PDB-7vn7: Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vn7

タイトル

Crystal structure of MBP-fused BIL1/BZR1 (21-90) in complex with double-stranded DNA contaning GACACGTGTC

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')
Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

plant ovule development / seed development / brassinosteroid mediated signaling pathway / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / periplasmic space / DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia sp. (バクテリア)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Nosaki, S. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: Brassinosteroid-induced gene repression requires specific and tight promoter binding of BIL1/BZR1 via DNA shape readout.
著者: Nosaki, S. / Mitsuda, N. / Sakamoto, S. / Kusubayashi, K. / Yamagami, A. / Xu, Y. / Bui, T.B.C. / Terada, T. / Miura, K. / Nakano, T. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.

履歴

登録	2021年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7vn7.ent.gz	621.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7vn7_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vn7_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
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CIF形式データ	7vn7_validation.cif.gz	91.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/7vn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vn2C 7vn3C 7vn4C 7vn5C 7vn6C 7vn8C 5zd4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

214 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

D: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

G: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

H: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

B: Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1

E: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

F: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.437, 93.211, 112.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.363, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質

Maltodextrin-binding protein,Protein BRASSINAZOLE-RESISTANT 1 / Protein BIN2 SUBSTRATE 2

分子量: 48419.836 Da / 分子数: 4 / 変異: D82A,K83A,E172A,N173A,K239A,E359A,K362A,D363A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fused Maltose binding protein is derived from Escherichia coli O157:H7
由来: (組換発現)

Serratia sp. (strain FS14) (バクテリア), (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: FS14 / 遺伝子: malE, JW3994, BZR1, BIS2, At1g75080, F9E10_7 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P1LXE0, UniProt: Q8S307

#2: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*A)-3')

分子量: 4593.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM ammonium acetate and 10 mM calcium chloride and 10% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→47.5 Å / Num. obs: 116947 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.11→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5754 / CC_1/2: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18_3855	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZD4

5zd4

解像度: 2.11→36.8 Å / SU ML: 0.2578 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2438	5846	5.01 %
R_work	0.2065	110949	-
obs	0.2083	116795	97.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→36.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13592	1220	140	299	15251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15408
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8138	21140
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527	2306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0048	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.3881	5760

