+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7vlm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | crystal structure of anti-CRISPR protein AcrIIA18 | ||||||
Components | H2C7 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / anti-CRISPR protein / RNA binding / Cas9 | ||||||
Function / homology | ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus macedonicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.38 Å | ||||||
Authors | Zhang, H. / Wang, X.S. / Li, X.Z. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2022 Title: Inhibition mechanisms of CRISPR-Cas9 by AcrIIA17 and AcrIIA18 Authors: Wang, X. / Li, X. / Ma, Y. / He, J. / Liu, X. / Yu, G. / Yin, H. / Zhang, H. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7vlm.cif.gz | 148.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7vlm.ent.gz | 100.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7vlm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7vlm_validation.pdf.gz | 450.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7vlm_full_validation.pdf.gz | 450.7 KB | Display | |
Data in XML | 7vlm_validation.xml.gz | 11.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7vlm_validation.cif.gz | 16.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vl/7vlm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 21150.014 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus macedonicus (bacteria) / Gene: CS010_10295 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A2G3NPZ8 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.2 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: liquid diffusion / Details: PEG 3350, calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 24, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.38→50 Å / Num. obs: 37360 / % possible obs: 98.45 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 16.24 |
Reflection shell | Resolution: 1.38→1.43 Å / Num. unique obs: 3705 / CC1/2: 0.905 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.38→31.13 Å / SU ML: 0.1426 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.0536 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 21.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.38→31.13 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 66.029 Å / Origin y: 11.511 Å / Origin z: 1.135 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|