PDB-7vn8: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vn8

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GTCACGTGAC

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / cell envelope / carbohydrate transmembrane transporter activity / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia sp. (バクテリア)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout.
著者: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2021年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7vn8.ent.gz	619.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	7vn8_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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CIF形式データ	7vn8_validation.cif.gz	87.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
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グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.402, 94.470, 112.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.650, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 48419.836 Da / 分子数: 4 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7
由来: (組換発現)

Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*A)-3')

分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM potassium chloride, 10 mM magnesium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→47.85 Å / Num. obs: 146131 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 34.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 7248 / CC_1/2: 0.635

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZD4

5zd4

解像度: 2.04→37.01 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.119
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	6663	5.03 %
R_work	0.2135	125796	-
obs	0.2149	132459	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→37.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13592	1220	136	231	15179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	15405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7107	21138
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0584	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2049	5759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.07	0.3677	170	0.3027	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.07-2.09	0.3579	230	0.2917	4216	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.09-2.12	0.2993	215	0.2856	4178	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.12-2.14	0.322	242	0.2649	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.14-2.17	0.3114	222	0.2723	4185	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.17-2.2	0.3158	202	0.2583	4198	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.2-2.23	0.28	236	0.2582	4171	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.23-2.27	0.2979	240	0.2629	4226	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.27-2.3	0.3177	227	0.2635	4190	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.3-2.34	0.2963	221	0.2481	4183	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.34-2.38	0.291	213	0.2514	4216	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.38-2.42	0.2839	240	0.2491	4182	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.42-2.47	0.2646	207	0.2476	4227	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.47-2.52	0.2952	221	0.2443	4171	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.52-2.58	0.2588	247	0.2455	4199	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.58-2.64	0.2885	224	0.2392	4231	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.64-2.7	0.2689	204	0.2447	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.7-2.78	0.2991	219	0.2409	4213	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.78-2.86	0.2915	234	0.2534	4173	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.86-2.95	0.2678	227	0.2504	4202	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.95-3.05	0.2681	236	0.2408	4168	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.05-3.18	0.2701	232	0.2423	4185	X-RAY DIFFRACTION	99.06
3.18-3.32	0.257	201	0.2246	4194	X-RAY DIFFRACTION	98.48
3.32-3.5	0.2424	220	0.2118	4187	X-RAY DIFFRACTION	98.61
3.5-3.71	0.2157	219	0.2081	4160	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.71-4	0.2288	232	0.1874	4163	X-RAY DIFFRACTION	98.37
4-4.4	0.1901	215	0.1658	4183	X-RAY DIFFRACTION	98.08
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5.04-6.34	0.2182	225	0.1745	4228	X-RAY DIFFRACTION	98.21
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Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'D' and (resid -33 through 26 )	D	C	-33 - 26	316 - 375
2	2	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	C	27 - 88	376 - 437
3	3	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	E	-3 - 11
4	4	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	F	-3 - 11
5	5	chain 'A' and (resid -347 through 4 )	A	G	-347 - 4	1 - 352
6	6	chain 'A' and (resid 5 through 88 )	A	G	5 - 88	353 - 436
7	7	chain 'B' and (resid -347 through 26 )	B	I	-347 - 26	1 - 374
8	8	chain 'B' and (resid 27 through 88 )	B	I	27 - 88	375 - 436
9	9	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	K	-3 - 11
10	10	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	L	-3 - 11
11	11	chain 'C' and (resid -348 through -306 )	C	A	-348 - -306	1 - 43
12	12	chain 'C' and (resid -305 through -230 )	C	A	-305 - -230	44 - 119
13	13	chain 'C' and (resid -229 through -103 )	C	A	-229 - -103	120 - 246
14	14	chain 'C' and (resid -102 through -34 )	C	A	-102 - -34	247 - 315
15	15	chain 'C' and (resid -33 through 26 )	C	A	-33 - 26	316 - 375
16	16	chain 'C' and (resid 27 through 54 )	C	A	27 - 54	376 - 403
17	17	chain 'C' and (resid 55 through 88 )	C	A	55 - 88	404 - 437
18	18	chain 'D' and (resid -348 through -306 )	D	C	-348 - -306	1 - 43
19	19	chain 'D' and (resid -305 through -243 )	D	C	-305 - -243	44 - 106
20	20	chain 'D' and (resid -242 through -66 )	D	C	-242 - -66	107 - 283
21	21	chain 'D' and (resid -65 through -34 )	D	C	-65 - -34	284 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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