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.13	0.3487	189	0.2908	3671	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.13-2.16	0.3112	185	0.2697	3712	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.16-2.19	0.3076	221	0.262	3683	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.19-2.21	0.2896	192	0.2558	3674	X-RAY DIFFRACTION	97.87
2.21-2.24	0.2906	192	0.254	3679	X-RAY DIFFRACTION	98.17
2.24-2.27	0.2872	202	0.2537	3725	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.27-2.31	0.2949	192	0.2493	3658	X-RAY DIFFRACTION	98.04
2.31-2.34	0.3275	186	0.2559	3748	X-RAY DIFFRACTION	98.25
2.34-2.38	0.3112	200	0.2528	3666	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.38-2.42	0.2918	197	0.2475	3709	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.42-2.46	0.2948	193	0.2487	3698	X-RAY DIFFRACTION	98.33
2.46-2.5	0.3115	196	0.2463	3749	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.5-2.55	0.3028	200	0.2405	3710	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.55-2.6	0.2446	178	0.2356	3709	X-RAY DIFFRACTION	98.48
2.6-2.66	0.2672	192	0.2328	3739	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.66-2.72	0.2705	214	0.2304	3679	X-RAY DIFFRACTION	98.56
2.72-2.79	0.2932	194	0.239	3729	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.79-2.86	0.2988	192	0.2546	3738	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.86-2.95	0.3145	211	0.2554	3678	X-RAY DIFFRACTION	98.13
2.95-3.04	0.297	196	0.2451	3702	X-RAY DIFFRACTION	97.92
3.04-3.15	0.242	184	0.2273	3730	X-RAY DIFFRACTION	98.47
3.15-3.28	0.2445	178	0.221	3706	X-RAY DIFFRACTION	97.76
3.28-3.43	0.2399	197	0.2127	3691	X-RAY DIFFRACTION	97.15
3.43-3.61	0.2308	186	0.2024	3674	X-RAY DIFFRACTION	96.94
3.61-3.83	0.2342	221	0.1874	3642	X-RAY DIFFRACTION	96.62
3.83-4.13	0.2152	164	0.1677	3688	X-RAY DIFFRACTION	96.37
4.13-4.54	0.1592	186	0.1576	3698	X-RAY DIFFRACTION	97.17
4.54-5.2	0.1675	218	0.1512	3681	X-RAY DIFFRACTION	96.61
5.2-6.54	0.207	204	0.1789	3682	X-RAY DIFFRACTION	96.14
6.54-36.8	0.218	186	0.1511	3701	X-RAY DIFFRACTION	94.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.75441232423	-0.3555981289	-0.805764806996	1.8607156211	-0.00461458634376	1.99628144946	0.04674659458	-0.162955095546	0.104068448935	0.0175897065142	-0.0232947583099	-0.0426662933902	-0.155194634086	0.112745774364	-0.0161012917182	0.264910464501	-0.03266111067	0.0271278608268	0.206915969964	0.0271629375777	0.177931371236	-2.65020154	14.3921066075	11.241012434
2	2.51439038098	-1.2086744137	0.823706006748	3.84064142927	-0.910978277611	2.74345507856	0.252874738767	-0.229954772376	-0.4554212552	0.267881083157	0.0529539148922	-0.122135467598	0.838347583329	-0.059962361283	-0.245933726872	0.491906246486	-0.0678020739569	-0.108399955314	0.203841782245	0.00529186148288	0.35729155893	-6.6357851279	-36.75375137	28.2901646836
3	2.51062438316	0.755141995093	0.337598011526	1.82295262552	0.0623646459983	1.73623333885	-0.0772791512438	0.0614739820275	-0.0600399020432	0.395987311209	0.164352576938	-0.284407577673	-0.103841557844	0.20721151152	-0.0845461460704	0.409828648256	0.102201472329	-0.0480158840261	0.338466351691	-0.0634122599918	0.269859314127	-8.07455796064	14.341874857	44.7923443019
4	1.58079936926	1.34444722745	0.422121738241	2.60986539757	0.667700219745	2.39584820985	0.204471003703	0.116477513091	-0.348194126354	0.0756193980057	0.0676427131136	-0.139787530363	0.950248310823	-0.184661265776	-0.22273016771	0.494347259331	-0.0406189666764	-0.105086824277	0.208505477435	0.0258873265131	0.401352675473	-2.47553105636	-36.8115358845	26.002138742
5	0.542474805833	0.0113825837829	1.1431390082	1.93017716593	-0.867862056618	8.31643383877	0.205456933908	-0.0904478369159	-0.0834079735222	0.36854265712	0.037035346676	0.01792639574	0.240515391188	-0.67696211994	-0.213514952698	0.234219783269	-0.0614101237447	-0.00110674039596	0.210916285047	0.0135380559925	0.223269007694	-6.19913129989	-23.795036529	28.7497379438
