2450585322100
4.21-4.330.23712710.228950885359100
4.33-4.470.23272760.229951195395100
4.47-4.630.27752460.233150695315100
4.63-4.810.242530.229651085361100
4.81-5.030.24352370.236751385375100
5.03-5.30.2363100.244350595369100
5.3-5.630.26612620.25495022528498
5.63-6.060.26792690.262751545423100
6.06-6.670.27292700.264551585428100
6.67-7.630.2542860.258451525438100
7.64-9.610.22382520.242952375489100
9.61-49.360.31983040.29555212551697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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