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- PDB-7vlm: crystal structure of anti-CRISPR protein AcrIIA18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vlm
タイトルcrystal structure of anti-CRISPR protein AcrIIA18
要素H2C7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / anti-CRISPR protein / RNA binding / Cas9
機能・相同性metal ion binding / ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DUF1642 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus macedonicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Zhang, H. / Wang, X.S. / Li, X.Z.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Inhibition mechanisms of CRISPR-Cas9 by AcrIIA17 and AcrIIA18
著者: Wang, X. / Li, X. / Ma, Y. / He, J. / Liu, X. / Yu, G. / Yin, H. / Zhang, H.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct
Item: _audit_author.name / _citation.title ..._audit_author.name / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H2C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6117
ポリマ－21,1501
非ポリマー4616
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.371, 32.405, 62.594
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.366, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 H2C7


分子量: 21150.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus macedonicus (バクテリア)
遺伝子: CS010_10295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2G3NPZ8
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: liquid diffusion / 詳細: PEG 3350, calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→50 Å / Num. obs: 37360 / % possible obs: 98.45 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 16.24
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / Num. unique obs: 3705 / CC1/2: 0.905

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc6_4061精密化
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.38→31.13 Å / SU ML: 0.1426 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.0536
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 3655 5.38 %
Rwork0.182 64274 -
obs0.1832 37305 92.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→31.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 0 30 220 1684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00931502
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19022017
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0917206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9326199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.40.26321340.23652447X-RAY DIFFRACTION91.14
1.4-1.420.26011410.22652479X-RAY DIFFRACTION94.21
1.42-1.440.22511410.21812589X-RAY DIFFRACTION95.99
1.44-1.460.27371420.21162540X-RAY DIFFRACTION95.11
1.46-1.480.26391400.20672541X-RAY DIFFRACTION94.8
1.48-1.510.25031500.20062565X-RAY DIFFRACTION95.83
1.51-1.530.24991490.20132551X-RAY DIFFRACTION94.41
1.53-1.560.22241390.19722502X-RAY DIFFRACTION93.75
1.56-1.590.21831410.18942493X-RAY DIFFRACTION93.74
1.59-1.620.19711470.18872520X-RAY DIFFRACTION93.35
1.62-1.660.22161400.18112474X-RAY DIFFRACTION94.88
1.66-1.70.19991450.18012551X-RAY DIFFRACTION94.04
1.7-1.740.19641400.18662445X-RAY DIFFRACTION92.95
1.74-1.790.19681490.22503X-RAY DIFFRACTION92.86
1.79-1.840.21851420.18632402X-RAY DIFFRACTION89.7
1.84-1.90.24441470.18872446X-RAY DIFFRACTION90.76
1.9-1.970.2351340.17752363X-RAY DIFFRACTION90.24
1.97-2.040.2161360.18342432X-RAY DIFFRACTION89.76
2.04-2.140.21071310.18062374X-RAY DIFFRACTION89.88
2.14-2.250.23181340.182354X-RAY DIFFRACTION88.32
2.25-2.390.17121360.18212391X-RAY DIFFRACTION89.17
2.39-2.580.20321360.19322401X-RAY DIFFRACTION90.22
2.58-2.830.22951380.18922419X-RAY DIFFRACTION90.26
2.83-3.240.21751390.1752486X-RAY DIFFRACTION91.69
3.24-4.080.15611410.15682443X-RAY DIFFRACTION92.72
4.09-31.130.16861430.1752563X-RAY DIFFRACTION95.18
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 66.029 Å / Origin y: 11.511 Å / Origin z: 1.135 Å
111213212223313233
T0.134232615859 Å2-0.00250074785854 Å20.0100952686032 Å2-0.0950965169203 Å20.00345350254297 Å2--0.120453080176 Å2
L0.587041749964 °2-0.00959488707726 °2-0.384063697935 °2-0.145190579651 °2-0.0104093610604 °2--0.760521001365 °2
S0.0225251471951 Å °-0.089429043384 Å °0.0259048470246 Å °0.00762354367658 Å °-0.0225606064029 Å °0.0281298013307 Å °-0.0250932151699 Å °0.101516978414 Å °0.016558515021 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:182 OR RESID 201:202 OR RESID 203:205 OR RESID 301:520 OR RESID 206:206 ) )A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:182 OR RESID 201:202 OR RESID 203:205 OR RESID 301:520 OR RESID 206:206 ) )A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:182 OR RESID 201:202 OR RESID 203:205 OR RESID 301:520 OR RESID 206:206 ) )A203 - 205
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:182 OR RESID 201:202 OR RESID 203:205 OR RESID 301:520 OR RESID 206:206 ) )A301 - 520
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 1:182 OR RESID 201:202 OR RESID 203:205 OR RESID 301:520 OR RESID 206:206 ) )A206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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