6	1.48933553996	0.426908329536	0.53169855974	1.19288337018	-0.259660975228	6.92712329642	0.0889105277762	-0.0712617255971	-0.176055225403	0.104251798757	0.0824295434036	-0.164205034176	0.275170497095	0.276380884812	-0.18300160098	0.259156814889	-0.0294288327684	-0.00565105538973	0.156409299583	-0.0164055417194	0.231686642979	-3.24682415663	-23.7921841317	25.5843208158
7	6.14494829575	3.80113503486	1.13093914887	5.69963701472	2.08541501322	3.8935044824	-0.131410465642	0.708813909873	0.340899549882	-0.570930859364	0.118762608444	0.228271250772	-0.21911054858	0.281622255465	0.0207792112818	0.222779816203	0.0628545986996	0.00362189120405	0.349883216625	0.039208924575	0.209351953208	25.85534199	-11.4780800123	35.2454556615
8	4.0067385677	0.260915639306	-0.238834625288	0.972733426429	-0.129406579425	1.26691215276	0.10396737785	-0.270051628889	0.0495971558702	0.0771923168998	-0.127874440249	-0.14398088675	0.0062832019494	0.52353504966	0.0234290469703	0.262783791451	0.0122670330805	-0.00917032670293	0.403221625166	0.02114892489	0.171621293264	43.2637873656	-14.0285890209	46.2889530577
9	1.27467626002	-2.11829070774	0.765627857808	7.67349152854	-5.90837672116	5.30105799601	-0.0358812423433	0.112278744083	-0.0419900418845	-0.0758853645693	0.2136498008	0.273827670953	-0.460942919517	-0.702263839024	-0.147953019606	0.777273833884	-0.0911372694219	-0.128328546244	0.622445587739	-0.158261066199	0.419442850572	45.624537435	29.712882429	29.9801802907
10	3.3828138683	-0.162651529562	-0.338480140601	1.38182700681	-0.338634562488	2.60982693224	0.0444118726412	0.0857724145355	0.0515631944949	-0.0603989413926	0.0229959542121	0.198564127241	0.0697735030658	-0.821797120584	-0.0569574159865	0.227918768504	-0.0533125660016	-0.0024567933993	0.425030249702	0.018011915097	0.190557312078	52.4039236947	-14.4965843624	11.1134261749
11	0.766574059398	0.34715743455	-0.564136188234	3.3924453349	2.00434489845	2.03055084411	-0.0571611612928	-0.202336844744	-0.19036131306	0.662817880834	0.336526003197	-0.290047223805	-0.00681278465241	0.498982886478	-0.200243626591	0.916386997491	0.0409732250043	-0.174631571902	0.674437749572	0.0569939940628	0.588641033299	48.4725875852	34.2367604788	28.1149669285
12	0.152070045055	-0.516226801511	-0.988815686133	1.43375609228	3.29663813788	7.51394243931	0.328627707775	0.190173043215	0.00347203256971	0.262306805301	0.0197359040755	-0.0587783498267	1.69605509047	-0.119242994628	-0.308885225166	0.899706818975	0.0120552633034	-0.0814670506607	1.0160640848	0.000801832880758	0.381896951693	46.7989242765	23.7730232439	29.6082533795
13	0.392442094592	0.583687702335	-1.83493216415	0.769873434026	-2.85707585936	2.03828861518	0.187875668703	-0.13778759043	-0.00508102949235	-0.287573814611	0.112055096182	0.15761749354	1.86460749896	0.0853728542303	-0.264010631592	1.0108512584	0.149125813308	-0.102482830583	1.04967559611	0.0192013331025	0.36028290473	45.1815068823	23.7378685312	26.0003896631

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid -348 through 26 )	C	A	-348 - 26	1 - 375
2	2	chain 'C' and (resid 27 through 88 )	C	A	27 - 88	376 - 437
3	3	chain 'D' and (resid -347 through 26 )	D	C	-347 - 26	1 - 374
4	4	chain 'D' and (resid 27 through 88 )	D	C	27 - 88	375 - 436
5	5	chain 'G' and (resid -3 through 11 )	G	E	-3 - 11
6	6	chain 'H' and (resid -3 through 11 )	H	F	-3 - 11
7	7	chain 'A' and (resid -348 through -276 )	A	G	-348 - -276	1 - 73
8	8	chain 'A' and (resid -275 through 3 )	A	G	-275 - 3	74 - 352
9	9	chain 'A' and (resid 4 through 88 )	A	G	4 - 88	353 - 437
10	10	chain 'B' and (resid -346 through 20 )	B	I	-346 - 20	2 - 368
11	11	chain 'B' and (resid 21 through 88 )	B	I	21 - 88	369 - 436
12	12	chain 'E' and (resid -3 through 11 )	E	K	-3 - 11
13	13	chain 'F' and (resid -3 through 11 )	F	L	-3 - 11

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新型コロナ情報

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